主线剧情：001、002、005、007、044、049-050、056、059-060、099-102、135-139、190-193、203-208、235-238、245-246、249-250、277-278、299-300、308-310、332-336、363-364、365-366、371-375、434、459-463、538-551、556、564-566、609-612、630-632、667-672、697-698、719-720、723-726、742-743、751-756、808-809、823-824、832-836、838-83、845-846、865-867、904-905、908-909、916-917、918-919、921-922、936-937、944-945、949-950、951-952、956-957、964-965、980-981、982-985、998-99、1009-1011、1028-1031
《来自黑暗组织的女子》（128-131）[136-141] 神秘女孩灰原哀登场。
《与黑暗组织的再会》（176-178）[190-192] 贝尔摩德登场。
《与黑暗组织的接触》（307-313，345）[332-338，371-375] 追踪Gin 琴酒。引出新人物赤井秀一。
《黑色冲击》（425，462-465）[459-463，502-505] 组织成员水无怜奈、基安蒂、科恩出场，引出新人物本堂瑛佑。
《红与黑的对撞》（491-504）[538-551] 水无怜奈和本堂瑛祐的身份揭晓。引出新人物 Bourbon 波本
《神秘列车篇》（699-704）[751-756] 各方人物的身份初步揭露。Bourbon是谁？
《绯色篇》（779-783）[832-836] 安室透和冲矢昴的身份以及赤井秀一的生死之谜彻底揭晓。
特番--0 Episode "ONE" 变小的名侦探
1 云霄飞车杀人事件
2 董事长千金绑架事件 （前三集铺垫）
5 新干线大爆破事件（漫画中柯南此时得知琴酒和伏特加外号，但TV魔改剧情，不用太在意）
14 奇怪的寻人事件（宫野明美登场）
44 江户川柯南诱拐事件（柯南父母登场）
49-50 外交官杀人事件（服部平次登场，柯南第一次变回工藤新一）
53-54 雾天狗传说杀人事件
56 电玩公司杀人事件（龙舌兰登场）
59-60 福尔摩斯迷杀人事件（服部平次看穿柯南身份）
79 柯南对怪盗基德（怪盗基德登场）
124-125 浪花连续杀人事件（远山和叶登场）
135 黑衣组织十亿元抢劫事件（琴酒杀死宫野明美，柯南从明美口中首次了解到黑衣组织）
136-139 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件（灰原哀登场）
140-141 竞技场一视同仁胁迫事件
142-144 魔术爱好者杀人事件（怪盗基德）
181-182 黑暗中的死角（新出医生登场）
190-192 与黑暗组织的再会（柯南首次与黑衣组织交锋）
203-208 生死一瞬间（柯南第二次变回工藤新一，新兰线）
235-238 名侦探齐聚一堂！工藤新一VS怪盗基德（提到乌丸莲耶）
241-243 人鱼失踪记（琴酒真名）
245-246 战斗游戏的陷阱（朱蒂登场）
249-250 神秘乘客（赤井秀一登场）
277-278 来自芝加哥的男人（詹姆斯·布莱克登场）
291-292 犯罪的纪念品（贝尔摩德相关）
293-294 情急之下的应变之道
296-297 幽灵鬼屋的真相
299-300 英文教师VS关西名侦探
301-302 疯狂足球迷（贝尔摩德线索）
306-307 中华街的雨中幻影
308-310 工藤新一的纽约事件（新一小兰携手救下贝尔摩德）
311-312 光彦森林迷失记（沼渊己一郎，无关紧要）
332-333 残留下的无声证言
334-336 接触黑色组织（柯南第二次与黑衣组织交锋）
354-355 用钱买不到的友情（提到宫野厚司）
360-361 东都现像所的秘密（赤井秀一相关）
363-364 4辆保时捷（小哀越来越危险）
365-366 隐藏在厕所中的秘密（小哀找到母亲的录音）
396-370 便利商店的陷阱（小兰涉入主线）
371-375 与黑暗组织直面对决 满月之夜的双重谜案（红黑高能对决！）
376-377 寻找臀部上的记号
392-393 帝丹高中校园灵异事件
405-406 星星与香烟的暗号
