在未来世界，人工智能战胜了人类，但战败的人类并没有被赶尽杀绝，而是被机器圈养起来，成为了他们的生物燃料。每个人一出生就被插上各种针管，放置到培养液中，为机器提供能源。
为了提高这种电池的利用率，机器帝国为人类打造了一个大型梦境，在电影里被称为矩阵。人的意识会在极度真实的矩阵中生活，而肉身则一直处在休眠状态。但矩阵这套系统里存在一些漏洞，就是总会有1%的人质疑这个世界的真实性，最终从矩阵中醒来。
随着这样的个体慢慢增多，他们聚集起来成为了反抗军，而主角理由就是预言中带领反抗军的救世主。黑客帝国一的剧情也就由此展开。男主在矩阵世界里是一名程序员，也是化名六的黑客，他对论坛中一个叫莫菲斯的同行很感兴趣，后来他们建立了联系，但在矩阵有专门的程序清除觉醒的个体，我们可以理解为杀毒软件，他们以特工的形象出现，其中最高级的就是特工史密斯，因为和墨菲斯的接触力，又被特工抓住了。
史密斯在他的身上植入机器虫类，又从疼痛与恐惧中醒来，以为刚才发生的只是一场梦，可这时墨菲斯又打来了电话，让他去找崔妮蒂。崔妮蒂从男主的肚脐里吸出了机器虫，这让男主第一次开始怀疑这个世界的真实性。
男主终于见到寻觅已久的墨菲斯，经典的一幕出现了，你是服下蓝药就会忘记一切，继续在矩阵中快乐生活，还是服下红药，直面残酷冰冷的世界，男主毅然选择了红药，随后脱离了矩阵。
这里提醒一下，要想回到现实，只能通过接听固定电话的方式，这需要现实世界的人往矩阵发送信号。
男主，从一堆黏糊糊的培养液中醒来，看到了由无数培养皿搭建的真实世界，同时莫菲斯也顺利把他接回了飞船，又从墨菲斯的描述中慢慢了解到了这个世界的真相，虽然男主的肉身被救了出来，但他还远没达到救世主的层次，按照电影中的话，他要解放心灵，释放潜能，这也是黑客帝国系列的一大亮。
他的故事提及了很多关于佛教禅宗的感觉，在墨菲斯对男主的训练对抗中，我们也能看到武术指导八爷袁和平那极具东方特色的动作设计。
结合高速镜头的运用，黑客帝国的打斗场面远超同时代电影，但是现实世界的残酷和无休止的抗争容易让人产生怠倦心理。
反抗军里出现了叛徒塞佛，他私下和史密斯交易，表示愿意交出男主，让自己忘记一切，回到矩阵享受荣华富贵。训练了一段时间后，墨菲斯带男主又去见黑客帝国系列最核心的人物先知，也就是一位黑人大妈。
先知给出了很多预言和指引，从墨菲斯会发现救世主，到崔妮蒂会爱上救世主等等。纵观三部曲了之后的每一次行动，其实都有先知在引导，他说男主以后会面临痛苦的抉择，有时候要牺牲墨菲斯，有时候要牺牲崔尼蒂。
在他们准备回去的时候，赛佛动手，一堆特工包围了过来，墨菲斯为了保护男主拖住特工自己则被对方生擒了，直到外面的同伴将赛弗击毙，才终于让男女主回到了现实。这应验了第一次预言，他要在牺牲自己和牺牲墨菲斯中做出抉择，最后又选择回到矩阵，男女主带着全副武装杀了过去，也就是当年在很多商场里来回播放的片段
在天台的场景中，则有跨越时代的子弹，时间场景，到了这个时候，男主的实力已经有了很大提升，但相比史密斯仍稍逊一筹。男主和史密斯打到了地铁，但最终依旧不敌，被对方一枪杀死，现实的男主也因此死去。
这时崔妮蒂的预言实现，崔妮会爱上救世主。最后，崔妮蒂用亲吻唤醒矩阵中的男主，男主有重新站了起来，在他的眼中，整个世界变成了一堆代码，这意味着他已经完全觉醒了，就是因为他已经看破矩阵这套系统的本质，直达真相，你又拥有了超人般的能力，能轻易改变这个世界的物理法则。
而从矩阵的角度，救世主是一个系统的超强版，男主最终成为救世主。黑客帝国一的故事就结束了。
看到这里，你会以为他只是一个讲述主角打败机器，解放全人类的标准好莱坞式电影，但这仅仅是表象，黑客帝国的整个故事其实都是机器文明布设的一盘大棋，每个人自以为的选择其实都是在践行机器的意志，到后面的第二三部中将会有更大的脑洞揭晓事实的真相。
自从成为救世主后，男主的能力越来越强，如今已经上天入地，无所不能。从第二部开始，黑客帝国的世界观得到进一步扩展，反抗军的聚集地锡安正式上线。故事开始时，反抗军得到消息，机器大军准备进攻锡安，他们要用钻头打通锡安，直捣黄龙。墨菲斯正合众人在矩阵里商讨对策。其他团队的人认为要退守细案，保护根据地，而墨菲斯认为救世主已经觉醒了，又可以拯救人类。可这时特工们又杀到了，拥有超人能力的男主，自然成为武力担当。在上一部结局中被干掉的史密斯特工再次升级归来，第二部的它不仅能自我复制，还能通过电话来到现实。这次他夺取了一名反抗军的意识卧底到主角团的队伍中，墨菲斯带队回西安给战舰充电，男主则进入矩阵见先知。这时先知身边多了一个专门保护她的人，由香港演员邹兆龙扮演，两人碰面先打了一顿。
