《猩球崛起3》，人类显露了兽性，人猿保留了人性，作为猩球系列最后一部作品，《猩球崛起3》已经从第一部的科幻片变成了最后一部的哲学片，凯撒也从第一部首先智商开挂的猿猴，变成了第三部的心事重重的部落首领大叔，虽然在猿病毒的侵袭下，人类几乎走向灭绝，而且还出现很可怕的变异病状，但是人类对猿类的仇恨远无法消除，只要一有机会，就会伺机向猿猴部落和凯撒发起复仇，而故事就在凯撒和他的族群逃难中展开。
话说在人类军队的一次袭击中，凯撒的部落虽然击溃了军队，但是自身也有相当严重的减员，凯撒回到隐蔽营地后，跟族人讨论过，凯撒执意要躲开人类，这时莱克从外面侦查回来，他告诉族群一个重要消息，在一个沙漠的边缘，有一个可以安身的栖息之地，猿类族群可以在那里重新开始。最终凯撒力排众议决定迁徙，离开人类；
可就在整个族群都将希望放到明天的撤离时，当天晚上，凯撒在夜巡时突然发现了人类军方的特遣队，于是双方发生激战，结果在解决了几个士兵后，凯撒才发现原来是个声东击西的圈套，人类的上校已经带着人从其他地方击毙了凯撒的妻儿——尽管他还以为那个就是凯撒。
在族群撤离那天，凯撒将自己的小儿子托付给莱克，并嘱咐他们必须尽快离开，因为人类军队很快就来了，而凯撒如果主动去找上校，军队就会转而冲他而去，此时整个部落就可以趁机脱身了，但凯撒私下里觉得必须找到上校做一个了断。
接着凯撒就带着三个同伴一起上路去寻找上校，在途中，他们在废弃的人类聚集地里找到了一个女孩，但是那个女孩不会说话，凯撒他们深知将女孩留在营地必然是死路一条，所以他们带着她一起上路，大脸猿一直在陪着女孩，并给她起名露西；
后来凯撒一行人来到一个人类的前哨站，凯撒发现了之前从部落中叛逃的温特，凯撒希望说法温特回心转意，结果温特不愿意，情急之下就只能将其做掉，并跟随前哨站去找上校。
后来在追查的途中，遇到了三个被人类所处决的人类，凯撒他们不知道为何人类要伤害人类，直到后面在逃跑中遇到一个人猿，才知道人如果感染了猿病毒，会出现智力退化并失去语言能力。
在靠近上校阵地时，凯撒救出了自己一个伙伴，才得知迁徙的部落最终没有逃脱上校的追捕，部落的所有人，甚至连自己的小儿子都被监禁了起来，而凯撒尝试营救族人的时候，也被上校一并抓住。在监禁中凯撒明白了上校之所以不将他们赶尽杀绝，是因为人类阵营也发生了分裂，上校需要部落做苦工去强化防御工事。在监狱外的凯撒同伴在寻找机会挖地道去营救部落。
另一方面，凯撒在确认部落和小儿子都脱离之后，再次寻找上校复仇，结果准备出手的时候才发现原来上校已经感染了猿病毒，也已无法言语，最终最厌恶猿类的上校反而自己中了猿病毒。
凯撒并没有了断上校，给他留了一条生路，也给自己留了最后的人性。
影片最后两队人类军队持续交火导致夹在中间还没来得及逃生的部落猿猴前后失据，无法动弹。凯撒只能在营地里面寻找机会，可就在他准备要被士兵干掉的时候，营地里面原本被奴役的猿猴突然觉醒并反戈，帮助凯撒点燃了燃料库，一声爆炸后，整个营地夷为平地。同时爆炸的冲击波导致了雪崩，也将进攻的人类军队全部活埋。
故事的最后，猿类部落在凯撒的带领下，穿越戈壁，来到另一个水土丰美的隔绝之地，但凯撒身上早已负伤，命不久矣，是那股为了部落猿猴生存的信念一直支撑着他前行，现在他累了，要离开这个世界了。
人类因为惊恐于猿猴反而自相残杀，而人猿却反而在不断逃离中保留了人的善良和美好一面，这就是猩球崛起最后的宿命。
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