清宣统元年（1909），虚云老和尚七十岁，从马来西亚槟榔屿起运龙藏抵达缅甸仰光，由高万邦居士接送到瓦城，并请一尊玉佛供养祝圣寺，在新街观音亭，再雇驮马运到鸡足山，玉佛太重，暂奉于观音亭，其余各件由三百余匹马驮行，人马并行，几及千众。经云南腾冲、下关，进入大理地界，云气变幻，洱海腾波，雷电交加，而无雨降，一直将藏经迎请入祝圣寺，腊月三十日香会期间奉经供于藏经楼，万众欢悦，待举行完毕奉经典礼，大雨滂沱，连下两日，众咸谓洱海龙王迎奉藏经。
宣统二年（1910）夏，在结夏安居期间，虚云老和尚为寺院大众开讲楞严经，寺院的古栗树，忽绽放优昙钵罗花数十朵，形若芙蕖，花涌如盆，色似黄金，香蕊含苞，花朵香洁，从四月一直开到九月不萎，见者无不称异。优昙钵罗花，也称灵瑞花，当佛法弘兴，乃现于世以为瑞应先兆。九月在云棲寺传戒，有古梅树已枯死百年，忽绽开满树莲花。张璞述有《优昙钵花记》一文记述这两件灵瑞之事。
黄牛皈依。虚云老和尚有一次寓居腾冲万寿寺，一日与提督张松林坐谈期间，忽然有一黄牛奔驰座前，双腿前跪，泪流不止，不住点头礼拜，形状悲惨。正不知何故，随后牛主杨胜昌及围捕牛者多人同到，杨胜昌乃当地杀牛屠夫，今日本欲杀此牛以售卖，未曾想此牛灵通，脱缰逃向寺院求救。老和尚闻此，心生怜悯，抚牛头向牛传话说：“你想逃脱这一厄难，必须皈依三宝，我助你解脱死难”。牛闻言即频频点头，用头依偎在老和尚身边，即为说三皈依，令牛起立，驯服如人。老和尚即出金钱买此牛放生于万寿寺，牛主杨胜昌受此感化，坚决不受酬金，在佛前立誓改业，再不杀生，请求皈依三宝为居士，并吃长斋。张提督感斯异事，大受震撼，遂安排杨胜昌到一商店做工，以为长久之计。
侍者崇法。云公上人在祝圣寺时，身边有一个侍者叫崇法，披剃于镇南州南山寺，云南协统李根源命他为南山寺住持，他不愿意，坚持留在老和尚身边护持，带疾随从云公各处为佛教事业而忘我奔波，终致病亡，三日后坐龛，面容如生，七日后荼毗，放灵骨入筇竹寺普同塔中。1917年，云公将寄放于缅甸的玉佛运回鸡足山，途经金牛台时，有匪首张结巴聚悍匪数百盘踞于此，杀人越货，四出劫掠，无恶不作，商队行旅皆不敢通行。虚云老和尚久住寺院，原不知这一情况，人马行到此地，方悉原由，但已进退维谷，骑虎难下，不得已冒险入住旅店，行李骡马停歇于店门广场，只得静待事变。夜半时分，忽见崇法挑帘入门，俨如生时，搭衣展大具礼拜说：“和尚勿虑，弟子一路随侍左右，今天晚上土匪们不会来了，一切平安无忧”。是夜平安度过，天明起行，一路至鸡足山，皆平安无事。在祝圣寺前后有两位侍者，一是崇法，另一名叫澄净，年龄相近，并是英俊衲子，耿耿为公，一心向佛，为教务奔忙致疾，死而不逾，足为佛子风范。
宣统三年（1911）10月10日辛亥革命成功，推翻帝制，建立民国。据《虚云老和尚自述年谱》及《滇南纪事》中记载，云公老和尚以佛法悲智化解灾厄，利济苍生，消弭祸患于无形之中，略述三事：
化解祸乱，造福宾川。宾川县官张知县精明强悍，杀戮盗匪无数，以通匪之名逮捕群众，引发众怒，结为会党，假借辛亥起事，群攻县署，必杀张知县以报仇。虚云老和尚恐怕因此祸乱而令无辜百姓惨遭杀劫，遂说服双方和解，群众退散，祸乱遂解。而当时全国各省相继宣布独立，云南由蔡锷任都督，亦宣告独立，张知县之子张某为蔡锷在日本留学时的同学，被任命为外交司长。事后，张知县写信礼谢云公说：公并非只是挽救了我一个人的生命，其实是造福于宾川全县的民众。试想如果不是老和尚出面化解，当时不明真相的暴民绝对会攻入县衙，而我一定会被杀害，杀父之仇，我的儿子能不报复吗？此祸一起，真不知会有多少人民惨遭杀戮？
沟通汉藏互信，完成国家统一。民国建立，西藏地方统治者恃险抗拒，不肯归服，政府命令云南出兵讨伐，以殷叔桓为总司令。虚云老和尚忧虑战祸一起，汉藏百姓千万人民生命财产必受伤害，于是举荐德高望重的丽川四宝法王东保喇嘛于殷叔桓，入藏沟通西藏上层活佛，解除战祸，和平统一全国，汉藏三十年太平无事。
