在《西游记》中，孙悟空在学成大品天仙诀、地煞72变和筋斗云之后，在一群师兄弟的怂恿之下，就卖弄自己的神通，正在这时，师父来了。
菩提祖师：是何人在此喧哗？
孙悟空和师兄弟：启上尊师，我等在此会讲，更无外姓喧哗。
菩提祖师：你等大呼小叫，全不像个修行的体段！修行的人，口开神气散，舌动是非生。如何在此嚷笑？
师兄弟：不敢瞒师父，适才孙悟空演变化耍子。教他变棵松树，果然是棵松树，弟子们俱称扬喝采，故高声惊冒尊师，望乞恕罪。
菩提祖师：你等起去。悟空，过来！我问你弄甚么精神，变甚么松树？这个工夫，可好在人前卖弄？假如你见别人有，不要求他？别人见你有，必然求你。你若畏祸，却要传他；若不传他，必然加害；你之性命又不可保。
孙悟空：只望师父恕罪！
菩提祖师：我也不罪你，但只是你去吧。
孙悟空：师父教我往那里去？
菩提祖师：你从那里来，便从那里去就是了。
孙悟空：我自东胜神洲傲来国花果山水帘洞来的。
菩提祖师：你快回去，全你性命，若在此间，断然不可！
孙悟空：上告尊师，我也离家有二十年矣，虽是回顾旧日儿孙，但念师父厚恩未报，不敢去。
菩提祖师：那里甚么恩义？你只是不惹祸不牵带我就罢了！
孙悟空只得拜辞，与众相别。
菩提祖师：你这去，定生不良 。凭你怎么惹祸行凶，却不许说是我的徒弟。你说出半个字来，我就知之，把你这猢狲剥皮锉骨，将神魂贬在九幽之处，教你万劫不得翻身！
孙悟空：决不敢提起师父一字，只说是我自家会的便罢。
石猴拜师学艺
从这里开始一直到《西游记》最后一回，就再也没有关于菩提祖师的任何内容，菩提祖师这个人就从此人间蒸发了。
不仅如此，菩提祖师在西牛贺洲开门收徒，手底下的徒弟至少也有成百上千之众，可令人费解的是，如来佛祖作为西牛贺洲的统治者，他竟然一点儿都不知道自己的地盘之上有菩提祖师这样的人物存在。
菩提祖师
其实原因很简单，菩提祖师在三界之中根本不存在。要知道，石猴来到灵台方寸山，斜月三星洞拜师学艺。灵台、方寸、斜月加三星，都是指的一个“心”字，这个地方在哪里？在石猴的心里。
石猴一出世就很有可能拥有了大品天仙诀等等神通，首先是诞生石猴的那块石头就不是普通的石头，在《西游记》原著第1回“灵根育孕源流出 心性修持大道生”中写道：
其石有三丈六尺五寸高，有二丈四尺围圆。三丈六尺五寸高，按周天三百六十五度；二丈四尺围圆，按政历二十四气。上有九窍八孔，按九宫八卦。四面更无树木遮阴，左右倒有芝兰相衬。盖自开辟以来，每受天真地秀，日精月华，感之既久，遂有灵通之意。
其次是石猴出世这一事件，可以说是惊天地泣鬼神呀！连玉皇大帝都惊动了。原著第1回写道：
一日迸裂，产一石卵，似圆球样大。因见风，化作一个石猴。五官俱备，四肢皆全。便就学爬学走，拜了四方。目运两道金光，射冲斗府。惊动高天上圣大慈仁者玉皇大天尊玄穹高上帝，驾座金阙云宫灵霄宝殿，聚集仙卿，见有金光焰焰，即命千里眼、顺风耳开南天门观看。
由此可见，石猴一出生就神通广大，本领高强，只不过这时候的石猴充其量就是一个拥有绝世武功的失忆之人，他施展的所有神通都是他的本能反应，不知道自己为什么会这样，甚至连自己的名字都不知道。
石猴出世
而菩提祖师就是恢复孙悟空记忆的那个人，让孙悟空记起了自己的名字，自己的前世。那孙悟空的前世究竟是何人呢？在《西游记后传》中，孙悟空与无天的终极一战，孙悟空化身成为17颗舍利子中最厉害的无骨舍利，一举消灭无天。由此可见，孙悟空的前世乃是西天灵山的一位上古佛祖，而且这位佛祖的能力很有可能与如来佛祖差不了多少。
观音菩萨在鹰愁涧曾说过：“你当年未成人道，且肯尽心修悟；你今日脱了天灾，怎么倒生懒惰？我门中以寂灭成真，须是要信心正果。假若到了那伤身苦磨之处，我许你叫天天应，叫地地灵。十分再到那难脱之际，我也亲来救你。”
由此可见，孙悟空之所以能从猴子修成人身，根本原因在于孙悟空肯尽心修悟，正所谓：“心性修持大道生”。
其实菩提祖师只不过是作者吴承恩的障眼法，是子虚乌有的，他不过是孙悟空这只猴子心性修持的结果，菩提祖师本质上只是孙悟空的一颗菩提心，心生菩提，打破盘中谜语，所以，得遇菩提祖师。所以说，菩提祖师在三界之中根本不存在，他只存在于孙悟空的内心之中。
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