1664年，在欧洲中世纪“黑死病”瘟疫，过去了一个多世纪后，一颗彗星在伦敦上空一瞥而过，占星家乔治·汤姆森曾警告说：“燃烧的星星是恶魔要降临人间的预兆。”另一位占星家威廉·利里预测，看到了预示“战争、饥荒、死亡或瘟疫”。
虽然起源于几千年前古老巴比伦文明的神秘占星术，其实是一种迷信的存在，但是这次似乎比较巧合，它应验了占星师的预言。
1664年的冬季，伦敦的天气异常寒冷。这一年的圣诞节，从伦敦市内原野圣吉尔斯教堂传来噩耗，这里出现首例瘟疫死亡记录。
“这个年轻人患上了热病，吃了两天消炎药，长出两个豆蔻大小的肿块，左右大腿上各有一例。”
但是这个年轻人的死亡，并没有得到应有的重视，他们将这位年轻患者的死亡归结于“热病”。
然而，有第一例，就有第二列。1665年2月4日，又传来了第二位死亡者的噩耗，但仍然没有引起人们的重视，人们猜测认为这是“天花”和“胃病”引发的死亡。
一个多世纪后的人们，似乎已经忘记了那场席卷整个欧洲，造成2500万人死亡的“黑死病”疫情。
1665年4月的伦敦依然寒冷，但是相比于寒冷的天气，一个叫卢贝卡·安德鲁斯女子的死亡更让人揪心。
当人们在寻找她的死因时发现，同样的死亡症状已在伦敦的码头和穷人区之一的圣吉勒斯教区出现过很多。
发生瘟疫的消息瞬间传遍了伦敦的大街小巷，随着消息的迅速传递，整个伦敦陷入了恐慌之中。
人们知道这病是无药可救的，染病就等于死亡，于是人人自危。
1665年7月，疫情的传播已经进入了伦敦内城区内，扩散范围进一步扩大，有的染病在恐惧中，痛不欲生的死去，有的感染者在毫无征兆的情况下，突然倒地死亡，也有的人因病而发狂，痛不欲生中跑出家门在街上手舞足蹈，直到死去……
而此时，最先离开城市的是达官显贵，能够离开伦敦的人们都开始撤离，利奥·霍利斯在《伦敦的崛起：五个人重塑一座城》中描述道：“街道开始堵塞，挤满打包前往乡村别墅的有钱人。有句格言，‘早离开，多停留，晚回来。’”
英国国王查理二世却英王查理二世带着家人和宫廷前往牛津郡避难，伦敦的富商们和各行各业的精英翘楚也纷纷撤离，市面上绝大部分商业活动陷入瘫痪。
作家托马斯·维森特在《城市中上帝的可怕之声》中曾做了这样的描述：“秋天到来时，人们就像那落叶，被可怕的风所摇撼，他们随风倒下去了，如落叶一样越积越厚。商店的门关了，路上的行人消失了……几乎每一处都是沉寂……没有马的嘶叫、没有车辆的行踪，没有物品的供应，也没有顾客的喧闹声……从来没有如此之多的丈夫和妻子共赴黄泉，也从来没有那么多的父母携带着他们的孩子一起踏上死亡之路。”
伦敦作为英国的首府，在16世纪进入了人口爆发期，这个时候，工业革命尚未发生，手工业的发展，需要大量从事底层制造业的人口。
所以伦敦的人口从1563年的9.3万，1632年暴涨到了31.7万，疫情后的1700年直接突破了70万大关。
但是大量进城的人口，使人口密集度急剧增加，而且进城的大部分人口都属于社会底层人士，他们大多都生活在人口密集且卫生条件很差的贫民区。
这些底层人士平时从事大量的体力劳动，而且食不饱腹，营养跟不上，自身免疫力低下，便成了疾病快速扩散的基础人群。
根据当时最权威的作家、统计学家约翰·格兰特的统计，从10月份开始，每周的死亡人数开始上升为1000人左右。
写过《鲁滨逊漂流记》的英国作家丹尼尔·笛福在《瘟疫年纪事》中记录下了伦敦大瘟疫的惨状。
“他们挖它的时候，还以为这个坑会够他们用上一个多月呢，有人还责怪那些教堂执事竟允许弄出这样一个吓人的东西，说他们是在为埋葬整个教区做准备，等等之类。可是时间却显示出来，教堂执事对于教区状况的了解比他们更胜一筹；因为这个坑是9月4号挖完的，我想他们是6号开始在里面掩埋的，而到了20号，这才只有两个星期，他们已经在里面扔了1114具尸体，这个时候，他们不得已要将它给填埋。于是，那些尸体便开始躺到了距离地面六英尺内。”
“在坟茔外，有绝望的人们干脆投身尸堆上，只求死得更快；也有人在尸堆里翻检死者的金银细软......”
后来经过调查，这场瘟疫是由鼠疫的传播导致的，虽然有人认为鼠疫是由荷兰传入的，但这也与当时伦敦脏乱差的贫民区环境和密集的人口有关，这是滋生鼠疫传播的关键。
到了1666年2月，伦敦疫情渐渐平息，整个城市开始准备迎候国王查理二世还都......
但这场瘟疫直接造成了约10万人死亡，约为当时伦敦总人口的近五分之一。
伦敦贫富居住区域划分较为明显，多在西郊和城市中心的富人区疫情较轻；然而在伦敦的东、北郊和泰晤士河沿岸的贫民区，疫情则相当严重。
1665年，当时的穷人区维特福瑞斯区与富人区圣·邓斯坦区因鼠疫而死的人数之比为三比一，这场疫情也成了俨然 “穷人的瘟疫”。
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