420-421 斯托拉帝巴利欧斯不协调的和音（boss邮箱）
428-430 诡异宅院大冒险
459-463 黑色冲击！组织之手逼近的瞬间（水无怜奈登场）
467-468 无法回头的两个人（本堂瑛佑登场）
502-505 黑暗组织之影
527-528 黑色相片的下落
538-551 红与黑的碰撞（红黑高能对决！）
554-555 卡拉OK包厢的死角（本堂瑛佑看穿柯南真实身份）
556 红白黄色和侦探团（冲矢昴登场）
557 柯南VS双重暗号之谜
558 推理对决！新一VS冲矢昴
570-571 杀人犯 工藤新一
572-573 新一的真实身份和小兰的眼泪（柯南第三次变回工藤新一）
574 真正想知道的事
575-576 憎恨的蓝色火花
593-594 鱼儿消失的一角岩（冲矢昴与小哀）
614-615 侦探团VS抢匪团（伤疤赤井秀一登场）
629 引发危机的红色前兆
630 黑色13的暗示
631 步步逼近的黑色期限
632 摇曳的红色目标（确认伤疤赤井秀一身份为波本）
667-672 福尔摩斯的默示录（柯南第四次变回工藤新一，向小兰表白）
673-674 紧急事态252（冲矢昴相关）
697-698 幽灵饭店的推理对决（世良真纯登场）
669-701 侦探事务所挟持事件
702-703 柯南VS平次 东西侦探推理对决
708-709 博士的影音网站
719-720 婚礼前夕（安室透登场）
724-726 侦探们的夜想曲（波本三选一）
727-728 一点都不能原谅
733-734 赌上性命的恋爱转播
736737 泡沫、热汽与烟
742-743 工藤优作的未解决事件（世良和冲矢昴见面）
751-752 迫近灰原秘密的黑影（小哀危）
753-756 漆黑的神秘列车（红黑高能对决，柯南知道波本身份）
757 密室中的柯南
758 揭开谜底的波本（柯南麻醉针被看见）
774-775 又甜又冷的宅急便（安室透相关）
776-778 怪盗基德与赤面人鱼（世良真纯，怪盗基德）
779-780 装满水果的宝箱（世良真纯相关）
783-784 现场的邻人是前男友（羽田秀吉登场）
786-787 茱蒂的回忆与赏花的陷阱
791-792 小五郎在酒吧里
793-794 小兰也倒在浴室了
797-798 嫌疑犯是京极真
807-809 红衣女的惨剧（世良真纯相关）
812-813 恋爱小说的意外结果（“领域外的妹妹”登场）
816-817 柯南与平次恋爱的暗号（不要瞎想）
823-824 气氛僵硬的茶会（绯色篇序幕）
832 绯色的序章
833 绯色的追寻
834 绯色的交叉
835 绯色的回归
836 绯色的真相（RUM出动）
绯色篇红“黑”高能对决
838-839 太阁恋爱的名人战（羽田秀吉相关）
840-841 沉入盛夏游泳池的谜团
845-846 三个第一发现者（RUM特征）
863-864 镰鼬旅馆
865-867 县警的黑暗（黑田兵卫登场）
868 悄悄靠近安室的黑影（M20联动原创）
882-883 好吃得要死的拉面2（领妹相关）
891-892 关系不好的女子乐队（回忆到苏格兰）
898-899 不明真相的侦探团
904-905 结婚申请书的密码（小哀回忆APTX-4869名单里有羽田浩司的名字）
908-909 樱花班的回忆（新兰高甜）
916-917 与17年前同样的现场（第一次解读17年前案发现场的暗号）
918-919 灵魂侦探杀害案件（琴酒时隔多日终于登场，并重新怀疑毛利小五郎）
921-922 背叛的舞台（暗号有关）
927-929 柯南与平次的鵺传说（平次要表白，却…）
933-934 试衣间的死角
936-937 涟漪中的魔法师（回忆，10年前工藤一家与赤井一家在海边碰过面）
940-941 在波洛咖啡厅解谜（大冈红叶登场）
944-945 新老师的骸骨事件（若狭留美登场）
949-950 隔壁的江户式推理秀（胁田兼则登场）
951-952 手臂白皙的女人（若狭留美相关）
953 蛋糕融化了！（M22联动）
964-965 燃烧帐篷的怪物（黑田兵卫与若狭留美碰面）
982-985 红色修学旅行（小兰亲新一）
998-999 寻找玛莉亚！（新一上热搜）
1009-1011 充满谜团的鸡尾酒（红茶会议）
1028-1031 目标是警视厅交通部（黑田兵卫称呼安室透为“波本”）
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