10、安室透
本名降谷零，公安潜伏在黑暗组织的卧底，组织代号波本，精通格斗技，车技一流，头脑也很好，还会做饭，玩音乐真可谓是全才。
9、贝尔摩德
贝姐真可谓柯南里的颜值担当，天使的脸庞外加魔鬼的身材，虽然是黑暗组织的成员但是十分的重视承诺，为了承诺隐瞒了柯南与灰原的真实身份，经常单独行动，被称为“神秘主义者”。早年与工藤有希子在黑羽盗一门下学习易容，成为朋友。
8、世良真纯
自称为侦探的女高中生，是赤井秀一和羽田秀吉的妹妹。转学至帝丹高中2年B班，成为小兰和园子的同班同学。擅长截拳道，推理能力出众。经常做中性打扮，平胸。因十年前与新一见过知晓柯南真实身份。
7、赤井秀一
FBI搜查官，喜欢戴一个针织帽，真可谓神一般的存在，枪法在柯南所有人物里绝对的第一，会使用截拳道，实力据世良的描述是世良的三倍，车技也很好，曾经以诸星大的身份打入组织内部荣获黑麦威士忌的名号，被组织成为“银色子弹”
6、服部平次
关西的高中生名侦探，和工藤新一并称“关东的工藤，关西的服部”。是第一个通过推理得知柯南身份的人，虽然个性有点鲁莽，但却是一个重情重义的人。
5、怪盗基德（二代）
本名黑羽快斗，在柯南的世界中属于客串的角色，真正的基德的故事可以去看《魔术快斗》，基德头脑聪明，行动能力极强，精通易容术，变声，逃脱，被誉为“月光下的魔术师”
4、江户川柯南
本作主人公，所以柯南不用多做介绍，柯南的名字来源一个是日本的推理小说家江户川乱步，另一个则是
《福尔摩斯》的作者柯南·道尔，柯南生日5月4日，是福尔摩斯和莫里亚蒂教授一同坠入瀑布的日期。
3、工藤新一
工藤新一是柯南的真正身份，柯南服下ATPX4869前的身份，平成年代的福尔摩斯。
2、毛利兰
本作女主角，工藤新一青梅竹马的女朋友，就读于帝丹高中2年B班，是学校空手道部的主将，市里的空手道冠军，一直默默的等待着工藤新一的出现，再次期间也曾怀疑过柯南的身份，不过都被柯南隐瞒过去。
1、灰原哀
本名宫野志保，与柯南一样是服用了ATPX4869之后身体缩小，也是该药品的发明者，灰原可谓博学多才，精通于日语，英语，西班牙语，在数学，物理，生物，计算机，医学各方面都有所了解。
