欲明白袁世凯与张之洞的关系，须对晚清时期的清流、浊流两股政治势力有所认识。同治、光绪年间，政坛以品性不同被划分为“清流”、“浊流”两派。清流是一群翰林和御史，标榜气节，喜参劾贪劣官员，对外多主战，缺点是不谙形势，放言高论，不切实际，张之洞是其中一员健将，号称清流的“青牛角”。浊流则是一些颇具才干、喜学洋务的官员，对外常主和，弊端是往往不免贪诈，其中李鸿章、袁世凯是学洋务最著实绩，而清流常常攻击的目标。中法战争后，清流的鼎盛时代一去不复返，张之洞从清流派中跳出，转而学习洋务，成为继李鸿章等人之后的“洋务殿军”。李鸿章曾经讥诮说：“天下事为之而后难，行之而后知。从前有许多言官，遇事弹纠，放言高论，盛名鼎鼎，后来放了外任，负到实在事责，从前芒角，立时收敛，一言不敢妄发，迨至升任封疆，则痛恨言官更甚于人。尝有极力攻讦我之人，而俯首下心，向我求教者。”李言下所指即张之洞。到庚子事变，李鸿章与张之洞因政见不合，以致相互谩骂起来。李主张联俄，张主张联日，李力持签订辛丑条约，张反对签约。李上奏曰：“毋听张之洞书生见解。”有人将此语传入张之洞耳中，张大怒道：“我是书生，他是老奸巨猾。”为此，慈禧不得不下诏为二人调和。
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袁世凯是李鸿章淮军集团的后起之秀，受李影响甚深。袁做事干练明达，但不免权诈，用人重视实际才干，而不喜文人书生，曾谓：“宁用不通之学生，不用虚名之文士。”甲午之战后，李鸿章失势，袁世凯另觅门路，多方钻营，希望能得到编练新军的机会。张之洞这时也帮了他一把，保荐袁世凯为练兵人才，称他“于兵事最为相宜”，可以使他“专意练习兵事”。袁世凯得到小站练兵的机会，奠定了他日后发迹的基础。
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但到庚子事变，袁世凯对张之洞另生意见。当时慈禧与光绪奔逃西安，八国联军占据北京，时局混乱几有亡国之势。其时袁世凯任山东巡抚，与下属曹倜品评平乱人才。曹认为李鸿章、刘坤一可以胜任，并言：“李刘而外，惟宫保一人耳。”袁谓：“作搭截题，必有过渡文字。李刘两公为中兴勋旧，予乃新近一人，安能直接而下，必须有过渡文字者，方可贯彻全文。子再思之。”曹稍作停顿，推举张之洞，并言其才大而力果，由京堂擢升督抚，迭膺艰巨，罔不措置裕如，思可作过渡之一人。袁笑而不言。之后袁世凯领衔参劾端王、刚毅等人主战误国，与张之洞产生分歧，方对曹曰：“子犹记前谭论平乱人才乎?毓贤愚昧，以拳匪为义民，揄扬当道，拳匪遂充塞于王公大臣之门，仇鼓之声遍于都下，六国联军深入，卒致两宫不安，仓皇出走。端王、刚毅、赵书翘等，糊涂昏聩，腾笑全球。在使臣受外人刺激，觉悟自在意中;而疆臣中竟无一人识时务者，岂不为外人所讥?予遂通电全国，约会联名参奏，乃不赞成者半，不覆电者又半，只有刘制军即日回电，请主稿会衔。次日李傅相电称：刚、赵等出为督抚，入为枢臣，何以不明事理，一意盲从。至端王足不出户庭，素无经验。折内当严参满汉大臣，带参端王。如同意，请主稿会衔。予即按照电文拟稿以待。予十五岁时，曾由先大夫带领，以世晚之礼见张南皮一次，素佩其才识过人，故复去电促之。迨回电，有‘参端王如大阿哥何’一语，迂哉迂哉!予复电谓：‘事果决裂，国亡且不免，遑顾其他?’南皮乃回电允为列衔。盖参折列名仅四人耳，与子言正相合也。”
