在自然界，生物有很多断绝近亲繁殖的手段，雄狮在完全性成熟之前就会被赶出家族，猴群也有这样的行为，虎干脆是独立活动，食草动物中也有很多在成熟之后离开母亲、家庭，到处迁徙寻找自己的配偶。
而在生物上，近亲繁殖有一定的危害，原因是来自于同一个家族内的个体，可能都携带某种致命、致病的基因，如果恰好双方的生殖细胞中有形成于同一个家族的缺陷基因，就刚好形成了纯合子。隐性遗传问题必须纯合子才能显现，显性遗传只要有相关基因就会发生。近亲繁殖使遗传病的发生几率增加。
看起来，似乎是大自然排斥近亲结婚，导致在生物演化的过程中，有近亲繁衍倾向、行为的物种，由于遗传问题的不断积累，导致生物种群逐渐衰弱，或者生出较多的畸形、残疾后代，不利于种群的持续存在。自然选择就把那些有近亲繁衍倾向的生物淘汰了，现代考古发现，曾经有不少物种在灭绝前期都有近亲繁殖的可能。
在曾经存在的人科动物中，尼安德特人就可能发生过较为严重的近亲繁殖现象。他们活动的地区较为寒冷，对于现代人来说不是什么大事，可是那时的人保暖条件较差，生产力不发达，尼人因为环境的变迁少了很多，然后又活动在较为狭窄的地区，最终导致近亲的结合；猛犸象也是这样，他们曾经从亚洲北部迁徙到更为寒冷的地方寻找草场，又不幸地遭遇了人类，被人类大量捕捉，也因为数量的减少发生了近亲繁殖。
但是，大自然真的排斥近亲繁殖吗？其实并没有，大自然没有意识，它只是提供了生物生存的环境，生物要是能适应，无论怎样的繁衍方式都是可以接受的，而且一些极端的繁衍方式还有助于生物适应更加残酷的环境，至少可以保住种群。连种群都包不住，那就是彻底地不能适应环境了。
在现实存在的物种中，有些生物就保持了近亲繁殖。蚂蚁、蜜蜂这些昆虫最为典型，蚁后、蜂王的生殖细胞（单倍体染色体组）就可以独自发育为完整的雄性个体，这里是孤雌生殖。诞生的雄蚁、雄蜂拐过头又和蚁后、蜂王交配，产生工蚁、工蜂，这又是近亲繁殖。不过，它们都演化出了防止近亲繁衍危害的手段。
通过单独一个蚁后或者蜂王繁育出的种群，慢慢地也会经历种群的衰败。不过，蜜蜂还可以通过婚飞的方式，找到合适的配偶然后有性繁殖。而一些蜜蜂还长出了特殊的腺体，可以通过气味的方式分辨是否具有亲缘关系，如果有亲缘关系，雄蜂就可能拒绝交配。
而在复杂的多细胞动物中，也存在类似的繁殖方式，这里先说一个故事。英国在早年间引入了科摩多巨蜥，本身引入的只有雌性，然而过了一段时间后却发现突然多出来一条雄性个体，后续研究发现科摩多巨蜥可以孤雌生殖，这样就产生了异性。然后这个异性反过头来又和它的母亲或者其它的雌性个体结合，进而繁殖出更多的后代。
它的方式比较巧妙，雌性的卵子可以变性，变得像精子那样，然后和自身的卵子结合，生出的个体就也拥有双倍体染色体组。这种繁衍方式也会使科摩多巨蜥的基因多样性衰退，但是它们又时常生活在孤岛、荒漠等较为地带，种群之间有一定的隔离，在交配季节相互吸引的机会很少，所以它们具有近亲繁衍的倾向，这至少可以在一定的时期内保持种群的繁衍，这样极端的情况下若没有近亲繁衍这个手段，那么它们会很快灭绝。
我们人类认识到了近亲繁殖的危害，可是在人类历史上，很多地方都讲究所谓的血统，因此搞什么亲上加亲，出现了不少不断衰败的王朝家族，法国、英国等国家历史上有段时期，一些王室的人有明显的畸形。因此，在全世界工业化进程中，很多国家都立法禁止三代内血亲的结合，为的是提升人口质量。
而现在人类已经75亿，哪怕是仅仅靠我们的躯体、靠我们的基因多样性，世界上已经再没有生物可以危害人类，即便是最恐怖的病毒也难以导致全世界的人快速死亡，人类几乎没有灭绝的危机，因此也不需要通过那样极端的方式保持种群。
,
