“焚书坑儒”这种说法最初出现在西汉时期，司马迁写《史记》的时候，通篇只字未提“坑儒”。“焚书”和“坑儒”虽然都出现在秦朝，但并不是同一件事。
“焚书”的始作俑者并不是秦始皇嬴政，而是秦孝公在位时期的改革家商鞅。
《韩非子》记载：商鞅变法，对旧制度进行了大刀阔斧的改革，其中就包括“燔[fán焚烧]诗书而明法令。”
但第一次焚书记载简略，并没有说明在哪里，究竟焚烧了哪些书。
史上第二次焚书发生在秦始皇统一天下之后，首倡者为丞相李斯。
大臣周青臣建议皇帝废除由来已久的诸侯分封制，改为郡县制，遭到了博士淳于越的坚决反对。丞相李斯不失时机进言，主张施行郡县制。
将全国划分为三十六郡，建议秦始皇法令出一，禁止书生厚古薄今，迷惑百姓，除《秦记》、医药卜筮种树之书之外，六国史书等其他书籍全部焚烧。
秦始皇最终接受了李斯的建议，为实现帝国民众思想、文化的高度统一，废除分封制，改为郡县制。
焚书的同时，严禁民间藏书；严禁书生聚会研讨学问，违禁者当众处死；发现有厚古薄今者，诛灭全族；官吏包庇罪犯，或不作为者，与罪犯做同罪处理。
焚书令下达三十日，依旧不焚烧禁书者，在脸上刺字涂墨，流放到北方修长城；有学习法令的书生，可以拜当地的官员为师。
事实证明，秦始皇搞残暴的文化专制、思想专制是不得民心的，他为后代的帝王开了一个恶例，春秋时期百家争鸣的文化繁荣景象从此一去永不复返。
“坑儒”和“焚书”不是同时发生的，坑儒也不是活埋儒生、书生，而是方士、术士。
秦始皇追求长生不老，很多方士、术士应运而生，如徐福、卢生、侯生等，这些人借着给皇帝寻访仙药的机会，四处招摇撞骗，浪费了大量的财力物力。
《史记》记载：秦始皇听说一些方士、术士逃跑后，勃然大怒说：“吾前收天下书不中用者尽去之，悉召文学方术士甚众，欲以兴太平，方士欲练以求奇药。今闻韩终去不报，徐巿等费以巨万计，终不得药，徒奸利相告日闻。卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。”
秦始皇于是派御史等捉拿那些欺骗他的方士、术士，一共捕获四百六十多人，于咸阳城中，全部挖坑埋了。
焚诗书，坑术士，最终的结果是六艺从此缺焉！
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