分子克隆是指分离一个已知DNA序列，并以in vivo（活体内）方式获得许多复制品的过程。这一复制过程经常被用于增加并获取DNA片段中的基因，但也可用来增加某些任意的DNA序列，如启动子、非编码序列、化学合成的寡核苷酸或是随机的DNA片断。
分子克隆用于组装重组 DNA 分子并指导其在宿主生物体内的复制，形成多个 DNA 分子。克隆是指复制一个分子以产生具有相同 DNA 分子的细胞群。这种方法常用于扩增含有全基因或任何 DNA 序列（如启动子、非编码序列和随机片段化 DNA）的 DNA 片段。分子克隆是将目的基因 (GOI) 插入到质粒载体中的过程，然后将该载体插入到表达 GOI 编码的蛋白质的细胞中。一旦蛋白质在细胞中得到表达，这种表达即可用于各种不同的研究（如细胞信号传导、形态学或其他方面）。
分子克隆将DNA片段(或基因)与载体DNA分子共价连接，然后引入寄主细胞，再筛选获得重组的克隆，按克隆的目的可分为DNA和cDNA克隆两类。
cDNA克隆是以mRNA为原材料，经体外反转录合成互补的DNA(cDNA)，再与载体DNA分子连接引入寄主细胞。每一cDNA反映一种mRNA的结构，cDNA克隆的分布也反映了mRNA的分布。
特点是：
①有些生物，如RNA病毒没有DNA，只能用cDNA克隆；
②cDNA克隆易筛选，因为cDNA库中不包含非结构基因的克隆，而且每一cDNA克隆只含一个mRNA的信息；
③cDNA能在细菌中表达。cDNA仅代表某一发育阶段表达出来的遗传信息，只有基因文库才包含一个生物的完整遗传信息。
分子克隆简而言之就是将不同来源、具有不提供功能的DNA序列组装在一起，以达到预设的目的。分子克隆需要用到一系列的工具，包括试剂盒、缓冲液、酶等等，其中酶起决定性作用。传统的分子克隆包括扩增获取目的基因、载体处理、连接、产物扩增。
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