前文我们说到，赫拉克勒斯攻克了特洛伊城，报了国王拉俄墨冬曾经的欺骗侮辱之仇，之后他将特洛伊的统治权交给了拉俄墨冬的儿子普里阿摩斯，然后率军离开了特洛伊城，然而，在前方等待着他的，却是又一轮的波折。
赫拉，杀心再起赫拉克勒斯，在经历了幼时的巨蛇索命、本该属于他的权柄被夺走、无奈成为欧律斯透斯的奴隶被驱使完成十二项艰难任务等等命运的捉弄后，身在局中的他却从来没有想过为何要遭受如此多的苦难，殊不知这一切都是来源于高耸入云的奥林匹斯山上，那享受凡人朝拜的天后赫拉，将对丈夫宙斯与其情人阿尔克墨涅的怨恨，延伸到了他们的孩子赫拉克勒斯身上。
眼见赫拉克勒斯一次又一次的逃过劫难，而这一桩桩的苦难经历反而成为了赫拉克勒斯名传四方的功绩，赫拉感到越来越煎熬，她心里的仇恨之火越燃越旺，不断侵蚀着她的理智，以至于当她再度找到机会谋害赫拉克勒斯时，竟然连宙斯的威严都不顾了。
赫拉看到赫拉克勒斯离开特洛伊城，坐船踏上了返程的路后，在海上掀起了滔天的风暴，而为了避免宙斯发现赫拉克勒斯面临的危险，胆大包天的赫拉竟然找到睡神许普诺斯，让他催眠宙斯。
没有宙斯护佑的赫拉克勒斯对风暴无可奈何，只能随波逐流，最后风暴将赫拉克勒斯的船队刮到了科斯岛。科斯岛的居民们不清楚他们的来历，误将赫拉克勒斯的军队当成了残暴的海盗，纷纷拿起武器守护自己的家园，不让赫拉克勒斯的船队靠岸。
逐渐失去耐性的赫拉克勒斯趁着夜晚，带领部分人偷偷登岸，杀死了科斯岛的统治者，波塞冬的儿子欧律皮罗斯，并将整个科斯岛洗劫一空。
正当赫拉克勒斯在科斯岛上奋战时，宙斯从催眠中醒了过来，当他看到这一切，立刻明白了这又是赫拉的手笔。赫拉几次三番对宙斯威严的冒犯让宙斯再也压抑不住内心的怒火，愤怒的宙斯给赫拉套上了金镣铐，将赫拉吊在天地之间，众神之中敢于为赫拉求情的，都被盛怒中的宙斯扔下了奥林匹斯山，而那催眠宙斯的睡神，因为被夜神藏匿了起来，幸运的躲过了宙斯的清算。
与神同行，赫拉克勒斯大战巨人宙斯惩罚过赫拉后，派出雅典娜去科斯岛带回赫拉克勒斯，此时的众神们迫切需要赫拉克勒斯的帮助。
原来，地母盖亚煽动她的巨人孩子们反对奥林匹斯诸神，这些巨人是盖亚曾经沾了天空之神乌拉诺斯血液而生下的 他们长着龙尾，并且拥有着可怕的神力，不仅如此，盖亚还给了他们一种能免疫诸神神力的药草，使得他们不会受到诸神武器的伤害。盖亚还曾到处找寻使得他们不会受到凡人武器伤害的药草，但是宙斯抢先一步，将这种药草都给割走了，因此，巨人们没有补全这一弱点，凡人的武器能够使他们受伤。
当巨人们同奥林匹斯众神在卡尔喀斯半岛的帕勒涅的佛勒格拉原野大战之时，免疫神灵伤害的巨人们让诸神无可奈何，战争陷入了僵局，诸神只能拖延，等待着赫拉克勒斯的到来。
终于，雅典娜带着赫拉克勒斯赶到了战场，赫拉克勒斯使用他那曾经浸泡过勒耳那水蛇毒液的箭头，张弓搭箭，一箭射中了最强大的巨人阿尔库俄纽斯。可惜的是因为身处帕勒涅，受到盖亚神力的庇佑，阿尔库俄纽斯倒下后不久又重新站了起来，赫拉克勒斯于是使出神力将阿尔库俄纽斯抗上肩头，急速跑出帕勒涅，离开帕勒涅后，这才终于结果了阿尔库俄纽斯。
(巨人之战：帕加马大祭坛浮雕)
阿尔库俄纽斯死后，巨人们并没有因此感到恐惧，波耳费里翁向赫拉发动了攻击，结果被宙斯的闪电击倒在地，赫拉克勒斯随后补上一箭结果了他的性命。厄菲阿尔忒斯被光明神阿波罗射中了左眼，赫拉克勒斯给他的右眼又来了一发。酒神狄俄尼索斯杀死了欧律托斯，火神赫菲斯托斯使用一块巨大的烧红铁块终结了克吕提俄斯，雅典娜则举起整座西西里岛，将它压到了逃跑的巨人恩刻拉多斯身上。
波吕玻忒斯想从海上逃走，前往科斯岛，但是海神波塞冬使用三叉戟拿起部分科斯岛，压到了波吕玻忒斯身上，这就是尼西洛斯岛的来源。神使赫尔墨斯杀死了希波吕托斯，狩猎女神阿尔忒弥斯终结了格赖提翁，命运女神摩伊赖击毙了阿格里乌斯和福翁，剩下的巨人们都被宙斯的闪电击中，然后被赫拉克勒斯用弓箭一一射死。
赫拉克勒斯就这样再度建立了伟大的功绩，与诸神们并肩作战，然而，这位伟大的英雄不会想到，一件多年以前的小事，却早早的为他后来的遭遇埋下了伏笔，当他如今在外奋战之时，早已注定的命运正在缓慢却坚定的朝他走来……
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