在事业单位工作，不管岗位是否相同，工作内容是否相同，有没有编制，其间的差别还是十分大的。编内编外的工作内容基本相同，除一些保密性岗位之外，其他岗位编内编外都可以干，虽然大多数编外人员从事的都是一些辅助性工作，或者后勤服务工作，但仍然有一些编外人员，干的工作的编内人员一模一样。尽管如此，编内人员可以享受的待遇和发展前程，却和编外人员基本没有什么关系。
1、工资待遇差别：编内编外，差别最大的并非是工作岗位和工作内容，而是工资待遇。首先，工资经费来源不同。编制内事业人员的工资、经费等，是由省财政统筹供给，部分由地方财政供给，而编外人员的工资、经费，则全部是由地方财政自行供给。
其次，工资标准不同。事业人员的工资标准，是由国家统一制订，无论是职级工资，还是职称工资、工勤人员工资，都有一套固定的核算系统，并根据地区间的差异，进行不同程度的调整。各地事业人员的工资总额不同，经济发达地区工资总额是中西部欠发达地区的一两倍以上，但实际上相同岗位的基本工资是一样的，有差别的只是福利、补贴而已。对于编外人员来讲，没有相应的工资核算系统，只有地方财政部门根据当地社会平均工资，与编外人员签订的合同工资标准，并根据地方经济增长水平和消费水平，定期不不定期进行调整。
第三，奖金、福利、补贴不同。编内人员有各种奖金，考核奖励、业绩奖励、年终奖、项目奖等，还有住房补贴、租房补贴、话费补贴、餐补、取暖费、降温费、出差补、休假补、加班补贴等，各地根据财政收入情况不同，发放的范围和标准、项目不同。经济发达地区补贴、奖金比工资还高，经济困难地区福利补贴非常有限，国家规定发放的没钱照样不发。对于编外人员来讲，虽然《劳动合同法》规定同工同酬，合同工临时工享有和正式职工一样的福利补贴待遇，但实际上除了工会发的劳保，以及逢年过节的小福利而外，编外人员是没有资格享有在职人员享受的大部分的福利补贴的。
第四，社保费用不同。在编人员执行的是机关事业人员养老保险制度，社保部门强制性从工资中扣缴，“五险一金”一样不缺，个人缴的、国家补的一分不差，缴的多，享受的就多。编外人员执行的是企业养老保险制度，也就是近几年社保管理规范，机关事业使用的编外人员，社保费用缴纳才渐渐正常化，以前都是不缴，或者减项缴。不仅标准低，而且还常常被扣，保障性差。
2、发展前途不同。事业单位在编人员，分为管理岗位、专业技术岗位、工勤岗位，分别有不同的发展前途。管理岗位按照十级管理职级逐级晋升，享受岗位级别对应的待遇。专业技术人员按照职称级别晋升，初级职称有初级职称的待遇，中级职称有中级职称的待遇，到了高级职称，其享受的工资待遇，和管理五、六级人员，或者是公务员处级干部相差不大。而待遇最差的工勤人员，也有专门的初级工、中级工、高级工、技师、高级技师晋升道路，对应的工资待遇相差极大。
编外人员则没有这样的待遇，无论是在哪个岗位工作，和职级、职称待遇晋升没有任何关系。能一辈子呆在机关事业单位工作，都算是一种福利。如果遇到机构改革，精简人员第一个对象就是编外人员。即使干了二三十年，也是临时工一个，拿着微薄的工资，没有转正的机会，也谈不到发展的前途。
3、其他：事业人员按照《事业单位人员管理条例》规定，进行规范管理，约束的主要规范，是行政法规和管理制度。而编外人员遵照的是《劳动合同法》，一切以法律说了算，同样也要遵守单位的各项规章制度。享受待遇的时候，规章制度把编外人员排队在外，承担责任义务的时候，编外人员则是一视同仁。
