南京市的汽车客运始于20年代，车站设置随之而生。民国12年(1923年)，宁垣汽车公司诞生，开辟南京至汤山定点班次，设南京和汤山车站售票。民国20年(1931年)，江南汽车公司经营京(南京)杭(杭州)、京(南京)湖(湖熟)线的客运，南京中华门和中正街设有汽车站，站务人员统一着装，讲究站容站貌。民国21年(1932年)至民国25年(1936年)，江苏省公路管理处分别经营京(南京)芜(芜湖)及京(南京)建(建平)线长途汽车客运业务。南京站设在下关和中华门2处。南京芜湖沿线设13个站点，全程93公里。南京建平线设15个站点，全程138.21公里。抗战开始，汽车公司有的内迁，有的被日商掠夺，汽车运输业务萧条。抗战胜利后国民政府还都在南京，汽车运输业暂呈兴盛。官办的第一汽车运输公司南京分处经营国道的客运业务，在南京长江路设有长途汽车站。江南汽车公司恢复了京杭、京湖的客运，恢复了在南京设置的车站。
1949年4月28日，中国人民解放军南京军事管制委员会接管了原国民政府交通部公路总局第一运输处南京分处，包括其直属的南京汽车站。同年11月7日，在原南京分处的基础上，组建了南京汽车运输公司，下设南京车站，车站设在长江路280号。南京汽车站从5月就开始恢复南京经汤山至龙潭的环行线以及南京经句容、溧阳、宜兴、湖州至杭州线(宁杭线由苏南、浙江各自营运境内路段，在父子岭交接)。此线里程289公里，日发9个班次。据统计，1949年8月至12月客运量2500人次，客运周转量74万人公里。
1956年，在社会主义改造的高潮中，江苏省汽车运输公司南京分公司将原江南汽车股份有限公司等私营汽车运输行经营的长途汽车客运统一经营。长途汽车站主要以南京汽车站(长江路)为主，另有中央门和中华门车站、浦口车站。
1968年末，南京长江大桥公路桥建成通车。1969年南京中央门长途汽车站建成使用，这是江苏省第一个规模较大、设施较全的汽车站，车站投入营运后，就成为南北旅客的重要集散地。1978年末南京长途汽车站有客运线路32条，日发车135个班次，车日总行程7274公里。此后，还相继开辟南京至宜兴、镇江、黄山、扬州、苏州、无锡、杭州、九华山、琅琊山等季节性旅游班次，并设有大、中、小型高级空调车及宽座中级和软座、普通座等3个档次的车型，深受旅客欢迎。1987年末，南京有长途客车线117条，合计营运里程94588多公里，通达苏、浙、皖、赣、鲁、鄂、沪7个省市的119个市、县，其中通往外省的主要有南京至上海、南京至合肥、南京至河南信阳、南京至杭州、南京至江西景德镇、南京至山东临沂、南京至武汉等线，有营运客车444辆，日发车465个班次，日总行程6万多公里。日进出口旅客达3.4～4.2万人次，1987年南京市共有汽车站点596个，其中自办站58个，代办站41个。
