神秘组织最终目的。
比起小兰知道新一的身份，这才是最大的坑。
这里有两个关键点，可以用来推断。
第一是主角吃下的药。
名叫APTX4869的毒药,是黑衣组织内部发明的药物,目前还在试用当中(PS:是灰原哀(宫野志保)发明的)。
还不是成熟版本，但效用却使新一变成了小学生。
苦艾酒有一段台词，是："我们既是天使也是魔鬼……我们要令时光倒流，让死者死而复生。"
柯南和灰原哀吃了a药之后，变成了小孩子。
从另一个角度来说，他们两个获得了新的青春。
可以假设，这种药是神秘组织计划中的关键之一。
而这个计划经过了半个世纪的布局。
那就是，让生命衰微，垂老将死的杰出人物，返老还童，获得新的生命，甚至获得永生。
而为了维持自己的生命，这些优秀人才，必然要听从组织的命令。
这样一来，神秘组织就能网罗到世界上各个领域的优秀人才，作为自己的手下。
这必然是世界上最强大的力量，能颠覆世界，也能统治世界。
第二，则是309集到311集时，黑暗组织委托一个软件工程师设计的软件，通过对白，可以知道，这个软件的用途与a药相关。
是设计人类记忆和思维保存的。
因此，我们可以进一步推断假设。
神秘组织的最终目的，是成为人类的上帝，操控生死。
他们可以用电脑信息软件类的手段，将人类知识记忆格式化储存。
又能以a药阻止人体的衰老。
这就意味着，他们最终的目的，是人类肉体与精神的永恒。
可以想象，等他们成功之后。
他们可以复活历史上的名人，救活濒死的人才。
人类历史上的精英将全部被复活，并吸纳进组织。这样一来，优质的人类，就能取代平庸人类。将整个人类的素质提升到绝顶。
将世界改造成，只有强者和卓越者才能生存。
类似动漫小说作品中的理想乡。
而那样一个世界里的所有人，又必须靠组织的科技药物手段维持生命。就不得不服从组织的首领。一旦这个计划完成，神秘组织的首领就成为了神。
等组织的最终目的披露，那就是柯南完结之前的大决战。
仅仅男女主之间身份隐瞒和感情线，是不足以支撑起作品的。
必然是涉及整个人类世界存亡走向的大高潮。
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