镰仓幕府灭亡后，日本进入了南北两个天皇并立的“南北朝”时代。南朝天皇是拥有实权的天皇，而北朝天皇则是室町幕府的傀儡。经过几十年的战争和谈判，北朝最终吞并南朝而统一日本。
在之后几百年的幕府时代，被幕府控制的官方一直是尊北朝为正统，将南朝贬为叛逆。但奇怪的是，位列江户幕府御三家之一的学者水户黄门将反幕府的南朝尊为正统。这又是怎么回事呢？
理学（日本称“朱子学”）大约在镰仓幕府时期传入日本，南朝开国天皇后醍醐就特别推崇朱子学。朱子学的“尊王”观念虽然有利于天皇朝廷而非幕府，但“忠君”很对幕府统治者的胃口。
江户幕府是日本历史上中央集权程度最高的幕府，其加强中央统治的方式就是大力宣扬推崇朱子学，将其定为官学。因此日本在江户幕府涌现了一批朱子学的大家，水户黄门就是其中的代表。
为了研究朱子学，水户黄门拜逃至日本的明朝遗民、大儒朱舜水为师，开创了日本儒学的主流“水户学”。在研究过程中，水户黄门认为幕府在推崇朱子学时有个严重缺陷：忠君而不尊王。
水户黄门觉得既然天皇是日本最高的统治者，那么日本忠君的基础就是忠于天皇。如果连忠于天皇都不到，那么其他忠诚也不过是“空中楼阁”，江户幕府必须占据“忠于天皇”的大义名分。
因此水户黄门在他编撰的《大日本史》中将南朝天皇尊为正统，以此宣扬他“尊王而忠君”的观念。水户黄门的逻辑是：幕府是忠于天皇并辅佐治理天下的首席重臣，天下人自然要忠于幕府。
虽然水户黄门尊南朝尊为正统、宣扬“尊王”的本意还是加强江户幕府的统治。但水户黄门的“尊王”观念后来发展成为推翻幕府的“尊王攘夷”理念，不知水户黄门泉下有知又作何感想？
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