来源：何博士说税
所得税纳税申报表A100000以及A109000表格中都有一个栏次「总机构主体生产经营部门分摊应补（退）所得税额」，这个总机构主体生产经营部门到底是什么东东呢？
总分机构汇总纳税的基本逻辑是二次分配法，也就是说，计算企业所得税是以总分公司作为一个纳税主体，但在确定要缴纳的（含预缴和汇缴）税款时，需要将总分公司作为不同的主体。
第一次分配：总公司为一方，所有的跨省分公司为一方，两方各分配50%。
第二次分配：所有的跨省分公司之间，就分得的50%税款，根据三因素再分配一次。
例 甲公司所在地在北京，在天津、上海、重庆各有一个分公司，2017年甲公司的应纳所得税额为300万元。
一次分配，北京总公司分得150万元，三个分公司共同分得150万元。
二次分配，假定三个分公司的分配比例均为三分之一，那么它们应在其所在地缴纳的税款均为50万元。
可见，总分公司汇总纳税与其说是税收问题，不如说是财政分配问题，它要解决的是如何平衡省际税源，并不是新的计税方法。因此，相对公平的分配方法就是至关重要的。
然而，分配问题在中国从来都是烫手山芋，稍有不慎就会出现吃力不讨好的局面。假定：
1、上例中甲公司为空壳总部，所有的营业收入均为三个分公司所贡献，而总公司所在地北京却「白捡」了50%的税款。分公司显然会觉得不平衡，但是，反过来看，也可以刺激各地改善营商环境，加大招商引资力度，只要你能引进公司总部，50%的税款就是你的。
2、上例中甲公司为经营实体，95%以上的税源均来自北京市场，三个分公司只贡献了5%的税源，结果北京只分了50%，剩下的50%给了外地分公司，北京又会有意见。
于是，「主体生产经营部门」这个概念横空而生：
「总机构设立具有主体生产经营职能的部门（非本办法第四条规定的二级分支机构），且该部门的营业收入、职工薪酬和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将该部门视同一个二级分支机构，按本办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。」
（总局公告2012年57号第16条）
也就是说，总公司下属的内部职能部门，如事业部、总承包部等，只要满足条件，尽管没有办理工商登记，不属于税法上的二级分支机构，但在分配企业所得税时，却可以视同为二级分支机构，参与分配。
假定上例中甲公司下设一个事业部，且满足57号公告的条件，第一次分配时北京总公司仍然先分得50%；第二次分配时，该事业部就和天津、上海、重庆三个分公司一起瓜分剩下的50%，北京自然就可以多分税款。
这就是「主体生产经营部门」的奥秘，不难看出，它实际上仍然是总公司的组成部分，所以分得的税款填在总机构主表的第36行。
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