上文讲到，义统向幕府捐款以期借助将军对付若狭的实权派粟屋氏与逸见氏。结果适得其反，反而造成叔父信方不满独立。
眼见信方脱离义统，永禄四年（1561），若狭武田四天王之一的砕导山城城主逸见骏河守昌经，勾结丹波松永长赖发动叛乱，义统算准朝仓不愿其他势力侵入若狭，便致信宿敌朝仓氏请求援军。朝仓义景趁机派敦贺郡司朝仓景纪赴若狭帮助镇压（实为侵占），在武田、朝仓联军的攻击下逸见昌经惨败。
内乱虽然稍微得到平息，但天下没有免费的午餐，朝仓军顺势进驻若狭。永禄六年（1563），朝仓军出兵攻打三方郡。武田义统发兵抵挡朝仓氏对若狭的侵略行为，朝仓义景借此培植武田信方和义统之子元明同义统对立。
朝仓军进驻若狭
永禄八年五月，将军足利义辉被暗杀。足利义秋（ 义辉之弟）到达若狭小浜郡要求姐夫武田义统助其上洛。但武田家正陷于内乱中，根本无力援助。义秋失望下前往投靠越前朝仓氏。
永禄十年（1567）义统在失望中病逝去世，享年四十二岁。家督由其子武田元明继承。朝仓氏趁家督更替之际立即出兵若狭，并以保护家督武田元明为由，将其从若狭送往一乘谷城，在事实上结束了武田氏对若狭的统治。
义统并没有晴信那样的才略，却贸然模仿晴信的做法，结果使得本已十分衰弱的若狭武田氏彻底分崩离析，义统的失意是事所必然，但他留给元明的烂摊子却使若狭武田氏的最终灭亡成为大势，志大才疏的盲动所能带来的灾祸莫过于此。
随着织田信长灭亡朝仓氏，重获自由的武田元明也和若狭其他武将一样加入了织田一方，但重视实力的信长并不看重出身名门的元明，只给了元明三千石安堵而已。
本能寺之変发生后，对待遇不满的武田元明马上以立下战功恢复旧领为目标加入明智光秀军，参加了对近江佐和山城的攻略。但明智光秀的迅速失败粉碎了元明的希望，穷途末路的 元明在近江海津法云寺切腹自杀。其妻松丸殿（京极龙子）后来成为秀吉的侧室，若狭武田氏至此形神具灭。
武田随明智军大败
就如同宇喜多秀家一样，随着京极龙子得到秀吉的宠爱，元明与龙子所生的两个儿子在爱屋及乌的秀吉安排下，两子成为了木下肥后守家定（小早川秀秋之父）的养子，长子木下胜俊领有若狭小浜六万两千石、次子木下利房领有若狭高浜三万石。
若狭武田一脉居然又奇袭般恢复了对若狭的统治，武田父子两代人努力不如一个未亡人枕边之功，真可谓世事难料。
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