然后邹兆龙就带着男主去见先知，先知也为她指明最终要到达的地方。他让男主去找一个开锁匠从而打开矩阵的主程序，但开锁匠现在被一个叫梅洛文家的程序禁锢，话到一半，史密斯又杀到了面前，这里诞生了名场面，男主大战一群史密斯，拳法，棍法统统都有。
按照指引，主角一行人去找梅罗文加，对方拒绝了男主的要求，但他的老婆决定帮助主角，条件是让男主给她一个吻。虽然隔壁的崔妮蒂看着不爽，但一切还是以任务为重，而这个吻的伏笔要一直埋到第三部。
找到开锁匠后，没落文佳和史密斯等人相继出现，后面就是连续20多分钟打斗，在队友的帮助掩护下，开锁匠打开了通往电脑主机的大门，完成使命后就领了饭盒，男主进入大门，见到了一个自称建筑师的老头，全片最大的信息量都集中在这个场景的对话中。建筑师是矩阵的设计者，最早它为人类设计了一个完美的极乐世界，但人类这种不完美的生物无法与之匹配，所以一代矩阵崩塌了，第二代矩阵也发生了相似的问题。
与此同时，矩阵里总会出现1%反抗者，建筑师觉得与其煞费苦心一个个清除，不如结合起来一并剿灭。这个集合的地点正是反抗军的大本营锡安。并不是觉醒的人类创造了现在的锡安，而是在机器帝国的设计下，锡安得以存在。
领导反抗军的则是名为救世主的程序，也就是现在男主身上拥有的能力。为什么男主刚成为救世主，机器大军就开始组织进攻？这不是巧合，而是既定的设计。每逢救世主出现，就已经累积到需要全面清除的地步，救世主会在收集所有的bug后回到建筑师身边，把自己的程序融入到主机源代码中，同时机器大军剿灭西安，这样就能以小代价实现矩阵系统的重启到黑客帝国的主线。
故事开始前，这样的循环已经经历了五次，而男主是第六代救世主，预言中承载人类希望的救世主到头来竟然是标志毁灭的信号灯。在这个循环中，先知担任了指引的工作，男主之所以诞生并来到这里，都是受到了先知的指引。所以说建筑师和先知共同创造了现在的矩阵系统。
但不同于前五代的是，先知给男主增加了选择的机制，男主作为人类与程序的混合体，和崔妮蒂产生了爱情，而现在崔妮蒂正被特工纠缠，处于危险的境地。建筑师也给了主角一个选择题，走右边的门，男主就会融入系统，人类和锡安都能获救，走左边则可以挽回自己的真爱。先知的第二个预言应验了，又让他做出了他的选择，来到崔妮蒂的身边，但也就意味着锡安将要面对机器大军的进攻。
其实无论男主选哪一扇门，人类都会迎来覆灭的命运，因为这是既定的程序，是开启新一轮循环的必要条件，只是这次救世主占边的不同而已。黑客帝国二的故事到这里就结束了，接下来就是人类和机器的最终决战。
在未来世界中有一个大型农场，那里不种庄稼，种人而收获硕果则是这张由无数机器乌贼组成的机器大地。因为前两部已经把谜底揭晓的差不多，第三部的故事要相对简单一点，总结来说就是人类誓死保卫家园。男主战史密斯故事开始了，又被困在了矩阵和现实的中间地带。这是上一部中开锁匠的报复，因为他专门管理着这片区域。男主之所以被困，是因为自己的代码遭到了窃取，以墨菲斯为代表的反抗军一直以为机器奴役人类只是为了榨取人体的生物能量，这种认识是不全面的，他们之所以让人类活着并创造矩阵系统，保存他们的意识，是因为机器想从中汲取人类特有的能力，进化机器本身只能制定规则，提高效能，但进化往往是没有方向的，它诞生于混乱无序之中，所以机器要圈养人类，观察人类。
通过控制人的精神取得进化成果，进一步完善自己的文明。在实现这个远大目标的过程中，催生出两种思路，也就是理性派的建筑师以及感性派的先知。
虽然救世主这个超级bug被先知赋予了不确定性，但在前五代救世主仍一直处于建筑师的控制范围内，每一次重启不代表系统的升级，之前五次循环顶多是修复了几个漏洞，机器文明并没有得到较大的提升，唯有通过一次更彻底的革命才能实现系统升级。
所以来到黑客帝国三部曲的故事主线，先知主导了第六次矩阵革命，他创造出更强大的就是男主的能力，甚至能影响到现实。首次机器乌贼过分强大的能力也会引起机器一方的防范，特工史密斯由此应运而生。每一代故事的结束，他都随着男主的提升而升级，这一切也都是先知的安排。男主最终抵达机器城，看到了机器大帝，它是整个机器世界的掌管者，统领建筑师和先知两派，他不会偏向其中一方，只会做出最有利于进化的选择，没有提出回到矩阵和史密斯进行大决战，其实正是要检验先知的实验成果。
最后的雨中大战，我们所看到的终究只是两颗受先知摆布的棋子，并不存在所谓的自由意志。最后先知的计划成功了，男主，史密斯同归于尽，矩阵实现了革命性的升级，机器大帝实现目的，让大军停止
了进攻，人类也终于迎来了久违的和平。
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