公元2131年，几乎毁灭整个世界的非核大战终于落幕。从战争中生还的士兵迪娜?纳兹，徘徊于几近荒废的城镇之中，这时突然出现一架巨大的直升机，它不仅在背后追赶着迪娜，甚至还对她开枪射击。在一片混乱过后，从直升机走下来的居然是迪娜过去的情人布里亚琉斯，以及一个与战争场景格格不入的女人?瞳。受到麻醉枪攻击而意识朦胧的迪娜，被他们带到和平都市奥林帕斯，在这场非核大战中没有任何国家赢得胜利，最后由奥林帕斯统治战后的世界）。迪娜醒来后，听见一道非常熟悉的声音，站在迪娜背后的正是她过去的恋人布里亚琉斯，然而此时的布里亚琉斯却早已被改造为「人造人(Cyborg)」，与过去的相貌完全不同。迪娜在看到布里亚琉斯的这个模样后，惊讶得说不出话来；当两人在会客厅独处时，布里亚琉斯才告诉迪娜当初他在北非战线失去身体，后来被改造为生化人的经过。 隔日，迪娜得到移民入居的许可，并搭乘瞳的车来到立法院。虽然她对于这种与战场完全不同气氛的和平街景感到困惑，不过当她看到似乎非常幸福的奥林帕斯居民后，自己也感受到了片刻的安详，但是当她听瞳说这里的居民有一半是优良品种的生化人「Bioroid」后，又开始感到些许的不安。制造这种生化人之目的是为了让人类社会保持安定，而瞳本身也是个生化人。 在立法院等着她们两人的是被称为「七贤老」的老人们，奥林帕斯是由他们与巨大计算机「盖亚」透过对话，使其产生意识并加以操控；然而实际上控制着政治的是生化人，他们正悄悄地进行着威胁人类品种存在的计划。另一方面，虽然迪娜此时又与布里亚琉斯重逢，但布里亚琉斯不仅完全没露出高兴的表情，甚至连一句话也不说，而迪娜对于布里亚琉斯这种反应也感到十分困惑。 布里亚琉斯真的变了吗？生化人究竟是敌是友？而奥林帕斯真的是人类的理想国度吗？ 在如此众多谜团与思绪的交错下，以人类社会未来为赌注的一场壮烈战役即将爆发！
在苹果核战记2，非核大战让人类的数量减少了一半。奥林匹斯是停战后形成的中立都市，在这里，普通人类、电子机械人，以及用人类遗传因子造出的生化克隆人混
时值2138年，迪娜和布里亚莱奥斯是奥林匹斯特殊部队ES.W.A.T的天才战士，两人既是战场上的好搭档，也是一对心心相印的恋人。由于负伤，布里亚莱奥斯的身体被机械化，而迪娜对他的爱并未改变。
在一场战斗中，布里亚莱奥斯为了掩护迪娜而身受重伤。在机械医疗权威凯斯纳博士的治疗下，濒死的布里亚莱奥斯保住了性命，却陷入了沉睡状态。上级给迪娜安排了一个新搭档填补空缺。这个男人叫特雷乌斯，是用布里亚莱奥斯的遗传因子制造而成的克隆人，他和布里亚莱奥斯有着同样的脸和同样的温柔。起初迪娜对这一安排相当反感，但特雷乌斯身上恋人的影子让她的心产生了动摇。
各地发生多起机械人失控的破坏事件。当局查到了一种可疑的电波，机械人可能是受到了操纵。为此世界最大的国家波赛冬派出了使节吉野。奥林匹斯的行政总监雅典娜准备集结各国首脑召开安全保障会议，在会上提出让所有观测、通信卫星归奥林匹斯统一管理、强化监控力量的计划。
会议当天，迪娜、特雷乌斯、苏醒的布里亚莱奥斯及其新搭档——半身机械化的艾亚克斯也是警卫兵的一员。不料，不仅机械人，甚至连人类也开始失控，疯狂地进攻会场。进而艾亚克斯也举枪向会场中的国家首脑射击。布里亚莱奥斯不得不亲手杀死了自己信赖的搭档，在悲苦之中，他的身体悄悄地发生了异常……
关乎世界存亡的激战开始了。迪娜将会做出怎样的抉择？是人类的未来，还是深爱的恋人？
C最喜欢这个强壮的改造人保护自己喜欢的恋人射击的样子，而片中的可穿戴人形机甲是否将来会实现吗。
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