朱元璋建立明朝后，虽然将元朝残余势力赶回了漠北，彻底消除了北方草原骑兵对中原地区的威胁，但是在东南沿海地区倭寇之乱却日益严重。整个明朝时期，东南沿海的百姓几乎都饱受倭寇之乱的危害，朱元璋对此也十分头疼，但是却并没有好的解决办法。
为了解决东南沿海的倭寇之乱，朱元璋让已经告老还乡的大将汤和去江浙沿海地区筑城59座，在一定程度上解决了江浙一带倭寇之乱带来的危害。但是由于明朝海岸线特别长，全都筑城防守也不太现实，所以沿海地区仍然饱受倭寇的侵扰，直到嘉靖后期戚继光、俞大猷等名将采取主动出击的策略后，江浙、福建、广东等地的倭寇之乱才得以平息。
熟悉明朝历史的人可能都知道，整个明朝时期居住在东南沿海的百姓都饱受倭寇的侵扰，即便是戚继光等人击败了倭寇的主力，可仍然有不少小股的倭寇盘踞在沿海的小岛上，时不时地上岸劫掠百姓。明朝的地方官府对倭寇也是深恶痛绝，可是因为官府的力量有限，所以也没有好的办法来消灭这些小股倭寇，只能任由他们作乱。
可是当明朝灭亡之后，侵扰东南沿海长达300年之久的倭寇也跟着灭绝了。到了清朝时期，东南沿海已经看不到半个倭寇的身影了。难道说，这些倭寇是专门跟明朝过不去吗？为何到了清朝，就看不到这些倭寇的身影了呢？说起来，之所以会出现这种情况，主要还是与日本国内的局势有关。
早期的时候，倭寇的成员大多数是居住在日本九州沿海一带的失业人员和流浪武士，他们自发组成一些小型的海盗团体，趁中原战乱之际对中国东南沿海一带进行劫掠。大约在14世纪初期，日本进入了南北分类时期，战败的南朝封建主携带着大量武士转行当了海盗。由于中原王朝对东南沿海的防备，一直以来准备的都不充分，所以这些海盗如入无人之境，劫掠了大量的财物。
这些海盗倭寇中，可不仅仅是日本人，其中有相当一部分都是中国人，例如王直、徐海等人，他们不但与倭寇相勾结，还在其中扮演了相当很重要的角色。因为这些人都是长期生活在沿海地区，对当地的地理环境和海洋气候都十分了解，所以在他们的带领下，这些倭寇可以轻而易举就避过官府的打击。
在明朝早期和中期的时候，东南沿海的倭寇之乱还不是特别厉害，倭寇之乱真正严重的是明朝的嘉靖年间。这一时期的日本正处于战国时代，各路诸侯打的天昏地暗，很多在国内过不下去的日本人开始出海谋生，可由于明朝一直海禁，这些人最后只能去当海盗。正是因为沿海的倭寇之乱越来越严重，才不得不让嘉靖皇帝重视起来，将大部分力量都集中用来消灭倭寇。
明朝万历年间，随着丰臣秀吉的出现，侵扰明朝数百年之久的倭寇之患也逐渐平息。这倒不是因为丰臣秀吉好心，而是因为丰臣秀吉在大致统一日本全境后，将目光瞄准了明朝。他胆大包天，想要以朝鲜半岛为跳板，进而攻占富饶的明朝。为此，丰臣秀吉收拢了大量兵力进攻朝鲜的李氏王朝，却不曾想被明朝大将李如松和麻贵等人击败。
丰臣秀吉死后，其部将德川家康趁机夺取政权，日本进入了一个相对稳定的时期，也就没有人愿意再跑去当海盗了。而且，随着明朝的灭亡，清朝建立后实行了更加严格的海禁制度，使得沿海地区形成了铁板一块。虽然清朝早期，南明的小朝廷偶尔也会与倭寇海盗勾结，但是随着南明小朝廷的覆灭，侵扰东南沿海数百年的倭寇之患也彻底平息。
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