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由于生蚝的生物学特性及生长环境与季节因素，其在滤食时易在消化道内蓄积大量的致病因子（如诺如病毒、副溶血性弧菌等），如果进食不当，会导致人体感染诺如病毒，出现呕吐、腹泻等消化道症状。
从饮食安全的角度出发，选购和食用生蚝时需注意以下几点：
1、选购生蚝时轻轻地敲击它的壳，活的生蚝会迅速闭上壳。买生蚝时向卖主要一点海盐，溶于清水中，营造海水的味儿。然后在盆中放两只平时不用的筷子，目的是不让小筐沉底，最后将装满生蚝的漏筐放在上面浸泡，再滴几滴麻油，2~ 3小时后就会看到盆底会有一些脏东西。
买回家的活生蚝也可先放入食盐水中“养”几天，这样可帮助其排出各种毒素和沙子。
2、如果买回家的生蚝不马上食用，可放入冰箱（将生蚝平面朝上，因反扣会使壳内水分流）。新鲜活生蚝在不开壳的情况下加冰冷冻一般可保存两至三天，一旦开壳会立即死掉。不新鲜的生蚝肉容易滋生大肠杆菌，人吃后易导致急性肠胃炎。
3、重金属等污染物易蕴集在生蚝的内脏团中，因此烹调前先用刀把生蚝的壳撬开，把闭合肌堵截，然后挖去肠子等内脏（略微发黑的肉块多是内脏团）清理干净后，无论采用哪种方式烹制生蚝，都应烹制足够的时间，让生蚝肉煮熟熟透。烹制生蚝一次不宜太多，否则可能造成生蚝受热不均，使一部分生蚝无法熟透。因蚝和盐中钠的比例都高，故烹制时不宜添加盐，否则摄取过量钠，会增加心血管负荷。
4、生蚝本性寒凉，建议食用时避免与一些寒凉的食物共同食用（如空心菜、黄瓜等蔬菜），饭后也不宜马上饮用或食用冰镇饮品（如汽水、冰水、雪糕等）及少吃或不吃西瓜、梨等性寒水果，以免导致身体不适。
如果食用生蚝后一、两天内出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等不适，应及时前往医院对症治疗。
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