防止自花授粉也就是避免自交，防止自交在育种当中非常常见的一条手段，杂交、回交、正反交等都不可避免的要防止自花传粉。
目前在育种当中所普遍采用的手段是去雄杂交后套袋。也就是一个纸袋子，既有透气的能力，又能够避免外界花粉的传入，同时在将自身雄蕊去除之后，还能够避免自花传粉。
对于像玉米这样的作物来说，属于雌雄同株异花，因此，要避免自花传粉的话，可以在雄蕊开放之前剪刀剔除，携带到农田外面，而今在玉米制种也基本上都是采用这一手段。
而像油菜、小麦、水稻这样的农作物来说，则属于雌雄同花，在开花之际随着风或者蜜蜂等媒介的帮助，甚至没有外界帮助的情况下都可以实现自花授粉，因此，对于这样的作物来说，要避免自花授粉则只能采用去雄的方式了，也就是在花蕾绽放之前将花蕾剥开，将其中的雄蕊去除保留雌蕊即可。
而我们在制种过程中还有采取雄性不育的制种手段，也就是说雄蕊发育不完全从而无法实现自花授粉。目前来说，这也成了制种一条主要途径。
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