日瓦戈医生回到莫斯科，回到妻子身边，发现家里大变样了，楼下的客厅和房子交给了农业科学院，自家只剩楼上的房子，通过黑楼梯转着上楼。街道没有打扫，房屋没有维修，粮、油、木柴都短缺，冬天取暖都是问题，儿子不认识他，初次见面就给了他一巴掌。朋友们原先都是富家子弟，认为吃喝玩乐是正常之事，现在底层人翻身了，他们都消沉了下去，不稳重、很轻狂的朋友变成了严肃持重的学者，尼古拉舅舅还保持着本色，显得很落后、很古板，不过和日瓦戈在爱好、炽情和气质方面非常接近，属于志同道合。
日瓦戈欢迎革命，觉得旧制度让广大的人民过着非人的生活不正常、不合理，只有革命能够使人民走向光明，使一切能得到合理的解决。他在原来的医院上班，政治上既不算进步，也不算落后，跟不上这一派，也靠不上那一派。但他觉得革命就是了不起的手术，巧妙的一刀，一下子把多少年的不合理制度判了死刑。认为伟大的事业就是这样不讲求方式和时间。新制度建立了，旧现实和新制度还不合辙，支持临时政府的士官生和支持布尔什维克的城防军士兵发生战斗，几乎到处都在打，许多地方都暴动起来了，接下来就发生了内战。他们一家在莫斯科几乎要饿死了，没办法只能逃去冬妮娅的外婆家，遥远的乌拉尔，尤梁津城附近原来的庄园瓦雷金诺。
在庄园，日瓦戈医生化身樵夫砍柴、农夫种菜，到城里的图书馆看书，发现拉拉也在那里看书。他从借书卡上抄到她的地址找到了她的家。这一次拉拉没有拒绝他，因为拉拉对丈夫巴沙失望了，她知道丈夫就在附近，而且成了军事委员会的指挥官，化名为斯特列尔尼可夫，会经常到城里的司令部汇报工作或者开会，她在门口等过多次，一次也没有等到。她知道丈夫如果有心探望，一定能够打听到她的住处，可是一次也没有抽时间回家。她还知道他不是布尔什维克党员，不过是被利用的军事专家，他富有正义感，精神极其高洁，对革命有种疯狂的热情。一旦失去利用价值必然会没有活路。但他们回不去了，日瓦戈医生在精神方面能够和她共鸣，感情上相互吸引，于是她接纳了他。
巴沙，因为新婚之夜妻子拉拉告诉了自己失贞之事，他心里一直有根刺，日常生活中表现为虚伪和做作，而他的个性又喜欢坦坦荡荡，从而造成他内心痛苦和烦闷。他理想中的妻子应该是纯洁完美，只有他一个男人，听到妻子亲口诉说婚前的不贞行为，比吞了苍蝇还难受。他想抛弃又舍不得，理性上知道她是个好女人，感性上接受不了。战争的发生，让他有机会逃离这种两难境地。
他报名军校学习，然后上前线打仗，结果被俘。听到十月革命的炮响，他逃回了国内，改名斯特列尔尼科夫。由于出色的军事才能，成为前线出色的军事指挥官。他可以因农民把马匹卖给白军而烧毁村庄，可以为打退白军不顾妻儿在城里而开炮。他雷厉风行地镇压农民武装的抗粮队和抢劫兵团给养列车事件，他快速解决士兵谋反且携武器向白军投诚事件。他果断高效，又快又准又狠的指挥行动，有人给他起外号叫刽子手，他听了毫不在意。
巴沙追求完美，眼里容不得沙子，非黑即白，他认为人生是个大竞技场，人们只有认真遵守规则，才能在单键中达到完美的境地。当发现情况并非如此时，并不认为是自己错了，而是认为是世界错了。他把失望埋在心里，失望使他变得残酷。他也想念自己的妻子女儿，但觉得自己的生活已经彻底改变，不想回到过去的生活。他的父亲是工人，曾被流放，现在本地法院工作，他也不去认父亲，父亲也认为这是理所当然。他们都只认原则、纪律，不认人。他想做的事是为她经受的痛苦报复，让过去那些屈辱的事不再发生，为完成一生的大事而奋斗。
