15、16世纪新航路开辟，世界贸易愈发发达。受明朝主导的朝贡贸易的经济牵引，以及欧洲市场需求的影响，东南亚海域的贸易进入活跃期。
1511年葡萄牙人占领马六甲，马六甲成为了东南亚各国商品的集中地和外部商品向区域内的配送基地家，连接了印度洋贸易圈和南中国海贸易圈，扮演着联结东西贸易的国际中继港的角色。随后，文莱、柔佛、望加锡、亚齐、万丹等都成为了西方人贸易的新据点。
嘉靖三十六年（1557），葡萄牙人借口遇见风浪，需要借地曝晒货物，获得中方允许，开始盘踞澳门，并开始以澳门为根据地经营其在亚洲的贸易。在葡萄牙人的经营下，澳门逐渐成为东方贸易的重要港口。此时，中日贸易的主要航线就是“澳门-长崎”。可以说，从16世纪后半期-17世纪前期，葡萄牙是中日贸易的主要中转者。郭闿异在《16-17世纪日本白银对外贸易研究》中指出：“1630年以前还没有任何别的国家可以取代葡萄牙作为日本第一贸易对象的地位。”
但这种情况随着荷兰的介入而结束。1602年，荷兰在巴达维亚成立东印度公司，开始发展亚洲的贸易。在进军中国失败后，1609年，荷兰商人首次登陆日本，受到了平户藩主松浦隆信的认可，在日本建立商馆。1622年，荷兰人占据澎湖，并在1642年击败西班牙，占据台湾。在17世纪20年代到清期间，荷兰人主要通过“台湾-长崎”航线，开展跟日本的贸易。
而中国方面，嘉靖二十七年（1548）开始断绝与日本的贸易之后，对日本的官方贸易渠道就不再开启。即便是隆庆元年（1567），明朝开始允许中国商人前往吕宋、苏禄、交趾、占城、暹罗等地贸易，也没再开启与日本的贸易。但中国国内商品经济的发展跟日本市场的需求，导致私人贸易的兴起。从国内角度来说，16世纪40年代开始，白银货币化导致国内对白银的需求量日益增加。国内白银储量及银矿开采严重不足，导致对外需求增加。从嘉靖年间开始，便有中国的商人前往日本贩银。
有研究表明，自嘉靖三十九年（1560）至崇祯十七年（1644）的84年间，日本流入中国的白银，仅中国商船带回来的已达到91274400两。日本方面，由于16世纪开始，日本因银产量增加，导致日本购买力变强。
松浦章在《清代帆船与中日文化交流》中引用《神宗实录》中关于商人前往日本的记载，如“近奸民以贩日本，之利倍于吕宋”，认为“前往日本的贸易的利润远远高于前往吕宋贸易的利润”。17世纪，中国经历了明末清初的各种变动，在1683年统一全国。这个时期里面，大部分时间中国都处于海禁或者部分开放的状态，这个时代背景，导致了私人海上贸易兴起。陈衍徳认为，17世纪的贸易中，朝贡贸易与私人贸易并存，但私人贸易所占份额越来越大，其重要性也愈加凸显出来。唐船贸易就是中日贸易的主体。
据《通航一览》记载，长崎属于肥前国彼杵郡，古又称作深江浦、琼浦或福富之津。天文十二年（1543）八月，葡萄牙人的船只抵达大隅国种子岛，此后在丰后国府内及白杵等地交易。元龟元年（1570）秋月，由于战事，贸易无法进行。肥前国大村领主大村理专建议船至其领地，但由于当地港口狭窄，大船无法入港，而长崎三面为高山，一面为深海，风平浪静无翻船之忧，可以设为港口。
于是，在第二年命家臣友永对马开市。天正十五年（1587），丰臣西征，听闻长崎港经葡萄牙船长年停靠，笃信天主教，迫使载有神父等的船只返航，仅允许商船入港。并在次年将长崎设为直辖领地。文禄元年（1592），在此设置代官，并将松浦郡的平户也一同列为与外国通商之港口。
自此，长崎便成为异国通商之港。进入江户时代后，德川家康力求恢复与明朝的贸易关系，积极推进善邻通商外交政策。此举的第一步，便是与缔结《己酉条约》（庆长条约），建立新的贸易关系；1606年，家康准许了岛津氏的琉球征伐请求，欲通过控制琉球将其作为中日贸易的中转基地。
1610年，此后更是破先例给唐船颁发朱印状，但一系列的动作并没有赢来明朝的回应，德川家康便将目光转向了南洋贸易，由此迎来的便是朱印船贸易的繁盛。在朱印船时代，便有唐人的参与。据统计，共有105人得到朱印状，而其中11人为在日唐人（李旦、五官、林三官）。伴随着通商贸易的发展，天主教在日本的渗透也更加深入，自开港以来，长崎也成为了耶稣会传教窗口之一。
为了限制天主教的传播，德川幕府颁布一系列政策。元和二年（1616）中国（明朝）以外的船只限定停泊于长崎及平户；德川秀忠将江户、大阪、长崎三地的英国商馆的相关机构关闭，将所有活动移到平户；元和九年（1623）英国的平户商馆因为贸易不振，放弃了日本市场。
同时，幕府开始禁止葡萄牙人在日本居住或称为日本船的船员，禁止日本人去往马尼拉。宽永元年（1624）阻止了菲律宾使者的参府，至此，与马尼拉的通商贸易戛然而止。拒绝与西班牙恢复贸易。宽永八年（1631）奉书船制度开始。朱印收以外的朱印船必需有老中奉书。宽永十年（1633）日本第1次锁国令。
该禁令是此后几次锁国令的基础。宽永十一年（1634）颁布的第2次锁国令中，再次通达第1次锁国令的内容。宽永十二年（1635）颁布第3次锁国令，规定中国（明朝）、荷兰以外的船只只能进入长崎，禁止所有在外的日本人回国。这些政策的颁布，也影响了朱印船贸易的展开。
宽永十三年（1636）第4次锁国令，将与贸易没有关系的葡萄牙人妻子总共287人放逐了到澳门，其余滞留在出岛。宽永十六年（1639）第5次锁国令，禁止葡萄牙船只进入日本各港口。宽永十七年（1640）葡萄牙船只要求再次通商，并派来使者。幕府为了表示不再贸易的决心，处死了61名使者。
宽永十八年（1641）幕府将荷兰商馆迁移到出岛，至此，锁国制度完成。这个时期，日本主要经历了德川家康、德川秀忠、德川家光三位执政者。而日本的对中国的政策也可以概括成三个阶段：德川家康时期，主要是努力尝试对勘合贸易进行结构上的改变，追求与明朝进行有官方保障的贸易的同时，树立自身的权威并取得主导权；德川秀忠时期则是有意识地避免与明朝官方的直接交涉，开始转向脱离中国主导的朝贡贸易体制；德川家光时期开始不再去往中国，中国商船开始单方面前往日本进行交易。
综上所述，从1635年开始，长崎成为了管理国际关系、处理异国通商的重要基地。在这个时期，明清鼎革，结束了朝贡贸易的两国并没有官方关系，“唐船”就成了两国交往的重要纽带。唐船不仅是东亚及东南亚各国之间经济往来的载体，更是传递各国消息的重要途径。
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