历史上，同治帝对外公布的死因是死于天花，但从其死后宫内宫外就流传这样奇怪的传说：
年轻而有闲暇的同治帝和翰林院侍讲王庆祺在太监的引领下，天一黑就溜出宫，微服在北京城内寻欢作乐。在北京前门一带妓院林立，有达官显贵的子弟出入那里。同治帝害怕被人认出自己，不情愿地在地安门附近找便宜的妓女，由此染上了梅毒而去世。西太后要面子，所以对外公布其死因是死于天花。
真假姑且不论，但是这个传闻广为流传却是事实，现在一些影视剧，甚至历史书，也都采纳了这一观点，认为同治帝就是死于花柳。例如，京剧演员刘赶三在舞台上扮演医生时，在即兴表演中说着这样的台词：“东华门我是不去的，因为那门儿里头，有个阔哥儿，新近害了病，找我去治，他害的是梅毒，我还当是天花呢，一剂药下去就死啦！我要再进东华门，被人家瞧见，那还有小命儿吗？”这让观众非常吃惊。
即使是宫中太监们，在那之后很长一段时间内，也相信同治帝真正的死因是梅毒。在太监小德张的回忆录里也有这样的记载。
在史实中，慈禧太后在同治帝死后以品行不端为由将王庆祺罢免，“永不叙用”，并将一部分太监流放到黑龙江。有学者就将这看成是同治帝死于花柳病说的证据。但是，稍微分析一下就能看出破绽。
如果真是因为王庆祺害得同治帝得了花柳病而去世得话，那么就不是流放和罢免这么简单了。引诱皇帝招妓已经是很大的罪过，何况皇帝还为此丧了命，那么即便不被诛九族，最起码自己也是凌迟的份。
事实上，当今的学者中，有很多人认为同治帝死因同对外公布的一致，就是死于天花。其根据宫廷太医们留下的同治帝去世前37天的详细病例。如果看诊断记录的话，有这样详细的记录：最初，病情时好时坏，还算稳定。到了十一月二十日，病情急剧恶化，腰部和左右臀部出现溃烂，遗精和尿血不断，就这样去世了。
当代的专家根据病情的发展速度和症状等推断，同治帝不是死于花柳病，而是死于天花。因为临死前同治帝的症状与花柳病的症状相似，所以没有医学知识的太监们散布了得花柳病得谣言。
另外，同治帝的花柳病说，也被光绪帝的老师翁同龢的日记所否定。同治帝在同治十三年（1874年）十二月五日下午五点到七点于紫禁城的东暖阁驾崩，关于其前后的情况，翁同龢的日记记载如下。
当天，听闻皇帝病危的消息后，在太阳还未落山时，以恭亲王为首的宗室和大臣们陆续地聚集到了西暖阁。御医李德立匆忙地下了处方“麦参散”。精通医学的翁同龢厉声申斥道，“为什么不用回阳汤呢？”御医反驳说：“不可”，因此翁同龢说，“那样的话灌入药就可以了”。其间，太后不停地哭。这时，御医报告说：“牙齿紧闭，无法喂药”。
听到这个，诸位大臣起立，赶往东暖阁一看，皇帝闭着眼睛坐着。大臣们来到近前，仔细地观察，发现已经是临终的状态了。周围充满了悲伤的哭声。
精通医学达到能于御医争论程度的翁同龢，在看了皇帝的症状后，在日记其他地方明确记述了同治帝的死因是“天花”。
事实上，清朝历代皇帝都害怕天花得危险。顺治帝和同治帝都是因为天花而去世。康熙帝和咸丰帝的脸上留有年幼时患过天花的印痕。
在中国，很早就知道天花的预防方法是“种痘”。但是，那是最原始的人痘接种方法：孩子穿着痘疮患者的衣服，从鼻腔中吸入痘疮疮痂的粉末。它的效果其实很不可靠。
中国的人痘接种方法，在康熙时代经由俄罗斯传到了西洋，经过科学的改良后，于18世纪末最终形成了琴纳牛痘接种法。但是清朝的太医们没有学习西方的牛痘接种法，仍然继续使用原有的人痘接种法。
文明古国的所谓的骄傲，阻挡了新技术的传入，恐怕，这才是同治帝真正的死亡原因。
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