元龟元年（1570）织田信长在姊川合战中取胜，这一胜利使朝仓和浅井暂时无法发起主动的攻击。姊川合战后信长拿下了横山城，切断了南北近江的联系，他留下羽柴秀吉防守横山城，南下包围佐和山城，一旦拿下佐和山城，就等于切掉浅井的一臂。而佐和山城的矶野员昌深知其中的利害关系，所以也加强了防守。信长在包围佐和山城以后，按兵不动，决定本人返回岐阜城，因为相比暂时无法动弹的浅井和朝仓而言：一个更加危险的敌人出现了。
这个危险的敌人就是石山本愿寺——一般的战国大名只能控制自家领地上生活的人，而石山本愿寺以净土真宗信仰为号召在全日本收揽了大批信徒。表面上看石山本愿寺是一个宗教场所，但只要显如上人登高一呼，别人的领地里或许就有无数的农民拿着锄头和钉耙揭竿而起从背后打过来。在日语里有一个专有名词“一向一揆”就是指的这种以宗教信仰号召起来的农民起义。
早在永禄六年（公元1563年）在信长的盟友德川家康的领地——三河就爆发了大规模的一向一揆：一时之间不仅三河领民纷纷加入暴动，连德川家臣本多正信等人和一些地方城主也加入其中。这场暴动打得家康几乎只剩半条命，有此前车之鉴自然令信长不敢对石山本愿寺势力掉以轻心。
元龟元年（1570）八月信长从岐阜出兵，攻打三好三人众手下的福岛和野田城，同时派出使者，要求本愿寺捐献军费。这次信长采取先礼后兵的方针，试探本愿寺的显如上人。显如上人却是一个吃软不吃硬的家伙，他对信长的“敲诈勒索”嗤之以鼻。九月十三日本愿寺正式敲响警钟，集合军队，对信长宣战。信长在“敲诈”失败以后，立刻调集军队攻击石山御坊，本愿寺获得了杂贺和根来众的支持，他们集合了上千支火枪和信长展开对决。这一仗信长损失惨重，佐佐成政重伤。双方虽然打成平手，但事实上，信长连石山本愿寺下的一根草都没摸到，原本的战略意图也没有达到，从这个意义上来说，信长失败了。
这场战役标志着旷日持久的“石山合战”的爆发。石山合战不仅是信长与本愿寺家的战争，也是信长领地内一向一揆的开始。在本愿寺的煽动和组织下十一月长岛爆发了大规模一向一揆，同时近江国和近畿地区的“泥腿子”与国人也纷纷起来反抗信长，这就使信长手下的各地领主忙着救火，无暇外顾。信长“敲诈”本愿寺的结果是给自己惹来一个最为麻烦的敌人。
在石山合战爆发的同时朝仓和浅井又一次南下，他们这次的目标是宇佐山城。正在应付石山御坊的信长猝不及防，只好留下柴田胜家与和田惟政两人断后，并匆忙赶回京都。虽然如此，朝仓和浅井还是以最快的速度攻克了宇佐山城，同时攻入近畿地区大肆放火，森可成战死。森可成是信长的亲信之一，他的死对信长是很大的打击。恼羞成怒的信长再次出兵，在比山布阵，要求延历寺方面给予支援。在遭到拒绝后信长切断了朝仓的后路，十一月二十六日双方再度发生接触战，信长一方没有占到半点便宜，而且损失惨重。不过朝仓并不想和信长再次决战，他们急着回家，所以信长搬出足利义昭来，以征夷大将军的名义进行调停。朝仓以牺牲浅井家的利益为条件，把江北的三分之二划给了信长，换回了一条回家的通道。这使浅井直接面对信长军队的骚扰，不过朝仓管不了那么多，他们素来只注重眼前的利益。所以信长又一次幸运地占了便宜，但这个便宜占得苦涩之至。
十一月由于长岛一向一揆爆发，而信长正在应付朝仓和浅井，信长的弟弟、尾张国小木江城主织田信兴因城破而自杀。长岛一向一揆开始蔓延。长岛位于木曾川、揖斐川和长良川三条河流的交汇口，这里是本愿寺势力的核心地带之一，信徒的势力遍布尾张国的西南部、美浓国南部和伊势国北部。长岛一向一揆对信长来说是心腹之患——这次的长岛一向一揆杀死了信长一个弟弟，伊势桑名城主泷川一益也战败退走，这使信长更认识到一向一揆威力的强大。
元龟二年（1571）五月信长发动了征讨长岛一向一揆的战争，气势汹汹的信长可以说是倾巢而出，两万大军分兵三路杀向长岛。信长本阵位于津岛；佐久间信盛、浅井新八、山里三左卫门、长谷川丹波、和田新介、中岛丰后率军从中筋口进攻；柴田胜家、市桥九郎左卫门、氏家卜全、伊贺平左卫门、稻叶一铁、不破光治、丸毛兵库、本小大膳、饭沼勘平出太田口进攻；长岛本愿寺派出了最凶悍的雇佣军--杂贺众前往应战。杂贺地区是日本铁炮流传的最早地区之一，杂贺国人众以擅长运用铁炮闻名，同时手里还有一队数目颇大的铁炮军团。这次信长遇见的就是著名的杂贺众，本愿寺一方面发挥杂贺众游击战的优势，东打一枪西开一炮，一方面控制住了伊势湾的制海权，两面夹击，给气势汹汹的信长当头一棒。太田口一方以柴田胜家为主将的军队受到沉重打击，柴田胜家受重伤，美浓三人众之一的氏家卜全负责殿后，不幸阵亡，另有数名家臣战死。
