在孔府办理好父母的丧事，这时孔子家规的第一条，是衡量孔子后裔道德水平的首要标准。各府平时都有孝服，遇到有本家去世吊丧时都是自备孝服，而且孝服种类繁多，要根据与死者的关系确定穿什么孝服。
在丧礼上，孔府有许多独特的仪式和仪仗，来了吊丧的亲友，门口的乐棚要奏乐，是男客，还是女客，还是男女客一起来，奏的乐曲都不一样。大门两旁还站着“方弼”“方相”，这是两个用绸缎和木架扎成的大汉，衣冠服饰和脸谱都很像京剧中的花脸，有一丈多高。人站在大汉的身体里，可以操纵着大汉活动、走路、做出各种动作，人还可以从大汉的肚脐向外看，来了吊丧的客人，根据男客、女客或男女都有，操纵大汉伴着乐曲上前迎接，在送殡时，这“方弼”“方相”也要走在队列前面，一直跟到墓地。这是只有孔府办丧事才有的仪卫，十二府没有。
死者装裹分为大殓、小殓，三日小殓穿常服，五日再大殓，就要换官服。女的凤冠霞帔，嘴里含珍珠，全身撒上香料，再用绸子将死者从头顶到脚都裹起来，脸也不露出来。女的用绿绸子，男的用红绸子，裹三层，最外面一层都用白绸子，缠裹的很紧，不留一点空隙，将死者裹成花瓶形状。十二府也都是这样装裹。
停灵的地方也有规定，衍圣公和一品夫人死后停在内宅前上房，姨太太或住在孔府里的亲属，死后停在后面的白虎厅。孔府的建筑是左朱雀、右玄武、前青龙、后白虎、明七星、暗八卦。朱雀、玄武指的是孔府两侧钟鼓楼，青龙、白虎是孔府前后两个厅，七星是孔府中的七座高楼，八卦是地下的八条水沟。据说前青龙（又称喜房）里生孩子，后白虎厅停死人，这对孔府的风水有利。但近支本家很少住在孔府，到了近代，灵柩也都不停在白虎厅了。
灵棚要用蓝玻璃做顶，灵棚里除了纸人纸马、聚宝盆、摇钱树、金银元宝等各种“社火”，还要摆上成百件的“明器”，锡制的小茶壶、小茶碗、木头小桌椅、小床、床上都有枕头被褥，还有绣花的小衣服等等，都是真的，但是尺寸极小，不能超过半寸，做得非常精致。在几分大的小尖鞋上绣着很复杂的花纹图案，据说孔令誉夫人袁氏以做“明器”著名，绣出的花纹要用放大镜才能看清楚，这些“明器”在安葬时一起埋进墓内。
灵棚里棺柩前还要悬挂“铭旌”，大红绸子条幅像幔帐一样从上而下垂落，遮住棺椁。红绸子上会写死者的各种官衔，在出殡时要将铭旌放在棺材上。出殡时抬杠的杠夫也因死者地位不同人数也不同，孔府死了人要用六十四人抬，十二府则用三十二人。
孔氏家族规定，父母去世，三年不应酬客人，不听丝弦，不论孔府还是十二府都一样执行，浙三年叫“丁优”。
如果当差的死在府里，按规定不能从门口出去，那就只有从墙上抬出去了，孔府的墙又高，到了近代民国的时候，这项规定实际已经取消了，曾有当差的死在府内，也是从门口抬出去的，陶氏也假装不知道就过去了。
孔府大门外东边有条胡同叫：鬼胡同，当地老百姓出殡，不能从孔府大门前经过，要从鬼胡同绕行，除了出殡，平时很少有人从那里走。
孔林
孔林是孔氏家族的墓地，两千多年来，墓碑林立，坟茔无数，其中上三代和下三代的坟茔最讲究，上三代就是孔子、孔子的儿子孔鲤、孙子孔伋，下三代是孔令贻、孔祥珂、孔繁灏。每年清明，是孔林最热闹的日子，孔林门口水泄不通，门前还有林门会，是盛大的集市，像赶庙会一般。
孔子墓附近西南方向草丛中有个洞口，有些倾斜，洞口小，里面大，像个油篓似的，据说这叫油篓墓，又叫牛栏坟，是秦朝留下来的，那时候人活到六十岁还不死就要活埋，做儿子的不愿意活埋自己的父母，就挖这种油篓墓，让老人待在里面，儿子每天夜间来送饭，用竹篮子吊下去。
孔林风水很重要，光绪三十年（1904年），勘测津浦铁路，原计划从歇马亭向南经过曲阜，但是离孔林西墙很近，孔府向朝廷递了呈文，说铁路“震动圣墓、破坏圣脉”，祖宗灵魂不得安宁，最终铁路绕道拐了个大弯。
【注】各地丧葬风俗不同，具体到细节还有很多讲究的地方，现在大概在农村还能一窥封建社会丧葬礼节的全貌，但随着时代发展，这些礼节风俗很多也就简化了。
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