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1、准备工作比较痛苦
要先和医生预约;肠镜检查前要在规定时间内禁食，在开始禁食前，不要吃纤维食物，如芹菜等。检查前一天晚上要口服泻剂，并且每隔几小时就要喝很多冲好的泻剂，直至排出水样，可更好的达到清洁肠道作用，但会严重影响前一天睡眠。
2、检查过程痛苦
痛苦来自于检查肠镜大部分是由症状的情况，肠道本来就是受伤的状态，比如便血，内窥镜的管子弯曲的时候会碰到肠壁，若进镜较深，会感觉腹痛，检查完毕后会有恶心的感觉，另外个人内心的恐惧感会对检测造成影响，在做内窥镜检查时若感到疼痛，尽量不要有过大反应，以免影响医生的操作。另外有些患者需要进行活检，那会对身体造成伤害，这要根据个人情况，还有个别人耐受不了，可能会中断检查。
3、检查后的痛苦
由于前一天的准备工作，检查过程中的疼痛会造成人体精神和身体状态均不好，故可在检查后喝一些葡萄糖防止虚脱，可先吃一些非刺激性食物，多喝粥，回家休息调整状态，避免剧烈运动。
4、肠镜能检查什么
便血、便痛、腹泻、大便干结、肛门瘙痒、潮湿、肛门异物脱出、肛门流脓或血水、肛门或肛周肿物突起、肛门直肠有异物感、肛门肿胀排便不尽等肛肠疾病患者及久治不愈、手术后复发者。
而对于怀疑自己患有以下疾病的患者而没有经过正规检查的，也需要到正规医院接受科学的肠镜检查，以确诊病情，放心治疗，内痔、外痔、混合痔、肛瘘、肛裂、肛周脓肿、肛周湿疹、湿疣、直肠脱垂、直肠息肉、肛窦炎、便秘、结直肠炎、肛乳头纤维瘤、直肠癌等肛肠病患者。
对于肠镜检查的痛苦程度，要因人而异，根据个人耐受程度，会有所不同。
