在古籍对沉香的描述中，最令人印象深刻的就是“中心及节坚黑者，置水中则沉”，所以导致现代人一度认为沉香是黑色的。随着深入了解，其实黑色的沉香反而并不多见，不仅如此，还有黄色、绿色、棕红等颜色，那么这些不同颜色的沉香有什么区别呢？
黑色沉香：抛开假沉香不说，表面黑亮坚硬的沉香一定是油脂丰富，且经过长时间的醇化。虽然黑色香脂的沉香分布最普遍，但能形成这种如书中所述有着坚黑沉水品质的沉香却极为罕见，在马来被称为“香宝”。
棕红色沉香：棕褐色中带点暗红的油光，这种颜色的沉香虽不常见，但也并不罕见，有关电脑认为这是由黑色结香的沉香醇化转变而来的。这种颜色在巴布亚、伊利安等新产区的沉香里能够看到。传统产区中，除了紫奇楠和红土会外，几乎不见油脂中带点暗红的沉香。
黄色沉香：有些沉香的颜色非常浅，呈土黄色，如泛着琥珀那般温润的光泽，定是不错的品质，这样的上乘沉香在古代被称作“黄蜡沉”。黄蜡沉是蜜香结香的典型，香气幽甜纯美，气息绵缓舒长。
暗绿色沉香：泛着暗绿光泽的沉香也被认为是上等沉香的标识之一，在古代，最上等的奇楠就被形容为“莺歌绿”。此外，文莱沉香中不少都是带有这种特征的，但看不十分明显，放在一起对比，就辨识出幽幽的绿色光泽。其实，这也是蜜香结香所呈现出的一种颜色效果。
关于各种土沉的颜色：土沉沉香中有一种被称为“红土”，因采集自红色土壤而得名，同理，还有来自黑色山石土壤的“黑土”和黄色砂石土壤的“黄土”，这些沉香的表面颜色也都带有些许各自土壤颜色的特征，但是并不十分明显，不能单以颜色来区分。
总之，沉香的颜色其实也是其中油脂的颜色，受树种、环境、土壤等多种因素影响，虽在一定程度上能反应出香型的不同，但在品质是并不是判断优劣的主要因素。
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