进入新世纪，辅仁中学又迎来新发展。
2003年，在众多老校友的关心支持下，学校恢复老校名辅仁中学，同时，辅仁高中、辅仁高中实验分校、民办辅仁中学（初中）三校组成辅仁教育集团，老校友、原无锡人大副主任黄宁一任董事长。同年，学校成立党委，钮伟国被选为党委书记，全校党员70名。
2004年学校转评为江苏省四星级高中。
学校继续保持教育的高质量。从2000年起至2003年，每年本二以上进线率都超过90%，最高年份达96%。2004年以后，本二以上升学率保持在80%左右，本科进线超过95%。因每年都为重点高校输送数量较多的优秀学生，学校先后被确定为南京大学、南京理工大学、南京航空航天大学等校的生源基地，也是国防生生源基地。
2002年学校被评为省文明单位标兵
2005年学校被评为校务公开省先进单位
辅仁高中成为多所高校的生源基地
学校师资队伍建设取得新进展。学校多渠道开展师训工作，促进教师的专业发展。自八十校庆后的10年间，学校先后有四人被评为省特级教师，同时从外校引进了四名特级教师。2006年，江苏省在普通高中开展了教授级高级教师评审工作，辅仁有三名教师被评上。此外，学校还拥有无锡市名教师、无锡市学科带头人、无锡市教学能手及无锡市教学新秀等不同层次的骨干教师多名。
学校在教育科研方面取得显著成绩，提升了办学层次。自1999年省级电教课题“多媒体课件的制作与应用研究”结题之后，又先后有省级课题“古诗文吟唱背诵研究”“高中生人文教育研究与实践”“应用信息技术建立以学生为主体的探究性学习模式”“高中数学单元探究教学法”“高中数学探究式教学的理论与实践研究”及市级课题“高中体育课程内容改革”“以校本课程开发推进校本师训的模式研究”等结题。至2009年，学校又新立项四项省级研究课题。
进入新世纪学校先后获得江苏省文明单位、江苏省文明标兵单位及江苏省德育先进单位等荣誉称号。明道进德，植德树人，是辅仁的优良传统。多年来，学校坚持开展德育主题教育活动，不断为“明道进德”的校训注入新的内涵。学校创新德育载体，编写德育校本教材，先后编成《启明集》《明道进德》《论语新读》《成功轨迹》等读本。其中《明道进德》荣获无锡市德育校本课程一等奖。学校还建有一支特殊的德育队伍——德育讲师团。这支队伍组建于1992年，长年保持着20多名成员。老同志们凭借自身特殊的经历、丰富的经验、高尚的人格，为改进学校德育工作做出了贡献。
2000年与2004年学校两度被评为江苏省中小学党建工作先进单位。
2007年，因不再允许以公有民办的体制办学，辅仁实验分校停止招生。辅仁实验分校先后由周建平、陈江辉、沈育熙任校长。
2007年8月胡平接任辅仁高级中学校长。2008年1月陈曦任辅仁高级中学校长。
2008年初，学校隆重举行九十庆典，回母校参加庆祝活动的校友超过四千人。筹备校庆期间，辅仁校友会换届。新一届校友会由辅仁校长任会长，杨培德任北京校友会会长（后由钱敏汝接任），李祖仪任上海校友会会长，钱裕盛任南京校友会会长（后由赵正宇接任）。
2008年学校召开第十一届教代会。教代会讨论通过了《无锡市辅仁高级中学学校章程》。其“总则”第四条规定：学校以“明道进德”为校训，坚持“因生而学，因学而生”（Live to learn , learn to live）的教育理念。学校的校风为“仁爱谨严”，学风为“求真持恒” ，教风为“务实拓新”。
2009年，钮伟国退居二线，龚雷雨接任党委副书记。
2009年，辅仁高中的发展又迎来了新的机遇。学校从2008年8月起，以一年时间在蠡湖边基本完成新校舍的建设，2009年7月，学校整体迁入新校。蠡湖新校区占地面积150余亩，建筑面积达8万平米。迁入新校后，学生大部分在校住宿，学校实施城市寄宿制管理模式。在建设新校的一年间，学校统筹推进各项工作，在德育、师训、课改等方面都有新的进展。2009年夏，学校获校管中心颁发的年度办学成果突出奖。
2009建成辅仁新校
迁入新址后，学校进一步深入开发校本课程，构建起“校本化学科课程、学科竞赛课程、综合实践课程、国际接轨课程、民间艺术课程”五大板块。学校开设的校本选修课超过200门，研究性学习课题1058个，编撰的校本教材增加至23本，校本课程开发方案荣获省一等奖。省生物科学探究课程基地以一流的教学设施、丰富的课程资源、多样的活动赢得了省内外专家同行的赞誉，学生撰写的“生物多样性对无锡地区太湖水质的影响”研究性学习报告，在“全球青少年领袖论坛无锡峰会”活动中荣获最佳团体奖。
学校继续推进教育科研，各级各类课题项目近100个，仅十二·五省规划课题就有13个。近十年间，教师在省级以上刊物发表论文近1000篇。
学校继续加强教师队伍建设。以“名师工作室”、“学科教研工作坊”为教师发展平台，坚持“教学有课例、研究有主题，培训有重点”的“教、研、训”一体化的培训机制，开展“校本研究、在职研究、自主研究”和“向专业理论书刊学习、向学科专家学习、向身边同行学习”的“三研”“三学”活动。为保障教师的专业发展各项工作顺利进行，学校在2014-2016的三年中，用于教师培训的经费达190万元，占教师工资总额18%。学校师资队伍的整体素质不断提升，至2017年，在职教师中有正高级教师3名，省特级教师3名，无锡市名教师2名，各学科带头人19名，教学能手20名，教学新秀45名。
2012年，学校与德国MY国际教育服务公司合作，招收中德班。中德班每年招20名学生，在辅仁读一年语言预科及衔接类课程，第二年起赴德国高中完成学业，并申请德、奥、瑞等国公立大学就读。
中德班第一届学生合影
2012年，于志华来校任党委书记。2013年，于志华兼任校长。2016年，张军任副校长，主持学校工作，于志华不再担任校长。2017年，于志华退二线，马彩红接任党委副书记。
至2017年秋，学校共有45个教学班，学生1993名，教职员工202名。应届高中毕业生567名，全部考入高校深造。
明道进德，辅仁情怀；薪火相传，作育英才。前进中的辅仁中学将迎来更美好的明天。
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