卵巢囊肿一旦出现要区分是良性囊肿还是恶性囊肿。当良性囊肿直径小于5cm时，可以定期随访超声，也可以配合口服西药或中药。当囊肿直径大于5cm时，需手术干预。可以开腹手术，也可以腹腔镜手术；可以切除囊肿，也可以囊肿剥除。要根据患者的年龄和生育要求而定。一旦囊肿出现扭转或破裂时，出现下腹痛，休息后仍不缓解时，即刻到附件医院就诊，尽早手术治疗。
在短时间内卵巢囊肿迅速增大时，要考虑是囊肿恶变可能，称为恶性卵巢肿瘤。作盆腹腔磁共振或CT检查可以发现有肿瘤原发灶和转移病灶。有条件者做全身PET对疾病的评估和全身状态做出评判。做妇科检查时，通常是双侧居多（也有单侧），肿瘤活动度差，比较固定。有腹水或胸水时穿刺做细胞学检查可以查出癌细胞 。肿瘤标志物会明显升高，如CA125，AFP、HCG和HE4等。卵巢恶性肿瘤一经发现应由有经验的肿瘤医生做手术，切除肿瘤，明确病理和分期，并决定是否接受辅助治疗，如化疗。
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