这次的失败是对信长的又一次打击，由于长岛一向一揆信长失去了一员猛将和一个弟弟，同时近畿地区受到了严重威胁。痛定思痛的信长决定改变策略，先平定南近江一向一揆。八月信长再次出阵：从南近江的中岛砦进入佐和山城，九月朔信长进攻一揆势的志村城，在佐久间信盛、柴田胜家、丹羽长秀和中川八郎右卫门四人的疯狂攻击下，志村城陷落，杀敌670余人。通向比山的道路被打开，南近江一向一揆基本平定。
比山跟信长是有旧仇的：当初信长和朝仓浅井联军激战的时候要求延历寺支援，延历寺一口拒绝。同时在平定一向一揆的过程中，信长也增加了对佛教徒的厌恶情绪，他认为佛教徒就该好好待在庙里吃斋念佛，有事没事拿刀舞枪地干涉大名的事务，那就是不老实的和尚。本愿寺是如此，延历寺也是如此。据太田牛一《信长公记》的记载：信长于九月十二日下达了攻取比叡山的命令，织田军火烧比山根本中堂和三王廿一社。包括灵塔、僧舍、灵社和经卷在内的比山佛教圣地一片火海，比叡山的僧侣和附近部分百姓逃到了八王寺山，织田军切断山下全部道路，然后攻打山上，不论僧俗老幼男女一律杀死，遇难人数高达数千人。
时至今日信长火烧比山一事是否为事实仍存在着很多的争议，也有人认为比山在此前曾经遭到过足利义教的蹂躏，已经是一片狼藉，信长火烧比山一事很可能是人们把足利义教的事情也嫁接到了信长身上。不过无论如何这样的记载不会是空穴来风，至少信长当时有对比山采取敌对军事行动的事实或打算，甚至首都的天主教传教士也记载了相关的内容。信长因为征讨一向宗和比山而得到了两个不甚光荣的外号：“第六天魔王”、“佛敌”。这里要解释下所谓的“第六天魔王”。佛教认为世界有色界、欲界和无色界三界，其中的欲界分为六天：四大天王、忉利天、夜摩天、兜率天、化乐天、他化自在天。第六天魔王就是他化自在天，又叫摩罗、波甸，梵文为“婆罗维摩婆奢跋提”，也就是采取各种方式诱惑和阻碍佛教徒修行的恶人。信长本人颇以得到此外号为荣。值得一提的是：有人认为信长是天主教徒，他本人对南蛮物的兴趣非常浓厚，甚至当时很多佛教徒也以此为借口攻击信长，认为他是试图以天主教取代佛教的“佛敌”，信长在京都建立南蛮寺的行为更一时间在佛教徒中引起轩然大波。但事实上信长类似于“无神论”者，他并不信仰佛教，也不甚信仰天主教，他的性格属于天马行空、我行我素的类型，并不是宗教习惯所能拘束的人物。
获得“第六天魔王”和“佛敌”两个称号的织田信长更加变本加厉：天正二年（公元1574年）信长和长岛地区由石山本愿寺发动起来的一向一揆势力的总决战爆发——战斗从当年7月13日爆发，8月2日织田军用大炮攻破了一揆势力驻守的大鸟居的寨墙。寨中的一揆势力提出投降请求，却被织田信长一口回绝。走投无路的一揆势力趁夜携家带口蜂拥出逃，织田军在后猛追，无论男女老幼，不管是否战斗人员，一律屠杀，据说此战织田军共屠杀千余人。12日织田军又攻克筱桥寨，但自身也损失惨重，于是转而对一揆势力剩余的城寨采取围而不攻之策，以期将其困死。包围战持续到9月底，长岛寨的一揆势力弹尽粮绝，被迫再度提出投降请求。织田信长吸取了上次大鸟寨的教训——很爽快地答应了对方的请求。9月28日一揆势力以及家属百姓打开寨门，乘小船前往织田军营帐归降。
当他们到达河中心时织田军万炮齐发，随即织田军战舰开始撞击一揆势力的小船。一时间鲜血染红了河川。这种违背承诺的行为引起了百姓们的暴怒，有六七百手无寸铁的百姓冒着枪林弹雨冲入织田军中用拳头和牙齿攻击敌人，织田信长的庶兄织田信广、十弟津田秀成、叔父津田信次以及叔父信光的三个儿子津田信成、信昌、仙千代都于此战阵亡。百姓的反抗更引起织田信长的暴跳如雷——在屠杀了从长岛寨前来归降的一揆势力后他率重兵包围了一揆势力仅剩的中江和屋长岛两寨，然后放火将寨中近两万人烧死。
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