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至元十一年（1274年），战争大幕正式拉开。忽必烈在高丽建立征东行省，征发高丽船工、民夫三万五千人，建造了九百艘大战舰。当年十月，以忻都为都元帅，洪荼丘、刘复亨为左右元帅，率领大军四万，从高丽的合浦出发，浩浩荡荡远征日本。这四万大军统帅是蒙古人忻都，而副守洪荼丘是高丽人，刘复亨是汉人，所以士兵基本组成也就蒙古兵很少，大部分为高丽军和汉军。四万人不算多，但此时正是攻打南宋的既要关头，抽调这些部队，已经很不容易了。忽必烈其实并不指望这支远征军可以拿下日本，只要能打下一块基地，为日后彻底征服日本留下前哨站，便是成功。
是年十月四日，元军在对马岛登陆，占领该岛后，又进而攻占壹岐岛，先后消灭了两支日军小部队。二十日，元军主力在九州的博多登陆，镰仓幕府召集了九州各地守护的十万多人马前来应战。双方战意已决，不用废话，立即在百海原地区展开厮杀。日军从白江口海战后，一直都是内讧而没有和外敌交过手，装备战术仍停留在六百年前，但因为内讧不休，武士们无不悍不畏死，再加上人多势众，一开战，便疯狂的向元军阵地发起无秩序冲锋。
如果此时元军方面是蒙古骑兵为主，这种战法正好针尖对麦芒，蒙古骑兵的战术一般是“百骑环绕可裹万众，千骑分张可盈百里”，迂回包抄，短促突击。可是此时主力部队是汉军和高丽军步兵，习惯于排阵迎敌。面对日军冲锋，元军在方阵中施放“震天雷”轰击日军。从没有见过火药武器的日本武士纷纷倒毙在火光之中，损失十分惨重。
双方的武器虽然相差较远，但还不至于如机枪对大刀般的一边倒。日军的顽强勇悍，最终弥补了武器装备上的差距。通过奋勇突击，终于冲过了元军火力范围，进行短兵相接。日本刀是“世界三大名刃”之一，锋利无比。日本武士又都是职业化战士，武艺超群。日后明朝倭乱，一名日本浪人可以“单刀入阵”，明军“五兵莫御”，名将戚继光不得不发明“鸳鸯阵”，十二个打一个，才遏制住倭寇。此时元军中，骁勇的蒙古军只是少数，汉军、高丽军哪里是日军对手，顿时出现混乱。以至于连副统帅刘复亨都中箭受了重伤。
元军士气大衰，攻势散乱，也已经损失惨重的日军趁机撤退重新布阵。元军害怕遭到夜袭，不敢在陆地上扎营，退回船上进行休整。一天的战斗，双方各有损失，双方都没有克敌制胜的妙招。但元军跨海远征，后援不济，而日军则可以从本州、四国诸岛源源不断地开来，陷入消耗将对元军极为不利。可只要应对得法，在已经占领的对马、壹岐站住脚等待后援，战事还是大有可为。岂料，就在当天夜间突然刮起了猛烈的台风，元军船只被倾覆二百余艘，落水淹死者不可胜数。
第二天，当日军又来交战时，发现海面上已经空无一船，只有随波漂流的尸体和碎木，待到抓到了幸存的元军的俘虏后才知道元军遭受台风死伤过半，其余已经撤退回国了。日本大喜若狂，举行盛大的庆功仪式，因为这一年是日本年号的文永十一年，所以被日本人称为“文永之役”。日本欢喜鼓舞，而元军这边却是凄惶无比，在遭受台风打击后好不容易撤回本土，只剩下一万三千五百人。
忽必烈从带兵以来，无论是亲自指挥还是坐镇遥制，从没有遭受如此惨败。不过，此次大败是败于天，非战之过，他也就不好处罚忻都等人，而是积极准备再次征讨日本。仗是要打的，但那场台风给元朝君臣留下的阴影也颇大，赵良弼那句“况舟师渡海，海风无期，祸害莫测。”总是在忽必烈耳边回响。为了能减少伤亡，忽必烈还是先后在至元十二年（1275年）和至元十六年（1279年）派礼部侍郎杜世忠和周福、栾忠等出使日本，希望“文服”。幕府执权北条时宗根本不予回复，将杜世忠等人全部杀害。
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