李鸿章死后，袁世凯承继了他的衣钵，成为直隶总督兼北洋大臣。袁世凯对张之洞是既敬重又鄙夷，敬重张是政坛前辈，位高望重，鄙夷的则是张时露书生见解，迂阔不当。但从增强己方政治势力考量，袁世凯此时对张之洞仍竭力结纳。袁世凯初任直隶总督，曾南下汉口，拜会张之洞。袁与张的属下谈论时，就极力赞誉张之洞在湖北规画宏大，称：“当今唯吾与南皮两人，差能担当大事。”在宴会上，袁、张交谈甚为融洽，宴后，屏退仆从，两人密谈二小时之久，后张之洞因精力不支，昏昏沉沉，倚着桌子竟要睡着了。袁世凯悄然退出，吩咐下人勿惊动张大帅。袁以直隶总督身份，按制度出入辕门必须鸣炮，张为炮声惊醒，急忙追袁，追至下关，两人各致歉意，约定后会有期。
庚子以后中国政局进入一个新的时代，史称“清末新政”。袁、张在政府官员中属于思想较为开明，努力学习西方的一派，在各自辖区对新政的纵深发展和推广着力最多，北洋新政与湖广新政也都声名卓著，领先于其他各省。两人政治改革趋向相近，时常函电往返，交换意见，取得共识后奏报朝廷。两人又因禀性、经历不同而各有所长，在协商过程中，取长补短，彼此尊重，形成了一种既合作又竞争的良性互动。
譬如练兵一项，袁世凯因小站练兵起家，最富经验，而张之洞自称“弟儒家者流，岂知兵事”，对袁十分推崇，称“当世武学，敬当推袁”，所以编练新军之事张十分注重向袁请教。后来同入军机，张之洞又问起练兵的秘诀，袁谓：“练兵的事情，看起来似乎很复杂，其实也很简单，主要的是要练成‘绝对服从命令’。我们一手拿着官和钱，一手拿着刀，服从就有官和钱，不服从就吃刀。”而有关文教方面，因张之洞中过探花，翰林出身，而袁世凯则举人都未中，故袁世凯多向张谦逊求教。如废科举，袁世凯以张之洞为“当代文学之宗”，希望由张主稿，张未同意。袁起草后，立即电张，两人会衔上奏，但未能取得中枢赞同。后年袁世凯又起草一份请停科举的奏稿，由张之洞斟酌增减，最终定稿，上奏后得到朝廷批准，在中国历史上推行了一千多年的科举制遂告结束。
但袁世凯与张之洞绝非能和衷共济的同道，两人在表面的合作关系下，掩藏着多重轻重不一的矛盾与纠葛。袁世凯初会张之洞即遭怠慢，已有心结。而次年张之洞为上京城路过保定，拜会袁世凯。袁率领将领官员数以百计，大摆筵宴，隆重招待张之洞，袁本人也是恭恭敬敬执礼。但就在宴席中间，张之洞又倚案垂首，昏昏入眠，隐约还有鼾声。张之洞因为起居无节，习惯于夜间理事，昼间午后睡眠，因此精力无法支撑。但袁世凯以为张之洞故作倨傲，怠慢自己，十分不满。直到数月之后，袁与幕僚忆及此事，犹恨恨不已。后来逢张之洞七十寿辰，袁世凯送寿屏十六幅，命幕僚张一麐作文，张逊之书写。张一麐不解，问同事，同事称：“府主以南皮为文章山斗，善骂人，汝与逊之皆出南皮门下，若以为写作不佳则是自骂其门生也。”张方恍然大悟，同时也慨叹袁世凯在这等交际应酬的小事上也是如此钩心斗角。
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