千年兽
基米拉兽 无限龙兽
在共计四部作品中，千年兽作为反派大BOOS，都会遇到宿敌-秋山辽，并被其打败。
秋山辽
●1999年12月31日【阳极、阴极训练师】在太一等七个孩子击败极恶魔王的不久后，还残存的无限龙兽（机械邪龙兽）和基米拉兽融合，产生了具有时空操作能力的强大数码兽——千年兽。被选召的8个孩子被紧闭在异空间之中（当时打启示录兽时的空间），过去的敌人全部复活，亚古兽逃过一劫，向年终的夜晚里在聊天室聊天的秋山辽求救，秋山辽的数码世界冒险之钟在这一刻被敲响。最后，秋山辽拯救了八个孩子与七个数码兽，也打倒了千年兽。
千年兽
●2000年4月19日【标签训练师们】大难不死的千年兽利用不久前被奥米加兽歼灭的超恶魔兽设计陷阱，因为好友一乘寺贤的电脑里出现奇怪的东西，而前来查看的秋山辽，突然看到出现的D-3暴龙机，与小贤一同被召唤到数码世界，然后中了千年兽的陷阱，落入镜面世界之中。为了恢复变成许多个镜面世界的数码世界并打倒千年兽，秋山辽与V仔兽组成拍档，一乘寺贤和偶然相遇的虫虫兽组成拍档，在分别的世界中展开冒险。最后，为了保护秋山辽，小贤被千年兽的邪神之爪击中，在这时候被埋了黑暗种子（倒不如说是千年兽的资料）。
千年兽死前散播黑暗种子
千年兽临死发出黑暗种子，右者是秋山辽
千年兽第二次被秋山辽打倒
●2000年4月20日【D-1训练师们】因为拍档数码兽事件而疗伤中的小贤，无意中找到了一个奇怪的网页，来探病的秋山辽将网页上的奇怪问题全回答后，又被召唤到了数码世界。这次是四圣兽的争斗，召唤各地的训练师们互相对战的D-1大赛（结果赛程上对打的全部都是熟人），而且也再次与宿敌千年兽对持。这次进化成【月之千年兽】。虽然又一次击败了千年兽，却受到最后爆炸的卷入，秋山辽从现实世界和数码世界中消失。
月之千年兽
“月之千年兽”设定：
存在于千年兽的内心世界，精神体数码兽。由于是千年兽的黑暗之心形成的数码兽，所以没有固定的身形。常展现水晶的姿态，但因对敌人的憎恶与愤怒，似乎也会变换形态。另外，因为是精神体所以没有实体，不受任何物理攻击伤害。想打倒月之千年兽，必须要先打倒作为真身的千年兽，不过，能做到的数码兽几乎不存在吧。另外，据说就算万一打败了千年兽，倒下的真身会分离并超越时间和空间复活。必杀技“死亡水晶”据说不具备肉体性的破坏力，而是斩断敌对数码兽的心。
●2000年4月23日【勇敢的训练师】这次的舞台是数码世界的起源-过去的世界。被卷入爆炸而失去记忆，飞往过去的世界的秋山辽，在核心电脑电子数字积分计算机的指示下和角龙兽组成拍档并藉著电子数字积分计算机的力量飞往过去数码宝贝1（太一等人冒险的时候）、未来（数码宝贝2）、异世界（数码宝贝3）等平行世界中各地的数码宝贝协力。阻止同样是因爆炸而飞往未来世界，还进化成【最终千年兽】的侵略，守护数码世界的历史，最后，终于四度击败千年兽，并将千年兽与角龙兽强制融合，进行了数据的混乱，千年兽因此引爆并消灭，为这长久的宿敌之战打下了终止符。
最终千年兽
“最终千年兽”设定：
在时空间自由穿梭，想持续破坏一切时代、世界的邪恶之王。数码兽战败的话会变成数码蛋，但是也有极少部分能从数据的尸骸中复苏过来。据说千年兽在激战中死去时，持有暗之魂复苏的就是最终千年兽。另外，缠绕最终千年兽身体的带子，据说是封锁能力的锁链之类的东西，不知是谁施加咒语将最终千年兽束缚住。不过，据预言当该咒缚被解放时，数码世界将遭受不可估计的破坏。必杀技「时空破灭」是将敌方葬送去时空彼岸。被此技击飞到时空间，没人能够生还。
●2002年2月10日【当黑暗种子发挥作用之时，制造出基米拉兽】2年后，小贤升为小学五年级，变成了通晓8国语言，小学5年级就有超高的电脑操作技术，在各方面都表现杰出的天才少年。
在与秋山辽的大冒险之后，被黑暗种子附身的小贤，在哥哥死后进入数码世界的黑暗之海把数码机染黑并升级成第一台D-3。因被植入黑暗种子，引发黑暗面（可以说是另一人格的暴龙改造者（一乘寺贤）当上了数码皇帝（他变成暴龙改造者是因为收到及川悠纪夫（即变种吸血魔兽）的一封电邮而变成的） ，大肆破坏数码世界，捕猎数码兽并加以改造成无敌的数码兽。基米拉兽就是最后的成品。
基米拉兽是暴龙改造者集合了比多兽的头部，天使兽和飞龙兽的翅膀，恶魔兽、丧尸暴龙兽和古加兽的爪，角龙兽的尾巴，加鲁鲁兽的双腿，更有暴龙兽的身体和机械暴龙兽的头发而融合成的数码兽，它理论上不能征服，走来走去破坏数码世界。他的攻击是如此的有力以致于即使和它察肩而过时，也会受到伤害。后来虫虫兽牺牲了自己，让金甲龙兽消灭了它……
千年兽在第二次被秋山辽打倒时，放出无数黑暗种子，打中了小贤，使他后来成为了暴龙改造者，千年兽自己虽然死去，它的灵魂却未消失，进化成【月之千年兽】，继续和秋山辽战斗，给他制造麻烦……从时空角度来看，小贤被植入黑暗种子、成为暴龙改造者并造出基米拉兽或许是一种必然，也是一种因果，一种时空轮回。而到了动漫《数码宝贝03驯兽师之王》，启人等人在数码世界与秋山辽偶遇。秋山辽身边跟着一只“科学飞龙兽”（电子龙兽），其个性容易冲动，残暴，一出场就手撕“十二帝魔”的“天龙兽”，想去挑战“四圣兽”的”白虎兽”。这是不是那只融合了千年兽数据的“角龙兽”进化来的？设定上“不从属于正义集体「病毒克星（Virus Busters）」，是名孤高的战士，其真面目充满着谜团”。
科学飞龙兽
裁决兽
秋山辽和角龙兽幸福的生活在一起
,
