印度和巴基斯坦长期关系不好，经常武装冲突，冲突的历史根源是印度教和伊斯兰教的冲突，现实主要体现在克什米尔问题上。在古代，印度和巴基斯坦两国同属于一个国家，也就是古印度，主要信仰印度教。
在古印度的历史长河中，曾经遭受阿拉伯人、波斯人的入侵，一些阿拉伯人和波斯人到达古印度后，也带来了伊斯兰教，导致了后来的古印度不仅信仰印度教，也信仰伊斯兰教。伊斯兰教徒主要生活在现今的孟加拉国和巴基斯坦境内的河谷平原，印度教主要生活在现今的的印度境内。
18世纪，英国占领了印度全境，对印度进行殖民统治，印度民众进行了艰苦地民族独立抗争，涌现出了两位民族领袖，分别是以甘地为首的印度教领袖和以真纳为首的伊斯兰教领袖。二十世纪中叶，由于英国帝国殖民主义的衰落，英国同意印度自治，时任英国印度总督蒙巴顿提出了解决印度民族问题和宗教问题的《蒙巴顿方案》，按照该方案，根据宗教信仰不同，印度分为两个国家，即现在的印度和巴基斯坦，巴基斯坦有两块土地，东巴基斯坦和西巴基斯坦，东巴基斯坦后来独立于巴基斯坦，成立新的国家，即现在的孟加拉国，西巴基斯坦也就是现在的巴基斯坦。
巴基斯坦和印度之间有一块领土归属一直存在争议，也就是克什米尔。按照《蒙巴顿方案》，信仰伊斯兰教和印度教的地方分别归属巴基斯坦和印度，但是原印度大陆上有很多土邦，这些土邦有土皇帝，土皇帝是当地的统治者，一些统治者的信仰跟普通民众不一样，当时规定，进行公投来决定是加入巴基斯坦还是印度，当土皇帝的信仰与土邦民众不一样时，要么赶走土皇帝，要么遵从土皇帝来决定加入哪个国家。多数土邦的问题都解决了，唯独克什米尔这个土邦没有公投。在没有公投的情况下，克什米尔君主选择了加入印度，因为他信仰印度教，但是遭到了内部民众的反对，因为普通民众信仰的是伊斯兰教，爆发了武力抗争，后来印度出兵镇压，与此同时，巴基斯坦也出兵，双方都想占领该地区，后来克什米尔被一分为二被双方分割占领，双方都不承认对方已掌控的区域。
印巴双方分别在1948、1965、1971发生三次大规模的军事冲突，进入二十一世纪，乃至近些年，双方在实控线有数次的军事摩擦事件。克什米尔现在对于两国来说不仅仅是宗教问题，克什米尔优越的地理位置是两国都不愿意放弃的，克什米尔对于印度来说，它是通向阿富汗伊朗乃至中亚西亚的必经之地，如果失去这块土地，印度的大国发展与大国雄心就会受限。对于巴基斯坦来说，克什米尔地区是北方的腹地，如果没有这块土地，北方就会被印度压制，并且将使现在的首都沦为边境地区，对于首都及其不安全。
克什米尔对两国来说都是非常重要的，这块土地是两国不惜一切代价都要争取的，目前巴基斯坦控制了克什米尔的1/3，印度占领了2/3。未来很长时间里，克什米尔是印巴两国关系的晴雨表，影响两国乃至整个地区局势。
