在南少林的争论中，拥有最多赞同者的是三座古寺，一为 泉州少林寺 ，一为 莆田少林寺 ，一为福清少林寺（福建出现了六座少林寺，仙游的 九座寺 、诏安的 长林寺 、福清少林寺、东山的 古来寺 、泉州东禅少林寺以及莆田林泉院）。南少林，大量的资料显示其的确存在过，但却在清朝时因参与反清复明活动被清廷镇压了，是彻底焚毁还是改名换姓，现尚被研究者争论。但可以确定的是其的确存在；南少林在福建；它留下了不同于 北少林 的丰富武学。明朝时期有因倭寇侵扰，南少林曾派出 僧兵 在福建沿海抗击倭寇，因此后有武学回流一说，即明朝南少林武学回流给北少林。
福建泉州东禅少林寺，相传为唐初嵩山少林寺武僧智空入闽所建，址在清源山之东岳山麓，一向为我国南禅及南少林武术之中心，声名远播。自唐宋元明清以来，历经三废三兴。据清代《西山杂志》记载，唐天佑元年（公元907年），“少林寺反王审知附梁，被毁”，北宋太平兴国六年（公元981年）诏修；南宋景炎元年，“清源少林寺千僧蒲寿庚之降元”，千僧抗元，少林寺再次被毁，明洪武十年，州官黄立中“疏奏朝廷，敕修少林寺”，直至清乾隆二十八年，泉州少林寺第三次被毁，火烧少林寺之后，少林寺和尚至善法师避祸民间，继续招收少林弟子，反清复明。部分武僧逃入德化避难，其藏身地一直是个谜。近来有人证实，泉州市德化县福建省著名的戴云山脉是当年南少林武僧的落脚点。在乾隆年间，一代武林宗师洪熙官进了泉州少林寺，拜至善禅师为师，继续发展南少林拳。后来他在广东佛山习武、开馆授徒，培养出了南少林拳王黄飞鸿，后又由黄飞鸿弟子传至香港，并远播东南亚及美国等地。
现位于东岳山脚下的泉州市少林寺，挖出了大量唐宋时期南少林寺的建筑构件之后，位于南安石井镇埭头村的颜岗寺又发现了一处“南少林五祖”之一的墓塔，为“南少林发源地在泉州”的说法再添一重要左证。正在施工的泉州南少林寺二期工程在复建天王殿工地上，已陆续出土一批唐宋时期古石础、石柱、石塔刹、药碾槽、宋瓷花瓶等珍贵文物。此间考古人士称，这是南少林考古的又一新发现，进一步印证了泉州南少林遗址历史。但所有这些的证据还是难以服众，最重要的一点是无直接记载“少林寺”的字样，但它对我国的宗教与佛教的发展起了不可磨灭的贡献。
莆田南少林寺遗址位于福建莆田县西天尾镇九莲山林山村，距市区约17公里。
九莲山中有座林泉院，始建于南朝陈永定元年（557年），至北宋嘉佑年间（1056-1063），此寺已形成很盛的武风，成为我国东南沿海武术活动的中心。相传河南嵩山少林寺13武僧帮助唐太宗统一中国后，唐太宗赐于“僧兵”，并准许在全国各地建立十座分寺。据考，荔城区九莲山的林泉院，就是少林寺十座分寺中较早创建的分寺之一。因为规模宏大（占地约三万平方米），武风鼎盛，影响南中国，故称之为南少林寺。据考，该寺于清初被清兵焚毁。
1986年， 莆田市 在 西天尾镇 北部层峦叠嶂中的九莲山麓发现一处古建筑遗址，以及五口建造于北宋年间 的大型花岗岩石槽残碑、石柱等，学者们从石槽长226 厘米、宽100厘米，槽旁刻有“诸罗汉浴煎茶散” 字样，判断这是 僧兵 治疗伤病用的石槽，又从残碑、石柱上的“林泉院”、“寺山界”字样，最引人注目的是那口重达数千斤的宋代石槽，槽上刻有“当院僧兵永其佳其合共造石槽一口”，推测此遗址可能是 南少林寺遗址 。九莲山南少林寺海拔500多米，地形酷似河南的山间盆地，居九莲山脉中段，地势十分险要，是理想的兵家用武之地。山间盆地小平原，耕植可以自给，大本营离各个隘口不过数里之遥；且坡度平缓，如有军情，到隘口凭险据守不过片刻功夫。