日本基督教系的私学，其中最有名的要算新岛襄的同志社（现为同志社大学）了。
幕末留学海外，明治七年回国时新岛才31岁，这点与福泽谕吉、大隈重信不同，而且他在安默斯特学院取得理学士号后又毕业于安多弗神学校，是美国大学正规的毕业生。他在美国帮助岩仓使节团进行调查，所以与田中不二麻吕、木户孝允等关系密切，一般认为一部分《理事功程》是由新岛执笔的。早在美国的新岛便“希望一旦归朝，将设立大学，为我邦国尽微薄之力”（《同志社百年史》通史篇一，13页）。在得到美国基督教相关人员以及支持者的捐款后，明治八年新岛在京都成立了设立大学的母体社团——同志社，并率先建立了英语学校。
如今的同志社大学
据说明治十五年开始具体讨论大学的建设计划，作为安默斯特学院的毕业生，新岛设想了一个基督教主义的综合大学，在美国式文理学院上加专门学部。这个构想已具体到哪一步，不得而知，也许只是新岛描绘的一个宏伟的理想。
在明治十七年颁布的大学《创立规则》中，新岛计划先设立文学部，教授“文学、历史、哲学、政事、经济等学科”，然后逐步设立法、理、医等学部，并于明治二十一年通过报纸杂志在全国范围呼吁国民向大学设立的基金“同志社大学义捐金”捐款，大学虽由同志社设立，但校名予定为“明治专门学校”，募捐目标是10万日元，新岛为此亲自走访全国各地进行募捐，但最后并没取得应有的效果，没等到大学设立，新岛于明治二十三年辞世（同书，227～239页）。
新岛襄
在这期间，美国人乔纳森·哈里斯（美·Jonathan N.Harnis）以理化学的教育研究为名，拿出了10万美元的高额捐款。明治二十四年用此款作基金开设了“波理斯理化学学校”，明治二十五年又在同处设立“大学部”，但仍无起色，无奈停办。明治二十四年成立了有政治、理财两个学科的同志社政法学校，估计是当初计划的一部分，同样因招不到足够的新生而徒有其名，直至消失（同书，369～429页）。只有数名学生的同志社的两个学校，可看作新岛饮恨早逝后生前美梦留下的一点残影。直到大正期后同志社才作为一个高等教育机构开始进入稳步发展期。
关于“私立大学”，维新后赴日的外国传教士也尝试设立美国式的文理“学院”。对他们来讲，最重要的是设立神学校，但同时也重视建设一般学校，以顺应“文明开化”带来的英语学习热潮，并将其作为一种传教手段。在东京的立教学院、明治学院、青山学院等教会系、学院系学校便属此例，这类学校最终也成为私立大学的源流之一。
比如圣公会系的立教学校，成立于明治七年，后于明治十三年重起炉灶改为立教大学校，明治二十三年又返回旧名立教学校（现为立教大学），此校就是一个“完全模仿美国的学院组织模式，教授预科两年、本科四年的高等普通课程”（《立教学院百年史》，187页）的典型，英文名也称作“圣保罗学院”（St.Paul＇s College）。
前面已经提到，新大陆美国不受欧洲传统束缚，设立学校时对校名也没有什么限制，导致新教各派竞相成立私立学院。从美国来日的传教士毫不犹豫地将那些用英语为年轻人进行高等普通教育的学校称为学院，日语即为“大学”或“大学校”。
庆应义塾着手讨论专业教育课程即“大学部”的开设是在明治十九年以后，如维持现状，牵涉到征兵制，将无法免除、延期兵役。这大概是开设大学部的理由之一，但帝国大学的成立或多或少地促进了这种变化。
旧神学馆
明治学院（现为明治学院大学）的源流之一是美国长老会于明治十年在筑地设立的英语学校，当时称为筑地大学校。青山学院（现为青山学院大学）的前身东京英和学校的英文校名为“东京·安格鲁日本学院（Tokyo Anglo-Japanese College）”，成绩优秀的毕业生被授予美国澳尔滨学院的学士号（《青山学院九十年史》，176页）。
但实际上这些学校既不及当时日本作为“范型”开始模仿的欧洲大学，也远不及美国的学院。
这些学校虽称为学院，但实质上主要教育课程只相当于重视英语教育的寻常中学校，再在上面添加两年相当于高等教育水准的课程。立教大学校在明治二十三年将校名更改为立教学校，就是校方应诺了学生要求改革“学则过于外国化”的请求，“欲摆脱对美国学院的一味模仿，使其成一日本高等中学校而着手改革”（《立教学院百年史》，188页）的结果。
1879年，英语学校最初的毕业生
其他各校也都设置了冠以高等普通部、专门学部等各种名称的高等教育程度的课程，但少见学生，毕业生也寥寥可数。“有众多的外国教师，英语教育又很充实，作为升入高等中学校的补习学校，因学院普通部远比一般寻常中学校要好而得到了社会上的肯定”。（《明治学院百年史》，151页）这段记述比较精确地概括了当时教会学校的基本性格。
明治十年代前半期，政府有关人员就大学、高等教育体系的模式该取自欧洲还是美国引起过一场较为激烈的争论，那一段时期同志社、立教等教会私学正开始设立学院，说明支持美国模式的土壤正在逐步形成。官立为主国家“自上层”构建体系的对立面，是“私立”为主由民间“自底层”自发性地形成体系，不可忘记这两个性质迥异的选择项曾在日本并存过，虽然这段时间非常短暂。
图书介绍：
https://baike.baidu.com/item/大学的诞生/12488032
（本文节选自笹川日中友好基金“阅读日本书系”之《大学的诞生》，南京大学出版社出版社。文中图片均来自维基百科，转载请留言获得授权。）
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