哈茨木霉菌的第一种使用方法，拌种使用。把种子放进清水里浸泡3分钟后捞出来控干，然后把哈茨木霉菌均匀地撒在种子上，慢慢地拌匀，等阴干之后就可以播种了。比例会按照每50千克的种子撒50克的哈茨木霉菌，什么时候播种，什么时候拌种，哈茨木霉菌的活性只有几个小时，使用要慎重。
第二个比较常用的方法就是浇灌，每亩地使用1000克。在浇水的时候，可以通过滴灌带或者微喷进行浇灌，这样比较的均匀。也可以在浇水漫灌的时候，一边浇水一边撒施，只是相对来说稍微有点费力。
第三个使用的方法，可以和复合肥拌匀之后使用。在春天或者秋天进行施肥的时候，作为底肥使用，每亩地的使用量大约在500克至1000克左右，随用随拌。
哈茨木霉菌还可以100倍稀释之后用来沾根。用50克的哈茨木霉菌加上500克的清水，拌匀之后，植物移栽的时候使用，效果很好。
喷雾的时候可以使用哈茨木霉菌，有效地预防白粉病。在喷雾的时候，每桶水添加50克的哈茨木霉菌，50克的红糖，或者把红糖换成氨基酸叶面肥进行喷雾，效果奇佳。
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