影片生化危机4战神再生的结尾中演到爱丽丝登上大船之后，却飞来了几十架飞机，原来是吉儿被伞公司洗脑，带着人前来消灭船上的人。爱丽丝打落了一架冲过来的飞机，飞机在船上爆炸，爱丽丝连忙跳下水里。
醒来时却是在家里有个男人喊她说要迟到了，而一个叫贝琪的小姑娘成了他们的女儿，还是个聋哑人，两人正要准备送女儿上学，突然丧尸冲了进来，爱丽丝和贝琪吓坏了逃到了屋顶。过了一会儿，看到没有动静，两人就跳了下来，来到了大街上，看到一群僵尸又追了过来，爱丽丝和贝琪跑到一个建筑物里藏了起来，却被找到一看这丧尸却是自己的丈夫。
这时爱丽丝醒了过来却发现是在伞公司安全系统919号监禁室，吉儿出现在楼上，问爱丽丝为什么背叛山公司，爱丽丝没有回答，却被声音干扰大脑造成头痛，这时安全系统关闭。2分钟后中央电脑系统重新启动。在这空隙爱丽丝来到走廊，看到激光网大惊，迅速向前跑去。来到了大街上。从警车上找到了一把枪。这时听到东京程序启动的声音，于是外面就下起了雨，一群人打着伞走了过去，一个僵尸出来咬了身边的人，迅速造成多人感染。并追爱丽丝，爱丽丝逃到大厦里，丧尸不断追来杀死一批，又有更多的丧尸。
爱丽丝继续往里走，来到中央控制室，发现有枪包，在拿枪时一人从背后用枪顶住了他，爱丽丝转身和她对打起来，原来她叫艾达，是威斯特手下的顶尖探员，这里的人都是艾达杀死的，也是她把中央电脑关闭两分钟，原来维斯特救爱丽丝是想与他合作。爱丽丝她们根本就没有出去，这个总部大得让人难以想象。是建在了西伯利亚海底，上面全是冰层，负责接应的队员来到了保护伞设置的入风口处。他们的目的就是救出爱丽丝和艾达，并在入口设置了炸药，时间只有两小时。
原来红后一直在追捕追捕爱丽丝，甚至不惜一切代价，必要时甚至授权可以直接消灭。爱丽丝和艾达又来到了纽约的实验场。红后启动了生化武器模式，上一集出现的大块头又来了，而且一出还是两个，两人边打边撤，爱丽丝开枪打在了油箱上，把汽车掀了起来，将两个怪物砸死。两人来到两人又来到莫斯科实验场，穿过模拟墙到达汇合地点，而突击的人员却因为受阻没有赶到，爱丽丝听到屋里有动静，进去看时却是爱丽丝的复制品被打死的尸体。原来影片开始的一幕是爱丽丝的复制品，伞公司不断地让复制品扮演各种角色进行实验，这时贝琪跑了出来，亲切地抱住了爱丽丝。
在模拟场的潜艇舱里，突击队员被疯狂的士兵阻拦，爱丽丝和艾达及贝琪出来，却看到吉尔带着人等在外面，双方进行了激烈的枪战，爱丽丝为保护小贝琪腹部受伤，而突击队也被拦在了半路，人也越打越少，爱丽丝两人继续往前走把贝琪交给了另一个人。爱丽丝来到莫斯科街道上与突击人员会合，这时后面又出现了大批车队来追杀爱丽丝，生化大怪物也追了上来。爱丽丝开车冲进地下通道，撞倒了支架，把生化怪物压住，而车却报废了。
爱丽丝一伙人又回来找贝琪，随后拿出艾达给的眼镜找到了出路，来到电梯上，红红却又发出启动发电器的指示，这时被压住的生化大怪物又出现，并把贝琪抓走，爱丽丝返回怪物巢穴救出贝琪后，在找出路时看到流水线上生产的千万个复制人，有红后、有爱丽丝，还有许多爱丽丝的朋友的模型。突击队员在电梯门口等到爱丽丝出来，预先设定好的定时炸弹爆炸瞬间海水淹没了基地，两名突击队员和爱丽丝贝琪坐电梯返回地面。
正在返回的途中，一辆潜艇破冰而出。吉儿带着艾达走了出来，双方对战了起来，吉儿变得异常厉害。把爱丽丝打倒，危急时爱丽丝把吉尔胸前的控制器拽掉并打碎，吉尔终于失去了战斗力昏了过去，等吉儿醒来时已经恢复正常，吉儿把枪扔经了爱丽丝，爱丽丝打破冰面，丧尸出来把变异人拖到了海里。而爱丽丝却晕了过去，当爱丽丝再醒来时，已经是在直升机上，身边有贝琪和吉儿守在身旁。来到威斯克的办公室，威斯克对爱丽丝又注射了T病毒，让她和自己共同对付红后，而城墙外面却是数以亿计的丧失。
欲知爱丽丝怎样消灭红后，请欣赏生化危机6终章。
,
