童年的美好时光
小时候，光头强和他的爸爸总是会在马哈鱼迁徙的季节站在河边喊着“马哈鱼，跃龙门，来年风调雨又顺”，但是童年快乐的时光总是很短暂，光头强一天天长大，强爸由于工作的关系也很少在家，没时间陪他。后来光头强痴迷上了发明，成绩一落千丈，强爸一气之下将小时候送他的手电筒摔坏了，父子之间的关系从此变得紧张。
父子的相处
时间回到现在，强爸突然到访狗熊岭，向来严厉古板的强爸却对光头强嘘寒问暖，而朝夕相处却未能缓和关系，反而导致了父子矛盾的爆发……
在一次激烈的争吵中，光头强和两熊被“缩小机”（即手电筒）意外缩小，毫不知情的强爸伤心离开，并无意间带走了手电筒。于是，光头强和两熊踏上了追赶强爸和手电筒的“微观世界”冒险之旅。
微观世界的冒险
被变小的熊二表示太丢熊了，连个青蛙都能欺负它。然后在冒险途中结识了厉害的蛋蛋侠（一只蝈蝈），小小世界，也是江湖，蛋蛋侠因为巧克力和光头强达成协议，答应帮他追回手电筒。
不知这个蛋蛋侠哪里来的神通，坐骑换了一个又一个，小仓鼠、鸽子、猫咪，最后连强爸的母鸡都得听他调遣。不过微观世界的冒险真的很恐怖，虫子、蜘蛛、小龙虾，甚至连苍蝇他们都打不过。通过重重障碍后终于和强爸回合，不巧的是，强爸一不留神也被手电筒缩小了。
环境保护
与此同时，一名陌生国外女记者突然出现，并频频出没于大马哈鱼生活的河域附近，原来是有不法分子往马哈鱼迁徙必经的河域中倒电子垃圾。于是，变小后的光头强和强爸以及这名神秘的女记者，与不法分子斗智斗勇，最后将不法分子制服。
父爱如山
在关键时刻强爸舍命救他，在强爸生死不明的情况下，光头强发现了爸爸一直带在身边的书，原来是他小时候的日记本，上面还记着他小时候的愿望清单，他爸爸的这次到访就是专程为了实现他的愿望而来，知道真相的光头强终于忍不住哭了出来。
最后，还好父子和熊大熊二都变了回来，光头强和爸爸也和好如初。
值得一提的是，熊二居然没有吃鱼...
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