从地理形势上看，少林寺实在是个易守难攻的藏龙卧虎之地。寺区周围有 朱山 、 樟江 、寨头等10多个山寨，各寨遗址均存。山头尾和 梧桐山 还有高三、四十米颇为壮观的山涧瀑布。少林寺遗址正处在 九莲山 盆地的中心，寺院的基地有两面三刀万多平方米，十方丛林的气度可想而知。清初，南少林寺因在反清复明斗争中与 天地会 有着千丝万缕的联系，清王朝深为忌恨，遣兵焚毁，莆田南少林寺从此湮没于历史烟尘之中。 1992年4月25日，莆田市在 北京人民大会堂 举行新闻发布会，正式向外界宣布发现南少林寺遗址， 中国佛教会 理事、 嵩山少林寺 第29代方丈德禅大师出席新闻发布会，他根据先辈叮嘱，暂定了林泉院即南少林寺，并赠送了“南少林就在福建莆田九莲山下”的亲笔题词。莆田南少林寺已初具规模，大雄宝殿、 天王殿 、 钟鼓楼 、山门以及赵扑初题额的 “ 南少林 ”牌坊等，巍峨壮观，金碧辉煌。周围的 古竹 寺、霞梧院、 九莲岩 等大小寺院环绕着南少林寺，形成气势昂扬的寺院群落，重现了当年十方丛林的恢宏气度。唯一的遗憾是所有记载只是“林泉院”的痕迹，并无记载“少林寺”的字样，还是不能服众。
福清少林寺位于福建省福清市东张镇少林村，坐落于福清市西部闽中的嵩山峻岭之中，寺院四面群山绵延，雄浑巍峨，一泓绿水环绕着座座青山，密林深处，风吹草动山舞峰移、云烟拂拂、悠然飘逸。寺院座西北朝东南，周围溪、涧、流、瀑、泉，清水汩汩，涌泉自出，构成了难得的秀水奇观。整座寺院依山起势、傍倚五老峰，背靠“嵩山”，无论地形或山峦与河南嵩山如出一辙，令人称叹！寺前一溪横卧，迳流蜿蜒曲折，溪水清澈、晶晶莹莹，长流不涸。进入寺院，必先跨上长近二百米的铁索拉桥，人行桥上，如荡轻舟，悠悠欲醉，心境顿时豁然开朗。桥下是清澈如镜的湖面，把群山、寺院、绿荫映入水中。由于谷低，枕石漱流，清音潺潺，加之苍崖夹谷清泉长流，谷中常云蒸霞蔚，山色空蒙，时有紫气苒苒，神秘莫测。历史悠久，源远流长，始建于唐代，毁于战乱。
近年经考古工作者调查、考证和考古挖掘，在1993年6且4日，在福清市东张镇少林自然村，找到了少林寺遗址。又经福建省、福州市联合考古队对遗址进行考古发掘，出土大量珍贵文物，诸如遗址中发现“少林院”、“少林”等石刻铭文，以及石桥、石盂、石槽、石碾(药臼)、石碑、石础、石舂臼、石磨、 石香炉 、瓷器、钱币、铜镜，还有和尚墓塔等上千件文物，使福清少林寺遗址得到考察。以及所显示的文化内涵与河南嵩山少林寺之相似，在福建都是仅见的。
一九九四年十一月，福建省宗教局和福州市政府先后批准福清市在遗址上重建南少林寺，福清市各界人士及海外华侨共集资5000万元人民币用于重建南少林寺。前不久，本人再到南少林一游，感受颇深。
南少林寺坐落于福清市西部闽中的崇山峻岭之中，寺院四面群山绵延，雄浑巍峨，一泓绿水环绕着上座座青山，密林深处，风吹草动山舞峰移、云烟拂拂、悠然飘逸。寺院座西朝东南，周围溪、涧、流、瀑、泉，清水汩汩，涌泉自出，构成了难得的秀水奇观。整座寺院依山起势、背倚着五老峰，也名“嵩山”，无论地形或山峦与河南嵩山如出一辙，令人称叹！寺前一溪横卧，迳流蜿蜒曲折，溪水清澈、晶晶莹莹，长流不涸。进入寺院，必先跨上长近二百米的铁索拉桥，人站在上面稍有摇晃之感，心境顿时豁然开朗。桥下是清澈如镜的湖面，把群山、寺院、绿荫映入水中。由于谷低，枕石漱流，清音潺潺，加之苍崖夹谷清泉长流，谷中常云蒸霞蔚，山色空蒙，时有紫气苒苒，神秘莫测。
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