蔡元培的教育思想是中国传统文化的精华与西方现代文明相结合的产物,对中国教育界、思想界产生了深远的影响。中国传统文化对于理想人格的追求和西方现代文明对于自由、民主、平等、人权的追求，在蔡元培那里得到了完美的统一。或者说，蔡元培给中国传统文化对于理想人格的追求注入了新的、富于时代特征的内涵，这对于古老的中华文明向现代形态的转化，有着积极的意义和贡献。蔡元培的教育思想可以概括为三个方面：
一、提倡完全人格教育
教育的根本问题是要培养什么样的人的问题，因为它决定我们用什么去培养和怎么去培养。在这一问题上，蔡元培鲜明地提出了自己的主张，造就具有完全人格的个人。
“人格”是一个内涵非常歧义的概念。不同的学术领域对人格的定义、人格的描述、人格的区分、人格的内涵以及人格的评判标准也就不同。完全人格教育是蔡元培教育思想的重要组成部分，“完全人格”是他要培养的自由、民主、平等社会新人的目标。蔡元培为实现对国民进行完全人格教育，提出了“五育”并重、和谐发展的教育方针，一方面是适应民主共和政体对教育目标提出的客观要求，同时也是由于他留学西欧，受到资产阶级教育思想的影响，接受现代文明的结果。
二、力倡“尚自然、展个性”
教育是人们寻求解放、从狭隘走向广阔的过程。个性、独特性和多样性，既是教育的重要资源，也是教育追求的目标。蔡元培力倡“尚自然、展个性”的教育理念，这与他倡导培养具有完全人格的民主社会建设者的目标是一致的。则具有完全人格的个体需要靠力倡“尚自然、展个性”的教育来造就。
社会发展的最终目的是为了个人全面而自由的发展，并且是通过人的自由自觉的活动来实现的。个人的发展、个人的幸福和个人的自由都有着“独立向善”的价值，它不需要别的任何价值来证明。也就是说，并不因为个人自由是社会自由的条件，也不是因为个人发展是社会发展的一个条件，个人自由、个人发展才有了价值，个人自由、个人发展其本身就是目的，有着自足的价值。更何况现实的个人是社会发展的重要动力，离开现实的个人的发展，社会的发展就是不可理解和毫无意义的了。
“尚自然、展个性”是蔡元培针对封建教育无视学生的特点，违反自然，压抑、禁铟、束缚个性而提出的教育主张。
蔡元培认为教育要顺应受教育者身心发展的实际，指出“守成法”与“尚自然”、“求划一”与“展个性”是新旧教育的分水岭。为此，提倡教育科学的实验研究要摈弃注入式教学方法，强调用启发式进行教学，特别是学生自动、自学、自己研究的方法。
所有个人的独特主体性的正常健康发展或自由发展，会给人类集体的发展与人类整体的发展，提供最丰富生动的动力和源泉，在每个人的这种发展的交互作用中，每个人的人生将会获得应有的意义和价值。当自由的权力成为每个个体的实际权力（特别是思想的自由），自由才不会是空洞的概念。一个社会只有以个人为本位、为目的，为每个个体的自由全面的发展尽可能地提供最佳条件，这个社会才能在整体上大踏步地前进。
三、主张教育独立，推行“思想自由、兼容并包”的办学原则
蔡元培的一个非常重要的主张是教育独立。所谓教育独立是指教育超然于政党、超然于教会，主张教育脱离政党、脱离教会而独立，要求把教育事业完全交给教育家办理。这一思想是当时在教育界盛行的教育独立思潮中最具积极意义的主张。这一主张对于弘扬教育的内在价值无疑具有深远的历史意义。
大学教育思想在蔡元培整个教育思想体系中占有非常突出的地位。其主要思想为：（1）大学的性质是研究高深学问的学府。（2）大学办学原则是思想自由、兼容并包。（3）大学学科的设置应沟通文理、废科设系。（4）实行教授治校。
而大学办学原则“思想自由、兼容并包”无疑是最具魅力和生命力的。蔡元培主张思想学术自由，这对反对封建专制主义，造就个性丰富、具有完全人格的民主社会的建设者有着十分重要的价值。他在执掌北大时，提出了思想自由、兼容并包的办学原则，认为大学是研究高深学问的地方，允许各种学术派别自由发展，允许有不同学术观点的人在大学任教，是思想自由的普遍原则，也是大学的特色所在。
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