巴基斯坦本来是印度的一部分，都是英属印度的领土，拥有共同的历史。1947年，英国驻印度的最后一任总督蒙巴顿，提出《蒙巴顿方案》，将印度和巴基斯坦分为两个国家，巴基斯坦的历史从此开始。
1947年 ，根据《蒙巴顿方案》，巴基斯坦和印度独立，巴基斯坦以伊斯兰教徒为主，印度以印度教徒为主。巴基斯坦分得印度河流域肥沃的土地，所以现在印度河不在印度境内，而在巴基斯坦境内。巴基斯坦还分为东西两部分。东巴基斯坦就是现在的孟加拉国，与西巴基斯坦相隔整个印度，距离遥远，交通不便。于是东巴斯坦于1971年爆发独立战争，苏联支持印度分裂巴基斯坦，爆发第三次印巴战争，东巴基斯坦独立为孟加拉国。
《蒙巴顿方案》在克什米尔的问题上没有解决方案，因此导致印巴双方互相争夺，爆发大规模战争，如今仍未解决。1947年印巴刚独立，双方就爆发第一次印巴战争，打了一年多，印度实际控制了三分之二的克什米尔，剩下三分之一归属巴基斯坦。1965年印巴双方再次围绕克什米尔爆发第二次印巴战争，以巴基斯坦取胜，印度惨败告终，不过还是没能解决克什米尔问题。
1961年巴基斯坦在联合国大会上投票赞成恢复中国的地位，此后中巴关系稳定发展。因当时中印关系紧张，敌人的敌人就是朋友，所以巴基斯坦拉拢中国，共同抵抗印度。中巴关系越来越好，至今中国称巴基斯坦为巴铁，可见双方关系的密切程度。
1972年印巴签订《西阿姆协定》，双方停战，撤兵到1971年的实际控制线。但双方在克什米尔问题上依旧是严重分歧，时常出现摩擦。这就是巴基斯坦的历史。