做巴沙这种男人的妻子很辛苦，不仅自己要纯洁完美，还要忍受丈夫为了事业而忽视自己。在感情上也要讲原则性，不讲灵活性，讲对错，不讲感情，这样的婚姻维持很难。世上没有完美的女人，也没有完美的事业，巴沙注定是个悲剧人物。当红军胜利后就开始了清算，而他的被俘经历，镇压农民的历史，把他打入罪人行列，他只能四处躲藏逃避，想找到妻儿见一面。找到了日瓦戈住的地方，发现妻儿已跟着科马罗夫斯基律师走了，世上已无牵挂，在大雪的凌晨，他自杀于雪地里。
科马罗夫斯基是四方通吃型的男人，日瓦戈父亲的万贯家产被他骗走，导致日瓦戈父亲破产、精神错乱而跳火车自杀。拉拉家母亲是他的情人，他又看中十七岁的拉拉，借跳舞、烛光晚餐、高级服饰俘获情情窦初开的拉拉，母女俩都 成为他的情人，拉拉母亲羞愧而选择自杀，未成，拉拉感到耻辱而逃离。他有高度的政治敏感性，对经济有惊人的洞察力，各党各派都吃得开，人脉广泛，长袖善舞，经常在高级场合发表高见。
他没有道德底线，只要对自己有利就干，他是律师，游走在法律边缘而游刃有余。人性是复杂的，坏男人心底也向往纯洁光明，而拉拉是他黑暗生涯唯一的光，他贪恋这美好的光明。当他得知拉拉受到巴沙的牵连有被捕和镇压的危险时，利用自己到远东去当倒台的临时政府建立的远东共和国的司法部长之际，动员拉拉和日瓦戈跟他走。日瓦戈当然不答应，拉拉考虑到自己的女儿的安全，以及肚子里宝宝的安全，有些犹豫。日瓦戈医生有在游击队当逃兵的经历，有写不合时宜诗篇的记录，也已被新政府列入黑名单。为了爱，他选择了放手，假装他随后会走，让拉拉带着女儿跟着律师先走，俩人从此永别。
日瓦戈医生在乡下庄园生活一年后才和拉拉见上面，爱情之火熊熊燃烧，二个多月间，他经常留宿拉拉那里，他欺骗冬妮娅，如果是别人伤害冬妮娅，他会把那个坏蛋撕烂，可是如今这个坏蛋是自己，他觉得羞愧，自己是罪犯。但他不认为自己背叛了冬妮娅，他爱冬妮娅，同时也爱拉拉。也许男人都是泛爱主义者，不像女人心里只能放一个人，拉拉没有放下丈夫之前，就接受不了日瓦戈，但日瓦戈既不愿放弃妻子，又放不下拉拉。那天早晨，他对拉拉说，准备向冬妮娅坦白一切，今后不再和她来往。拉拉哭泣流泪，也表示理解。还未来得及回家坦白，半路上被游击队劫走去当军医。
在游击队转战一年多后，他趁机逃跑，冒着危险、饥饿、寒冷逃回了瓦雷金诺，找到了拉拉。此时冬妮娅又生下了一个女儿，返回了莫斯科，接着被驱逐出境，去了法国。日瓦戈和拉拉正式生活在一起，拉拉继续当老师，日瓦戈当医生，拉拉又怀孕了，生活虽然艰难，一家人在一起还是可以过下去，但是危险逼近了，他俩都进入黑名单，有可能被捕、流放、或者镇压，他们逃到乡下庄园，荒无人烟的庄园附近只有狼叫，还有流窜的土匪，为了孩子，为了能够活下去，日瓦戈选择了放手让拉拉带着孩子走。
日瓦戈可以恨科马罗夫斯基，害得他家破父亡，害得拉拉命运坎坷，但他选择了宽恕，最后还把拉拉交给他带走，他独自一人留在庄园写诗。巴沙逃亡途中夜宿庄园，他被以莫须有的罪名被控应授军法审判，在被捕之前逃亡了，过着流浪隐居的生活，希望能保住命活下来，等待有申诉的机会。巴沙在和日瓦戈医生的夜谈中说，此生他只爱拉拉一个人，日瓦戈告诉他，拉拉非常爱他，拉拉曾说，“如果能重温旧梦，纵使天涯海角，即使爬，她也会去找他。”日瓦戈医生因为爱拉拉，爱屋及乌对巴沙也表现出亲切和坦诚。
三个男人都爱拉拉，科马罗夫斯基律师爱她的纯洁青春，以玷污的方式占有她，同时也成了他黑暗心里中难得的光。巴沙爱她，爱她的美丽、惶恐和追求，积怨和骄傲，她成了他一生的追求，参加革命也是为了洗清她的屈辱。但他从来不问她要的是什么？她如何想？他想的就是纯洁完美的她。日瓦戈爱她的复杂、勇敢、独立、隐忍、以及不抱怨生活，面对苦难积极的心态，爱她的灵魂。
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