这是一个架空的蓝星，2016年，大毛恐怖分子马卡洛夫和鹰酱激进分子谢菲尔德不谋而合，策划阴谋使得大毛和鹰酱开战，而以鹰酱为首的蓝星联合反恐特种部队因为横梗在双方之间，被坑得不要不要，最终仅剩的两位成员成功击杀反派之一的谢菲尔德，还被定义为叛徒受到全球通缉。
以上是第二部剧情梗概，第三部紧接剧情，主角肥皂在追杀谢菲尔德的过程中身受重伤，另一位主角普莱斯是祖师爷级的反恐专家，他通过广泛的人脉关系找到直升机将肥皂带到象国接受治疗。
在肥皂疗养的过程中，另一位反派马卡洛夫阴魂不散继续追杀二人，主要是因为普莱斯曾干掉过他老师全家（第一部反派扎卡耶夫），还追杀了他多年，双方的“孽缘”长达二十多年，这份恶气不出不行。
普莱斯虽被通缉，但也摇来精锐雇佣兵尤里帮忙，二人一直保护着肥皂恢复健康。
与此同时，大毛在鹰酱本土开片儿，纽约战区，大毛在纽约证券交易所安装了信号干扰器导致鹰酱内部联系不畅，鹰酱派出三角洲特种部队攻陷华尔街，成功打下纽交所。
纽约信号恢复，鹰酱总部得以流畅指挥，随后要求他们做大做强再创辉煌，前往纽约近海摧毁大毛核潜艇，三角洲加海豹突击队豪华阵容从水下无声潜入核潜艇，启动潜艇中的巡航导弹，将大毛在纽约近海布置的海军兵力清扫一空。
此时此刻，大毛在鹰酱本土的闪电作战告一段落，华盛顿和纽约两大战区均陷入僵持，继续下去只会变成持久战，大毛战争意图已经达到（第二部中，大毛和鹰酱激进分子在大毛莫斯科制造恐怖袭击并栽赃给鹰酱政府，大毛顺应民意发动对等报复的战争），此时开始考虑停战。
毛鹰双方相约在汉斯猫家进行会谈，但是大毛家发生内讧，激进派将总统行踪泄露给恐怖分子马卡洛夫，马卡洛夫又策划了空中劫机，将总统和众多主张和谈的高官全部绑架，并索要大毛核武器发射密码，硬汉总统坚决拒绝，马卡洛夫于是派人前去抓捕总统女儿。
这个当口，肥皂伤势已经恢复，普莱斯三人组继续追查马卡洛夫踪迹，一路来到河马地盘，发现马卡洛夫有一批货物正在转运，三人大战三百壮汉，但终究没能阻止货物离港。
马卡洛夫的这批货物是毒气弹，他将毒气弹投放到欧洲各大国，牛牛、高卢鸡和汉斯猫遭受暴击，各种恐怖袭击搅乱了他们的武力防备，而被激进分子控制的大毛则同步出兵开始征服欧洲，可以说除了兔子坐镇的亚洲在看热闹之外，第三次世界大战基本形成。
要想最快结束战争，鹰酱策划了拯救大毛总统计划，在得到总统被关押在汉斯猫家的情报后，他们将屡立战功的三角洲投放到汉斯猫，但一番大战后只找到了副总统。
而普莱斯这边继续在河马搞事情，虽然被通缉，但作为牛牛特种部队的老帮菜，牛牛国内依然有人在给他传递情报，告诉普莱斯是海盗河马在帮助转运毒气弹。
于是普莱斯三人组杀入索马里，突袭海盗河马头子，拷问出毒气弹的供货商正在高卢鸡，然后趁着沙尘暴爆发逃之夭夭。
普莱斯将情报传递出去，还留在汉斯猫的三角洲部队接下任务，去隔壁的高卢鸡家抓人，此时鸡毛大战，鸡家上演传统艺能，节节败退，三角洲只能在大毛的层层布防下潜入。
供货商的老大被三角洲成功捕获，并且拷问出马卡洛夫接下来的行动，之后三角洲在撤退时暴露和大毛狠狠打了一架，然后干倒了埃菲尔铁塔。
普莱斯这边得到了马卡洛夫的具体位置在东欧白鹅，随后三人来到周董笔下“画面太美不敢看”的布拉格，经过战争的血洗，这里确实不太好看。
大毛总统派系联系到鹅国抵抗军和普莱斯三人组互帮互助，很快在马卡洛夫下榻酒店附近布防，普莱斯潜入斩首却发现总统派的联络人已经被抓，原来他们的行踪早已被马卡洛夫掌握。
三人组遭到埋伏，肥皂为了救尤里再次身受重伤，在普莱斯和尤里将肥皂带出战场后，他很快因伤重不治牺牲，这位从一代走到三代的主角也宣告牺牲。
值此之际，尤里也将自己背后的隐秘告诉普莱斯，他曾经和卡马洛夫是师兄弟的存在，都受到第一代反派扎卡耶夫的器重，但是在扎卡耶夫发动核爆，他看到惨象之后理念开始有所转变。
但等到卡马洛夫上台，行事却更加激进无底线，尤里开始反感，尤其是卡马洛夫把屠刀对准自己国家的人民时，尤里毅然叛变加入到大毛保守派阵营，之后以雇佣军形式为国际反恐组织提供情报服务。
此时尤里吐露出，布拉格还有一处卡马洛夫的大本营，普莱斯选择了相信，二人潜入其中虽然没有找到卡马洛夫，但从中得到情报，卡马洛夫已经追踪到大毛总统女儿在柏林。
三角洲部队再次行动起来，他们在汉斯猫家与大毛展开了惨烈的战斗，最终卡马洛夫的人捷足先登。
但战事并没有结束，抓捕总统女儿的飞行器被标记，最终落点是大毛家西伯利亚，这一次普莱斯与三角洲部队汇合，他们突入卡马洛夫在地下矿洞里建造的监狱，抢出总统和他女儿，为了掩护众人撤退，三角洲部队全军覆没。
大毛总统被救出，重新掌握大毛局面，鹰毛宣布停战，为了方便继续追捕元凶马卡洛夫，肥皂生前带领的蓝星联合反恐特种部队141特战队再次恢复编制，普莱斯等人也被撤销通缉。
在欧美备受摧残后，141集合起各国反恐情报，调查出马卡洛夫近期下榻于骆驼迪拜的帆船酒店，141行动起来，普莱斯与马卡洛夫上演终极对决，在尤里以身亡为代价后，普莱斯终于在搏斗中吊死马卡洛夫，至此现代战争3剧情结束，系列中出现的众多主角只有牛牛国的普莱斯活到最后。
我是喵乐，一个热衷于二次元剧情的小编，如果感到有趣敬请关注，期待后续内容。
