水肥一体化技术，对肥料的选择有着较高的要求。
1. 磷肥
常用于水肥一体化技术的磷肥有磷酸、磷酸二氢钾、磷酸一铵、磷酸二铵。其中，磷酸非常适合水肥一体化技术中，通过滴注器或微型灌溉系统灌溉施肥时，建议使用磷酸 。
常用于水肥一体化技术的氮肥有尿素、硫酸铵、硝酸铵、磷酸一铵、磷酸二铵、硝酸钾、硝酸钙、硝酸镁。其中，尿素是最常用的氮肥，纯净，极易溶于水，在水中完全溶解，没有任何残余。尿素进入土壤后3 ~ 5天，经水解、氨化和硝化作用，转变为硝酸盐，供作物吸收利用。
常用于水肥一体化技术的钾肥有氯化钾、硫酸钾、硝酸钾、磷酸二氢钾、硫代硫酸钾。其中，氯化钾、硫酸钾、硝酸钾最为常用。氯化钾是最廉价的钾源，建议使用白色氯化钾，其溶解度高，溶解速度快。不建议使用红色氯化钾，其红色不溶物（氧化铁）会堵塞出水口。硫酸钾常用在对氯敏感的作物上。但肥料中的硫酸根限制了其在硬水中使用，因为易在硬水中生成硫酸钙沉淀。硝酸钾是非常适合水肥一体化技术的二元肥料，但在作物生长末期，当作物对钾需求增加时，硝酸钾不但没有利用价值，反而会对作物起反作用。
有机肥要用于水肥一体化技术，主要解决两个问题：一 是有机肥必须液体化，二是要经过多级过滤。一般易沤腐、残渣少的有机肥都适合于水肥一体化技术；含纤维素、木质素多的有机肥不宜于水肥一体化技术，如秸秆类。有些有机物本身就是液体的，如酒精厂、味精厂的废液。但有些有机肥沤后含残渣太多不宜做滴灌肥料（如花生麸）。沤腐液体 有机肥应用于滴灌更加方便，经过多级过滤，只要肥液不存在导致微灌系统堵塞的颗粒，均可直接使用。
中微量元素肥料中,绝大部分溶解性好, 杂质少。钙肥常用的有硝酸钙、硝酸铵钙。镁肥中常用的有硫酸镁，硝酸镁价格高很少使用，硫酸钾镁肥也越来越普及。
水肥一体化技术中常用的微肥是铁、锰、铜、锌的无机盐或螯合物。无机盐一般为铁、锰、铜、锌的硫酸盐,其中硫酸亚铁容易产生沉淀，此外还易与磷酸盐反应产生沉淀堵塞滴头。螯合物金属离子与稳定的、具有保护作用的有机分子相结合，避免产生沉淀、发生水解，但价格较高。常用于水肥一体化技术的中微量元素肥料有硝酸钙、硝酸铵钙、氯化钙、硫酸镁、氯化镁、硝酸镁、硫酸钾镁、硼酸、硼砂、水溶性硼、硫酸铜、硫酸镒、硫酸锌等。
水溶性肥料是近年来兴起的一种新型肥料,是指经水溶解或稀释，用于灌溉施肥、无土栽培、浸种蘸根等用途的液体肥料或固体肥料。在实际生产中，水溶性肥料主要是水溶性复混肥，不包括尿素、氯化钾等单质水溶肥料,目前必须经过国家化肥质量监督检验中心进行登记。根据其组分不同,可以分为大量元素水溶肥料、微多元素水溶肥料、中量元素水溶肥料、含氨基酸水溶肥料、含腐殖酸水溶肥料。在这五类肥料中,大量水溶肥料既能满足作物多种养分需求,又适合水肥一体化技术,是未来发展的主要类型。
除上述有标准要求的水溶肥料外,还有一些新型水溶料，如糖醇螯合水溶肥料、含海藻酸型水溶肥料、木醋液（或竹醋液）水溶肥料、稀土型水溶肥料、有益元素类水溶肥料等也可用于水肥一体化技术中。
