第一部分：黑衣组织的介入
清晨，又是美好的一天。灰原走在上学的路上，心想：下个路口应该能碰上柯南了吧？可是，等待着她的却是可怕的劫持，黑衣人伏特加从后面捂住了灰原的嘴，她瞬间就失去了知觉。【学校】“灰原为什么还不来呢？”柯南说道。“快上课了啊！”【放学后】柯南走在路上。“奇怪，灰原今天一直没来上课，怎么回事啊？”“会不会是遇到危险了？”一旁的步美说道。“嗯......有这个可能。步美，你叫元太和光彦来，估计灰原是遇到危险了！”【阿笠博士家】柯南走到门口，突然发现了灰原的围巾和琴酒的信。信上说：灰原已经被我们抓走了，请叫江户川柯南和那个少年侦探团到此街尾的小仓库里，要不然灰原可就没命了！——琴酒。柯南大惊，忙和少年侦探团一起前往了小仓库。
刚走进小仓库，琴酒就在门后持枪而立。“江户川柯南，我们来玩个游戏吧！你们要能在1分钟内找到灰原，我就把你们全放走，否则......”这时，柯南发现了立在仓库尽头的机枪。“要是你们在1分钟之内找不到灰原，那台机枪就会把你们送到地狱！哈哈哈哈哈！”柯南立刻和少年侦探团展开了搜索，1分钟后，他们还是没能找到灰原。这时，琴酒把灰原带了出来。“哈哈哈哈哈，你们输了，我给你个选择吧！要么全体被那台机枪送到地狱，要么让那个叫吉田步美的小孩杀了你！江户川柯南，你慢慢选择吧！”
第三部分：两路崩溃的柯南
柯南有条斯里地说：“反正怎么的我都是死，我选二！”琴酒说道：“好好好！”琴酒走上前去：“江户川柯南，你要是耍什么诡计那台机枪就会启动！”说着，琴酒走到步美的身边，把手枪放到了步美手上。把着步美的手，把手枪指向了柯南的心脏。步美害怕地紧闭上了眼睛，琴酒说道：“请你自己扣动扳机吧！”元太和光彦冲上去，结果被像灰原一样被伏特加绑了起来。步美迟迟不扣动扳机，琴酒看不下去了，刚要说话，却被柯南抢了：“开枪吧，步美，反正即使我选一还是死。而且我们都得死，还不如选二了。”步美刚要说什么，柯南大喊：“快开枪啊！”步美还是不愿开枪。最后，柯南握住了步美的 手。“砰！”
第四部分：步美的心理阴影
一发子弹穿透了柯南的心脏，血像小溪一样留了下来。步美吓得手枪都拿不稳掉了下来。柯南在众人的惊讶目光下倒在了血泊中。黑衣人在达成目的后给大家松了绑，然后就离开了。灰原迅速地跑向了倒在血泊中的柯南。“你怎么这么笨啊！我们以后怎么办啊！”柯南答道：“为了......保护你们......我......死了......也......值......”柯南说完吐了一口血，闭上了眼睛。步美尖叫后直接昏倒。以为自己亲手杀了柯南的步美从此留下了巨大的心理阴影。
第五部分：柯南隆重的葬礼
随后，黑衣组织被赶来的特别行动队一网打尽。没有一个人逃走。黑衣组织的海上巨轮被特别行动队查到，清空巨轮后，特别行动队安放的特制C4被引爆。巨轮沉没了，黑衣组织也灭亡了。不久，柯南的葬礼如期举行。悲痛欲绝的少年侦探团和灰原在柯南的墓碑上刻下了“好友柯南之墓”六个大字。【15年后】两对人的婚礼在柯南的墓碑前举行了。他们就是步美、光彦和灰原、元太。他们相信，与黑衣组织同归于尽的柯南在天国会安心的沉睡下去。
小编如是说：名侦探柯南大结局有无数个版本，但这么作死的把柯南写死的很少。但是柯南迷们可以放心，这只是同人YY的结局，名侦探柯南大结局只能是柯南长大娶小兰，几乎没有悬念了。安心安心。
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