1839年1月29日，在达尔文30岁生日前夕，爱玛和达尔文结婚了。婚后，他们在伦敦租了一所房屋住下。这是一座平凡的狭小的房屋。他们过着甜蜜而平静的生活。达尔文日日夜夜伏案写作科学著作。爱玛精心料理家务，使他不为日常的衣食操心。不仅如此，爱玛还是他的科学工作的一位聪明的顾问和助手。她对达尔文的著作和论文提出意见，帮助他抄写书稿，校对出版社寄来的校样。
查尔斯·罗伯特·达尔文（网络图）
和谐的生活，亲密的默契，辛勤的劳动，产生了丰硕的成果。在他的全部科学活动中，他最珍惜的是自己的最有创造性的研究工作——探索物种起源的秘密。他在1839年初就已形成了物种起源理论的完整思想。1842年6月，他在伦敦住宅中用铅笔写成了一个35页的物种起源理论提要。1844年，他在唐恩的书房中将这个提要扩充成一个230页的提纲。
这个提纲，是达尔文的宝贝。他觉得，要发表这个提纲，还为时过早。证据还不够充分，还有许多疑难问题没有解决，计划中的大量试验还没有来得及作。总之一句话，他觉得自己的刀和剑还磨得不够锋利，要对付宗教营垒的进攻，还得作大量的准备工作。他为了磨利战斗的武器，继续阅读各种书籍，做各种试验，搜集进化的事实。他不仅研究了家鸽的起源，他还研究狗、猪、马、牛等家养动物的起源，研究谷类、小麦、花卉的起源，研究各种野生动物、野生植物的起源。
植物的进化历程（网络图）
为了解答用自然选择学说不能解释的一些疑难问题，达尔文不断做着各种离奇的实验，勤恳地搜集各种事实。有一个疑难问题同他解释加拉帕戈斯群岛独特的生物品种由来的理论有关。加拉帕戈斯群岛离南美大陆有1000多公里。按照达尔文的理论，群岛上独特的生物品种是从南美大陆传来的，在那里发生了变异，通过自然选择的作用，形成了新的物种。“但是，是谁从南美大陆把这些植物种子带到远离大陆的孤岛上去的呢？”这个难题，使达尔文伤透了脑筋。
他的好友虎克来访，达尔文带着女儿安妮，同朋友一起在书房外树林里散步。达尔文念念不忘那个已经使他失眠好多天的难题，对朋友说：“亲爱的虎克，我想，这个难题可以这样来解释。大陆上植物的种子可以随着洋流漂到岛上去。据说从墨西哥湾出发的洋流每天能走五、六十公里。如果按照这样的速度，不出半个月，南美大陆的种子就可能随洋流漂到加拉帕戈斯群岛。你觉得这样解释如何？”
虎克是个植物学家，达尔文常常向朋友请教有关植物学的问题。虎克听了达尔文的解释，发表了内行的意见：“这不可能。在盐水里泡了十多天的种子，一定会泡胀泡烂。这样的种子还有发芽能力吗？退一万步讲，即便这不成问题，种子在漂流的过程中，必须也会沉落到海底。”
这一天晚上，达尔文失眠了。直到清晨，他才迷迷糊糊地睡着了。在朦胧中，他仿佛看到一条鱼儿在他的水缸里游来游去，大口大口地吞食着他的那些倒霉的种子。这时，一只鹭鸶飞过来，将这条鱼儿吃掉，然后飞到几百里外的小岛上。看，鹭鸶把嘴中的鱼儿吐出来了。这条鱼儿还活鲜鲜地在地上蹦跳着呢。噫，鱼儿把它吃进去的那些令人恶心的臭种子吐出来了。种子在海岛上发了芽。原来如此!是鱼儿吃了小草的种子，鸟儿又吃了鱼儿，鸟儿飞到海岛上，排泄掉未消化的种子，把大陆上的物种带到海岛上去的。
达尔文的雕像（网络图）
为了证实自己的梦境，达尔文解剖了一条鱼，将鱼的内脏取出来。他将鱼肠中的东西放到显微镜下观察。呵，正如所料，鱼儿肠中有许多水草的种子，鱼儿多么爱吃水草的种子呀!他又从鱼缸里抓了一条鱼儿起来，往它的嘴里塞了一些玉米。然后，他将这条鱼儿喂了一只鹳。他搜集了鹳的排泄物，发现玉米被原封不动地排泄了出来。他把这些游历了两个动物体的玉米放在饼干盒中，作发芽试验。不多几天，玉米发芽了，实验成功了，植物种子从大陆传到海岛有一个合理的解释了!
20年过去了，年轻英俊的达尔文，由于工作的劳累和重病的折磨，未老先衰。他的头顶几乎完全秃了，只在脑后留下了一绺暗褐色的头发。他那宽大的额头上皱纹很深。他走起路来背驼得十分厉害。高大魁梧的达尔文变成了一个佝偻的老头。
这20年中，达尔文不只是研究那些伤透脑筋的疑难问题，他还要搞清各种动植物品种在100代以前是什么样子，在100万代以前是什么样子，自然界的物种是怎样通过自然选择的作用发生和发展成目前这个样子的。他从比较各类动物的胚胎的研究中，从比较各类动物的骨骼结构、器官构造的研究中，清楚地看到了哺乳类、鸟类、鱼类动物在100代以前是什么样子，在100万代以前是什么样子。结果是惊人的，他发现，自然界的各大类物种都是起源于少数的古代祖先。
,
