当临床医生怀疑患者由乙型肝炎转变成肝癌时，需要检验学上的确认，常规项目有B超，CT，核磁共振等影像学检查及血液生化检查。与肝癌诊疗相关的血液检查主要是检测肿瘤标志物——甲胎蛋白（AFP），其它的检测还有铁蛋白（Fer），血清酶（r—GT及同工酶，AFU，碱性磷酸酶及同工酶，丙酮酸激酶及同工酶，胎盘型谷胱甘肽S—转移酶）等。
在临床中研究表明，原发性肝癌大约有70%~90%的患者甲胎蛋白（AFP）增高，并且甲胎蛋白数值水平与肿瘤大小呈相关性，具有密切关联。转移性肝癌以及非肿瘤性疾病如肝硬化、肝纤维化、急慢性肝炎、先天性胆道闭锁等，也可见甲胎蛋白增高。其他恶性肿瘤如卵巢癌，胃癌，结肠癌，睾丸癌，胰腺癌等，临床上甲胎蛋白水平也是高于正常值。
在肝癌诊断方面，一般以400μg/L分界，作为原发性肝癌（PHC）的诊断临界值。大于400μg/L需要高度重视，400μg/L以下可以随诊观察。但是一部分原发性肝癌（PHC）患者的甲胎蛋白也在正常范围内。临床上诊断认为，甲胎蛋白数值水平高低与肿瘤的分化程度有关，中等分化程度的肝癌多合成甲胎蛋白，而低分化和高分化程度的肝癌很少或者不合成甲胎蛋白。因此，临床检测甲胎蛋白数值对于患者病情的评估和治疗效果评价有一定意义。
甲胎蛋白虽然对早期肝癌诊断是较好的指标，但临床实际意义还是有限。有部分肝癌患者甲胎蛋白浓度持续在20~200μg/L，对于做出早期诊断有一定困难。一般情况是甲胎蛋白数值≥500μg/L，持续一个月，并且排除其他相关疾病，尤其要和肝硬化相鉴别；或甲胎蛋白≥200μg/L持续两个月不降低，同时参考肝功能生化异常指标，并参照影像学检查，基因学检查，细胞学检查，才能做出准确的判断。
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