10月26日，美国国家档案局依据《肯尼迪遇刺档案记录收藏法案》的25年期限公布了2800余份相关文件，但在中央情报局（CIA）、联邦调查局（FBI）、美国国务院以及其他多家机构的游说下，仍有一批文件未能如期公开。此次肯尼迪档案的公开不仅有事件调查细节，而且还包含了肯尼迪政府期间的种种机密，包括中情局刺杀古巴领导人菲德尔·卡斯特罗的计划，还有古巴和苏联对遇刺事件的反应等等。虽有新证据，但阴谋论仍未消散。
1963年约翰·肯尼迪遇刺时，正值美苏冷战的高潮，古巴导弹危机刚刚过去1年。最新揭秘的肯尼迪档案显示，FBI和CIA调查遇刺事件时也将矛头对准了苏联和古巴，一部分CIA官员曾怀疑卡斯特罗是幕后主使。公开文件显示，CIA发现凶手李·哈维·奥斯瓦尔德（Lee Harvey Oswald）曾给苏联驻墨西哥大使馆一名“克格勃官员”打过电话，而刺杀奥斯瓦尔德的杰克·鲁比（Jack Ruby）也同样到过古巴。但是最终众议院遇刺案特别委员会(House Select Committee on Assassinations)认为，卡斯特罗与肯尼迪遇刺毫无关系，不可能是对CIA刺杀活动的报复行为。最新的文件草案称，“委员会不认为卡斯特罗曾刺杀肯尼迪总统，因为如果一旦这种行动被发现，将会给美国摧毁古巴的借口。”
而最新解密的FBI备忘录称，当时的苏联领导人认为奥斯瓦尔德是一个“神经质的疯子（ neurotic maniac），背弃了他的祖国和其他的一切”。而FBI线人称，苏联领导人也担心肯尼迪的死会引发美国的报复，“非常害怕在没有领导人的情况下，一些不负责任的将军会下令向苏联发射导弹”。苏联方面怀疑肯尼迪的死是继任者林登·约翰逊（Lyndon Johnson）组织的政变。
刺杀卡斯特罗的N种方法本次公开文件内容还包含了1960年代初美国情报机构对苏联和古巴的间谍活动，其中部分文件记录了，自1959年起CIA曾多次脑洞大开策划刺杀菲德尔·卡斯特罗的计划。
根据一份1962年5月CIA向时任司法部长罗伯特·肯尼迪做的简要报告显示，1961年时CIA至少有两次试图用致命毒药毒杀卡斯特罗，也曾组织犯罪组织刺杀。
1962年的夏天，电影《间谍之桥》（Bridge of Spies）的男主角原型，律师詹姆斯·唐纳文（James B. Donovan）被派去古巴同卡斯特罗谈判，让古巴释放“猪湾事件”1113名被俘囚犯。卡斯特罗喜欢潜水，CIA曾计划让唐纳文在去见卡斯特罗时，将一件内部被真菌感染的潜水衣和结核杆菌感染的潜水呼吸装备送给卡斯特罗。但是最后唐纳文并没有执行该计划，而是将一件未被污染的潜水服送给了卡斯特罗，作为“友谊的表示”。
CIA还曾讨论过将一个“伪装的海贝”放在卡斯特罗喜欢潜水的海域，吸引他的注意，一旦海贝被拾起就会引爆炸弹。但经过调查，CIA认为加勒比海附近没有那么大的贝壳既能放足够多的炸弹，又能吸引卡斯特罗的注意。
除了刺杀计划，本次文件还公开了当时美国政府对刺杀菲德尔·卡斯特罗的悬赏金设定。1964年FBI的一份备忘录记录显示，刺杀菲德尔·卡斯特罗的酬金最终设定为10万美元，而劳尔·卡斯特罗和切·格瓦拉为2万美元。在另一份文件中，国防部策划推翻古巴政府的“悬赏行动”计划（Operation BOUNTY）中，却只悬赏了刺杀卡斯特罗的古巴人2分钱，而刺杀其他政府官员奖励最高10万美元，刺杀“部门领导”奖励5.7万美元。1975年，CIA对古巴领导人菲德尔·卡斯特罗的悬赏金上升到了15万美元。
过去几十年间，由于美国政府三缄其口，FBI和CIA讳莫如深，导致各种各样的阴谋论铺天盖地而来。“林登·约翰逊政变说”“黑帮刺杀说”“冷战对手黑手说”“共济会阴谋说”等等理论层出不穷。26日公布的文件提供了一些新线索，却并没有让阴谋论消散。
根据1964年5月FBI一份内部报告显示，线人透露美国极右翼的3K党称“有文件证明林登·约翰逊总统在其政治生涯早期，曾是德克萨斯州3K党成员，”但是这份“证明文件”并没有提供。
而中情局局长理查德·海尔姆斯（Richard Helms）则在1975年作证称，约翰逊主张肯尼迪被杀是因为肯尼迪曾下命刺杀越南总统吴廷琰 (Ngo Dinh Diem)。但是海尔姆斯并不知道约翰逊如此主张的原因。
本次公开文件中另一个助长阴谋论的线索是，在暗杀前25分钟，英国《剑桥新闻》（Cambridge News）接到一个神秘电话，让他们去向美国大使馆要“大新闻”。现任《剑桥新闻》记者安娜·莎瓦称报社没有记录，现在没有人知道打电话的人是谁。
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