为了能让身患老年痴呆症的父亲重回正常的生活，威尔·罗曼（詹姆斯·弗兰科 James Franco 饰）一直致力于名为“Cure”的基因药物的开发，并在大猩猩身上不断进行着药物试验。在公司已经失去信心的同时，威尔继续在家完成试验，并在一只名为凯撒的大猩猩身上获得成功。借助灵长类学家卡洛琳（芙蕾达·平托 Freida Pinto 饰）的帮助，威尔发现凯撒的智力极大地提高。不过，人类的社会始终无法接受拥有极高智力的凯撒，凯撒被送往了猩猩看护所。看护所的残酷对待，使得凯撒利用智慧进行抗争，最终救走了同时被囚禁的其他猩猩，而且对它们都使用了Cure。一群高智商的猩猩与人类对立的战争就此拉开。
凯撒带领同伴撤出城市
凯撒带领同伴与人类在大桥上激战
猩球崛起第二部剧情回顾：
十年后，凶险致命的猿流感病毒蔓延全球，世界毁灭殆尽。而在毗邻旧金山的原始丛林，凯撒带领猩猩伙伴们建立起无忧无虑的王国，直到某一天，猩猩的家园的宁静再度被人类打破。在旧城苟延残喘的人类面临能源危机，他们试图利用森林腹地大坝的发电站提供能源。青年科学家马尔科姆试图说服聚集地负责人德里弗斯，希望通过和平手段取得猩猩部落的信任和同意。然而凯撒的好盟友科巴却无法摒除对人类的憎恨，他尝试着挑战者凯撒的权威。科巴趁着凯撒不留神，把凯撒打下山崖，成为族中新首领。在科巴的带领下，人猿大战爆发，科巴迅速占领人类一个基地后，养伤回来的凯撒重新夺得首领位置。
《猩球崛起3》宣布即将参加出席纽约漫展，同时曝光了第三部的剧情梗概，以及一支40秒的预告片段。凯撒的身影在漫天雪花之中出现，对着镜头独白：“你必须走，在战争开始之前，我很抱歉。战争已经开始了。”
在《猩球崛起》第二部结尾处，凯撒曾经对男主角马尔科姆说：“战争已经开始了……猿族发动了战争 。而人类……人类不会原谅我们。你必须离开，在战争开始之前。我很抱歉……我的朋友。”而在第三部中，代表人类和猿族之间维系的马尔科姆真的“离开”，将不会再出现，取而代之的是残暴的人类军队。
凯撒领导的猿族，将被迫与残暴的Colonel领导的人类军队上演一场生死大战。猿族在战斗中遭遇了前所未有的重创，由此激发了凯撒内心中黑暗的一面，心中燃起复仇的烈火。最终，凯撒与Colonel面对面进行了一场关乎猿族和人类命运的终极之战。