度化无智武夫，成为法门外护。辛亥革命成功，云南独立，当时掌控兵权者是协统李根源，亲率军兵到处毁寺逐僧，指名要抓捕鸡足山虚云问罪，毁坏了鸡足山大王铜像及佛殿、诸天殿等建筑，全山诸寺僧众惶恐逃避。虚云老和尚看到事态紧急，抱持以身殉佛的誓愿，亲赴李根源军部驻地，称名请见，门卫守兵认识云公，劝告他速逃避祸，不为通报。老和尚不顾一切，迳入大堂面见李根源，李怒形于色，厉声问公：“佛教有什么作用，对国家和社会又有什么利益”？云公从容对曰：“圣人设教，总以济世利民，从古政教并行，政以齐民，教以化民，都是从最基本的教化人民去恶修善为开始……佛教是教人治心，心为万事万物的根本，本得其正，万物得以安宁，天下人心安定，心安则人人知礼守法，天下太平矣”！李根源闻语沉吟片刻，面色稍霁，又斥责说：“佛教治心即是，要这泥塑木雕、金铜画像又有什么用处？空费钱财”！云公回答道：“佛言法相，相以表法，不以相表，于法不张，塑像是令人生起敬畏之心。人心若无敬畏，则肆无忌惮，将无恶不作，作恶而无羞耻之心，则所作尽恶，天下动乱，天灾人祸，岂有休止？即以世俗来说，尼山塑圣，历朝塑造孔子的形象以为祭祀，丁兰刻木，二十四孝子中丁兰肖刻父母木像以为侍奉，中国各姓宗族祠堂祭拜祖先，以及欧美各国所造的历史人物纪念铜像，也是让人民心有所归，生起敬仰之情，对改造人心、移风易俗，是有不可思议的功效。如果以佛理而言，语其极则，若见诸相非相，即见如来”！
李根源毕竟是读过孔孟圣贤之书的人，听到这一番道理说出，心中对佛僧的过结已解，招呼左右倒茶摆放糕饼果点，面现和悦，又疑惑不解地问：“佛法虽好，但是现在的出家僧人和尚尽不做好事，引起社会非议，反成为国家社会的废物，要他倒用”？公解释说：“和尚是通称，有圣贤之人，也有凡夫俗子，这个要区别清楚，不能混为一谈。不能看到几个不成才的俗僧，就连整个僧团的观音、文殊及千二百阿罗汉僧与历代祖师都放弃了。这就比如因为一两个不肖的秀才，就怪怨责骂孔子，并且要拆毁孔庙大成殿一样。即如今先生您统领军兵，虽然军纪严明，秋毫无犯，但是能保证所有的兵卒一一都如同先生您这样聪明正直不害百姓吗？大海不弃鱼虾，而成就其大，佛法以众生法性为海，无所不容，故能度尽一切众生而无众生相可得。僧秉佛化，潜移默化，不为自己求安乐，但愿众生得离苦，弘法利人，救世济民，转变世道人心，并非全是废物也”。李根源愈听愈欢喜，于是留公晚斋，秉烛夜谈，俄而笑逐颜开，俄而俯首致敬，从因果报应，讲到业网因缘，众生、世界相续业因，以及法界源流，理事无碍，五时八教，菩萨六度四摄修行，以及佛果菩提涅槃……天色将曙，李根源喟然叹息曰：“佛法广大如此，吾已杀僧毁寺，所造恶业重矣，奈何”？云公安慰道：“此一时风气使然，非公之过，愿以后极力保护，则功德莫大矣”！李根源大悦，翌日即移住祝圣寺，追随云公身入众僧之中，蔬食杂役，早晚课诵，是时山中忽现金光，金光遍照山峰，草木皆为黄金之色。根源大为感动，执弟子礼，拜老和尚为师，皈依佛门为俗家弟子，奉请云公为鸡足山全山所有寺院的总住持方丈，乃引兵离去。
此后四十年中，虚云老和尚在各名山道场开办佛学院，组织佛教会，以及施医弘化、建寺安僧种种佛教事业，皆得根源为之周旋赞助，护持法门，用力颇多，谈禅说法，时有妙谛，居然成为虔诚护法居士。是年冬季，为佛教会章程等事，北行至沪与冶开、太虚、谛闲、仁山诸师斡旋协商，于南京会晤孙中山先生，复与寄禅和尚同往北京再晤袁世凯，寄禅坐脱于北京法源寺，云公料理后事，扶柩至沪，于上海静安寺召开佛教总会成立大会。之后亲领云南、贵州及西藏分会公文回滇，李印泉（根源）居士介绍云南督军蔡东坡（蔡锷）及全省官员为佛门护法，赞助佛教各种弘化事业。
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