真核细胞中具有一定结构和功能的结构叫细胞器，无形的胶质状态的是细胞质基质，有时候也将细胞核称作最大的细胞器。高中课本将细胞核排除在细胞器之列。除了我们熟知的八类细胞器（线粒体、叶绿体、核糖体、溶酶体、中心体、内质网、高尔基体、液泡）外，还有其他不为人所熟知的细胞器。
一、分离各种细胞器的方法研究细胞内各种细胞器的组成成分和功能，需要将这些细胞器分离出来。常用的方法是差速离心法：将细胞膜破坏后，形成由各种细胞器和细胞中其他物质组成的匀浆；将匀浆放入离心管中，用高速离心机在不同的转速下进行离心处理，就能将各种细胞器分离开。
用差速离心法分离细胞匀浆中的各种细胞组分↑
二、常见细胞器1.核糖体无膜结构，由大小两个亚基组成，大小亚基都是由蛋白质和rRNA构成，是“生产蛋白质的机器”。所有细胞都含有核糖体（特例除外）。同时核糖体是原核细胞唯一的细胞器。（其实还有一种：细胞蛇，只不过目前还没进入中学课本。）
原核细胞核糖体结构模式图（不同侧面观）↑
核糖体主要活性部位示意图↑
按存在的生物类型可分为两种类型：真核生物核糖体和原核生物核糖体。真核细胞中按核糖体存在的部位可分为三种类型：细胞质核糖体、线粒体核糖体、叶绿体核糖体。真核细胞中，核糖体有的附着在内质网上，有的游离分布在细胞质中，所以核糖体又可以分为附着核糖体和游离核糖体两类。
2.叶绿体2.1 叶绿体是绿色植物能进行光合作用的细胞含有的细胞器，是植物细胞的“养料制造车间”和“能量转换站”。是植物进行光合作用的场所。两层膜（外膜、内膜）、基质、基粒。基粒由囊状结构(类囊体）堆叠而成 。在类囊体上，有色素和酶。基质中含酶及少量DNA等。
2.2 叶绿体是植物细胞特有的细胞器吗？
从各种分界系统可以看出，无论两界、三界、四界、五界还是六界系统分类系统，原生动物都不属于动物界也不属于植物界。由于眼虫（原生动物）有叶绿体，所以“叶绿体是植物特有的细胞器”的说法不准确。更准确的说是，与动物细胞相比，叶绿体是植物细胞所特有的细胞器。
3.线粒体线粒体是细胞进行有氧呼吸的主要场所，是细胞的“动力车间”。细胞生命活动所需的能量，大约95%来自线粒体。两层膜（外膜、内膜）、嵴（属于内膜）、基粒、基质。含有与有氧呼吸有关的酶，少量DNA等。线粒体多集中在新陈代谢比较旺盛的部位，因为要为生命活动提供大量的能量。
在用高倍显微镜观察叶绿体和线粒体实验中的染色原理，健那绿(Janus green B)染液是将活细胞中线粒体染色的专一性染料，可以使活细胞中的线粒体呈现蓝绿色，而细胞质接近无色。
4.内质网内质网是由膜连接而成的网状结构，是细胞内蛋白质合成和加工，以及脂质合成的“车间”。是膜面积最大的结构。分为粗面内质网和光面内质网。
高尔基体主要是对来自内质网的蛋白质进行加工、分类和包装的“车间”及“发送站”。高尔基体在细胞中起到交通枢纽的作用。
溶酶体是“消化车间”，内部含有多种水解酶，溶酶体起源于高尔基体。溶酶体的作用①能分解衰老、损伤的细胞器②吞噬并杀死侵人细胞的病毒或病菌。被溶酶体分解后的产物，如果是对细胞有用的物质，细胞可以再利用，废物则被排出细胞外。1949年，比利时的德迪夫首先发现。
小鼠膀胱上皮细胞中的溶酶体↑
7.液泡液泡主要存在于植物细胞中，内有细胞液，含糖类、无机盐、色素和蛋白质等物质，可以调节植物细胞内的环境，充盈的液泡还可以使植物细胞保持坚挺。
中心体见于动物和某些低等植物的细胞，由两个互相垂直排列的中心粒及周围物质组成，与细胞的有丝分裂有关。有丝分裂时发出星射线，形成纺缍体。
细胞质包括细胞质基质、细胞器。是细胞代谢的中心。
在细胞质中，除了细胞器外，还有呈胶质状态的细胞质基质，占据着细胞质膜内和细胞核膜外的细胞内空间,由水、无机盐、脂质、糖类、氨基酸、核苷酸和多种酶等组成。在细胞质基质中也进行着多种化学反应。
真核细胞中有维持细胞形态、保持细胞内部结构有序性的细胞骨架。细胞骨架是细胞质基质的主要结构成分，由蛋白质纤维组成的网架结构，主要包括微丝、微管和中间丝等结构组分。与细胞运动、分裂、分化以及物质运输、能量转换、信息传递等生命活动密切相关。
四、细胞器之间的协调与配合
细胞内的各种生物膜不但在结构上互相联系，在功能上也是既有分工又相互联系的。各种生物膜的分工合作、相互配合是细胞生命活动协调进行的结构与功能的基础。
例：下图表示用3H-亮氨酸标记细胞内的分泌蛋白，追踪不同时间具有放射性的分泌蛋白颗粒在细胞内的分布情况和运输过程。其中正确的是 ( C )
五、细胞的生物膜系统在细胞中，许多细胞器都有膜，如内质网、高尔基体、线粒体、叶绿体、溶酶体等，这些细胞器膜和细胞膜、核膜等结构，共同构成细胞的生物膜系统(biomembrane system)。
即细胞膜和细胞内的膜系统统称为生物膜。所以细胞内的膜结构都属于生物膜，包括线粒体内膜、叶绿体类囊体膜、囊泡等。需要注意的是生物膜系统是在细胞这个范畴内的，该概念不能超出细胞的范畴。例如下面的例题的C选项。
例：下列有关生物膜的叙述，不正确的是（ ）
A．膜的组成成分可以从内质网膜转移到高尔基体膜，再转移到细胞膜；
B．各种生物膜的化学组成和结构相似；
C．生物膜是对生物体内所有膜结构的统称；
D．生物膜既各司其职，又相互协作，共同完成细胞的生理功能。
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