自古帝王婚姻们总是带有明显的政治色彩，人的喜好与感情侧是次要的。而福临恰恰缺乏这种胸怀，他更多以自己的好恶来对待这种关系。皇后博尔济吉特氏聪明漂亮，但喜欢奢侈，而且爱嫉妒。本来，作为一个贵族出身的女子，这些并不是大毛病，福临却不能容忍一点，坚持要废皇后，再立皇后。这个还未成年的皇子，脾气固执，很多王公大臣劝说，仍然丝毫不妥协，孝庄也无可奈何，只好降皇后为妃，住在侧宫，这才暂时抵住了这场灾难。
为了消除这个举动可能带来的消极政治影响，孝庄又选择蒙古科尔沁多罗贝勒之女博尔济锦氏进宫为妃。但福临对这位蒙古包里出来的漂亮姑娘同样不感兴趣，反而如痴如醉地恋上了同父异母弟博穆博果尔的福晋董鄂氏。
董鄂氏隶属满洲正白旗，父亲鄂硕，任内大臣，封三等伯(位同一品) ，董鄂氏不但通诗文，而且性格温顺，仪表端庄，举止言语，很有风采。顺治十年应秀女之选(清制：满族女子到应聘之年必须造册上报内务府，三年选以充实后宫或指配皇弟皇子)，许配给皇太极末子博穆博果尔。博穆博果尔经常从军出征，董鄂氏出入宫苑侍候后妃，与福临相识并坠入情网。
孝庄察觉了这一危险苗头，立即采取措施，宣布停止命妇入侍的旧例，以“严上下之体，杜绝嫌疑”,同时赶紧给儿子完婚，博尔济锦氏成为第二任皇后。
但并不能阻止福临对董鄂氏的迷恋。为了获得更多接近董鄂氏的机会顺治十二年二月，福临封博穆博果尔为和硕襄亲王，以示优宠。后来博穆博果尔得悉其中内情损怒地训斥董鄂氏，这事被福临知道，他打了弟弟耳光，博穆博果尔羞愤自杀一此事发生在顺治十三年七月，这个事情没有任何史料加以佐证。
宫内除了这种事情是不光彩的，所以孝庄悄悄地处理了这件事，过了服丧期，董鄂氏被接入宫内，封为贤妃，过了一个月，顺治将她封为皇贵妃。皇贵妃地位仅次于皇后，顺治觉得董鄂氏有才有德，自己欣赏，是最好的皇后人选，所以顺治又想废皇后，立董鄂氏为后。
假如顺治再度废后，改立董鄂氏，那么蒙古女人失去中宫主子之位，势必影响满家关系，倾动大清帝国的立国之基。所以孝庄毫不犹豫地对儿子的举动进行了抑制，结果，母子间出现隔阂，顺治皇帝甚至公然下令抠去太庙匾额上的蒙古文字，而那位生活在感情荒漠中的蒙古皇后，对于安排自己命运的同族婆婆并无丝毫感激，相反把不幸和怨恨，统统归集到太后身上，连太后病倒，也不去问候一声。对于这一切，孝庄都忍受了。宽容理解是她的原则。这种微妙紧张的母子婆媳关系维持了五六年，幸而她有多年的政治经验和坚毅的性格，清朝的基业才不至于因为后宫的倾覆而动摇。
孝庄这种苦心顺治与皇后恐怕都不理解，反倒是通达人情的董鄂氏能够体谅孝庄的苦衷，她主动周旋于皇后与皇帝之间缓和调节双方各种矛盾，有时起到孝庄所难以达到的作用。
唯有如此，孝庄有什么事总是找董鄂氏商量，有什么话总是找这个儿媳妇说，以至于到后来，婆婆对儿媳几乎到了不能离开的地步 。
顺治十四年，董鄂氏产下一子，四个月后不幸夭折，丧子的悲伤使她郁郁咸疾，宫廷矛盾的精神重负使她原来有病的身体更加虚损。顺治十七年八月，董鄂氏病故。皇帝遭此打击，精神颓落 ，出家为僧，未出半年，患痘症而逝。
孝庄不仅失去了知心儿媳妇，大孙子，还是去了自己的儿子，白发人送黑发人，孝庄生活面临着各种坎坷。
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